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- PDB-4n62: Crystal structure of hemagglutinin from an H7N9 influenza virus i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n62
タイトルCrystal structure of hemagglutinin from an H7N9 influenza virus in complex with a sulfated receptor analog
要素(Hemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / viral envelope protein / hemagglutinin / viral fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5026 Å
データ登録者Xu, R. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2013
タイトル: Preferential recognition of avian-like receptors in human influenza A H7N9 viruses.
著者: Xu, R. / de Vries, R.P. / Zhu, X. / Nycholat, C.M. / McBride, R. / Yu, W. / Paulson, J.C. / Wilson, I.A.
履歴
登録2013年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.pdbx_formal_charge / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,6889
ポリマ－112,1504
非ポリマー2,5385
水1,29772
1
A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

A: Hemagglutinin HA1
B: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,57518
ポリマ－168,2246
非ポリマー5,35112
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_544-z,x-1/2,-y-1/21
crystal symmetry operation11_545y+1/2,-z-1/2,-x1
Buried area38100 Å2
ΔGint-99 kcal/mol
Surface area59010 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子

C: Hemagglutinin HA1
D: Hemagglutinin HA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,4889
ポリマ－168,2246
非ポリマー2,2643
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area34660 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area57550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.806, 153.806, 153.806
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-529-

HOH

21B-316-

HOH

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Hemagglutinin HA1


分子量: 34993.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/2/2013 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: R4NN21
#2: タンパク質 Hemagglutinin HA2


分子量: 21081.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Shanghai/2/2013 / 遺伝子: HA, hemagglutinin / プラスミド: pFastbac-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: R4NN21

-
糖 , 3種, 5分子

#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo- ...N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 754.667 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DNeup5Aca2-3DGalpb1-4DGlcpNAc[6S]b1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2112h-1b_1-5][Aad21122h-2a_2-6_5*NCC/3=O]/1-2-3/a4-b1_b3-c2WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc6SO3]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+2)][a-D-Neup5Ac]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 72分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.5 %
結晶化温度: 295.5 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 17-20% PEG3350, 0.2 M ammonium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.5K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.0331 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月16日 / 詳細: K-B pair of biomorph mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator and K-B pair of biomorph mirrors for vertical and horizontal focusing
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0331 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 9.3 % / 数: 392387 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Χ2: 1.02 / D res high: 2.5 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 42019 / % possible obs: 100
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.385099.710.0450.9559
4.275.3810010.0750.9879.3
3.734.2710010.0631.0249.4
3.393.7310010.091.0169.4
3.153.3910010.1241.0369.4
2.963.1510010.181.0889.4
2.822.9610010.2611.0769.4
2.692.8210010.4131.0239.4
2.592.6910010.5911.0129.4
2.52.5910010.7721.0379.4
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 42019 / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.089

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.75 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å48.64 Å
Translation2.5 Å48.64 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5026→48.638 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 2121 5.05 %
Rwork0.2201 --
obs0.2224 41990 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100.588 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5026→48.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7600 0 167 72 7839
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0047928
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85310711
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.772954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0391180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041400
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5026-2.56090.29161590.26922632X-RAY DIFFRACTION100
2.5609-2.62490.3481620.2732595X-RAY DIFFRACTION100
2.6249-2.69590.33921390.27952612X-RAY DIFFRACTION100
2.6959-2.77520.3491460.28892642X-RAY DIFFRACTION100
2.7752-2.86480.33551450.26842642X-RAY DIFFRACTION100
2.8648-2.96710.33351370.2562646X-RAY DIFFRACTION100
2.9671-3.08590.29651340.262615X-RAY DIFFRACTION100
3.0859-3.22630.32531310.25032684X-RAY DIFFRACTION100
3.2263-3.39640.29641260.2452656X-RAY DIFFRACTION100
3.3964-3.60910.24421320.23422645X-RAY DIFFRACTION100
3.6091-3.88770.27761380.21782670X-RAY DIFFRACTION100
3.8877-4.27870.23181470.19592662X-RAY DIFFRACTION100
4.2787-4.89730.20041240.18232681X-RAY DIFFRACTION100
4.8973-6.16810.24851330.19982725X-RAY DIFFRACTION100
6.1681-48.64690.2431680.19422762X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.07191.1615-0.7332.4165-0.91850.78240.1799-0.08710.41420.07420.05940.3793-0.2910.0193-0.26140.5522-0.05980.12220.4125-0.05850.487810.639-45.7815-2.7004
21.28810.61590.45681.6597-1.24131.97540.4474-0.1930.25130.4415-0.09620.6168-0.22240.4042-0.37330.5906-0.12550.09090.5173-0.10730.673543.969-25.4129-20.6694
32.03190.38650.58723.2589-1.98352.69980.34230.4218-0.0571-0.0137-0.25090.26-0.01581.0425-0.07880.4716-0.0179-0.06840.7425-0.11150.45253.1824-21.1096-32.5334
40.46430.18580.32031.5568-1.84552.74880.18750.1452-0.1183-0.10520.37050.28570.16190.4374-0.51220.4776-0.015-0.10440.5813-0.01460.574642.7423-21.4673-34.7963
51.3923-0.0083-0.16321.805-0.66571.62770.51950.0882-0.48370.2591-0.3591-0.0470.18320.683-0.18480.5171-0.0141-0.15510.6702-0.130.460651.445-30.8312-23.5852
61.4215-0.00180.37191.61770.29890.32470.6143-0.45290.46970.4196-0.31910.1237-0.45970.2148-0.24640.7351-0.15730.20590.4507-0.05950.626723.0606-38.0009-8.6045
72.32211.1837-2.00732.6291-1.3064.0730.02390.16050.51060.00230.27240.4556-0.3266-0.54-0.21170.3720.02080.04560.3984-0.00850.60470.8978-52.7862-3.4145
84.32020.2485-1.96923.2193-0.05772.0281-0.06770.14650.04610.3137-0.03240.4443-0.2182-0.47690.14280.5191-0.00930.19920.5102-0.10260.6055-6.956-61.599310.3885
93.82121.0834-2.41941.604-1.07363.11410.0886-0.3532-0.15470.3434-0.1802-0.1625-0.39650.20620.06490.4685-0.03780.04570.5332-0.0380.42983.4119-62.479512.1029
102.94931.036-1.4512.13890.04071.5561-0.0035-0.5753-0.1740.1263-0.3274-0.0046-0.0110.15980.38660.6569-0.04290.10790.57810.05290.698629.015-40.024-18.3234
111.24990.957-1.25120.3196-1.08061.3949-0.1107-0.03930.0469-0.18920.05260.02990.2882-0.03010.03420.5705-0.03760.13630.4705-0.00870.48287.1262-62.0709-5.8311
121.72620.1420.34723.51530.31211.446-0.1864-0.3307-0.23890.41790.15780.32020.5562-0.63630.02340.611-0.05540.14640.65770.11630.4628-9.0136-79.471623.1064
130.91850.37050.46410.380.34830.3425-0.22050.391-0.015-0.049-0.0890.16550.3332-0.52030.20021.4521-0.6457-0.26361.43-0.55021.9288-20.2646-36.5998-7.3127
141.21950.03830.4010.9470.68530.93260.78270.1642-0.6463-0.3032-0.3462-0.21691.1441-0.0748-0.37331.4027-0.1157-0.22560.856-0.36821.203913.4486-15.97089.8798
152.6333-0.07830.02011.64490.95482.29460.6995-0.3770.4889-0.5442-0.0876-0.71440.00310.207-0.56241.0212-0.01330.11440.7962-0.4040.940321.3116-3.353614.7951
161.9512-1.035-0.40963.17922.71854.20930.8475-0.2578-0.0292-0.7518-0.17340.07290.4264-0.1196-0.51310.8938-0.0827-0.02280.8056-0.36811.055910.8749-3.37217.0188
171.1166-0.0365-0.06581.22980.11921.38960.68940.8268-0.0561-0.8017-0.39810.07210.4125-0.1649-0.18921.42450.14540.0910.8821-0.31221.049918.8341-10.50233.9092
180.67030.4582-0.14840.57330.54591.4071-0.01880.0295-0.7009-0.1311-0.20850.40220.50090.279-0.00941.9747-1.2584-0.73841.4271-0.77491.4442-7.5719-29.6786-0.8483
190.62070.99280.42562.39790.31140.47290.03710.05110.03090.3512-0.01820.35670.0958-0.53180.00551.5215-1.4518-0.57321.9745-0.9321.613-31.2644-36.7217-12.0456
200.17410.292-0.53050.4708-0.8741.6057-0.0339-0.05730.1849-0.06660.08640.5226-0.2019-0.1564-0.01021.93-0.5559-0.21691.3931-0.35962.5946-44.86-48.4803-24.4025
210.01540.12660.01890.89450.13660.01520.0006-0.24330.0071-0.0397-0.22160.0708-0.04330.16390.1661.7707-0.652-0.2021.7169-0.672.0688-37.0724-56.3003-24.3716
221.69550.8471.442.23151.83732.8802-0.08280.09160.1767-0.04820.0122-0.3409-0.14650.18250.05141.8091-0.3558-0.21491.5743-0.66591.8378-20.2599-42.2921-23.3353
230.89490.70290.43711.10430.08410.3599-0.17870.0274-0.264-0.0001-0.215-0.21350.07280.2440.35451.458-0.3026-0.25741.2381-0.51911.656-3.8526-18.9872-1.7707
240.51210.38730.09410.29660.43770.0484-0.35320.3741-0.4658-0.399-0.08350.41660.2539-0.73140.27391.6678-0.8936-0.21661.8051-0.68011.6345-27.5368-31.6528-21.8705
250.37850.3205-0.47841.0470.25911.1109-0.1379-0.3146-0.0645-0.2435-0.06090.0665-0.09270.28150.01261.5067-1.145-0.47841.5403-1.66472.2739-42.1954-60.0021-41.5328
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 11 through 65 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 66 through 132 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 133 through 213 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 214 through 237 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 238 through 269 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 270 through 308 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 309 through 327 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 4 through 22 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 23 through 56 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 57 through 74 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 75 through 137 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 138 through 172 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 11 through 65 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 66 through 132 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 133 through 213 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 214 through 237 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 238 through 269 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 270 through 308 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 309 through 327 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 4 through 13 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 14 through 37 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 38 through 56 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 57 through 74 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 75 through 137 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 138 through 172 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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