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- PDB-4n5y: Crystal structure of H5 hemagglutinin mutant (N158D, N224K and Q2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n5y
タイトルCrystal structure of H5 hemagglutinin mutant (N158D, N224K and Q226L) from the influenza virus A/Viet Nam/1203/2004 (H5N1)
要素(Hemagglutinin ...) x 2
キーワードVIRAL PROTEIN / H5N1 / Influenza Virus / hemagglutinin / Ferret transmissible
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / apical plasma membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B ...Hemagglutinin; Chain A, domain 2 / Hemagglutinin Chain A, Domain 2 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Ribbon / Alpha-Beta Complex / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / Phaser / 解像度: 3.1615 Å
データ登録者Zhu, X. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2014
タイトル: Hemagglutinin Receptor Specificity and Structural Analyses of Respiratory Droplet-Transmissible H5N1 Viruses.
著者: de Vries, R.P. / Zhu, X. / McBride, R. / Rigter, A. / Hanson, A. / Zhong, G. / Hatta, M. / Xu, R. / Yu, W. / Kawaoka, Y. / de Haan, C.A. / Wilson, I.A. / Paulson, J.C.
履歴
登録2013年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemagglutinin HA1 chain
C: Hemagglutinin HA1 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
G: Hemagglutinin HA1 chain
I: Hemagglutinin HA1 chain
K: Hemagglutinin HA1 chain
M: Hemagglutinin HA1 chain
O: Hemagglutinin HA1 chain
Q: Hemagglutinin HA1 chain
S: Hemagglutinin HA1 chain
U: Hemagglutinin HA1 chain
W: Hemagglutinin HA1 chain
Y: Hemagglutinin HA1 chain
a: Hemagglutinin HA1 chain
c: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
H: Hemagglutinin HA2 chain
J: Hemagglutinin HA2 chain
L: Hemagglutinin HA2 chain
N: Hemagglutinin HA2 chain
P: Hemagglutinin HA2 chain
R: Hemagglutinin HA2 chain
T: Hemagglutinin HA2 chain
V: Hemagglutinin HA2 chain
X: Hemagglutinin HA2 chain
Z: Hemagglutinin HA2 chain
b: Hemagglutinin HA2 chain
d: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)895,69159
ポリマ－882,45330
非ポリマー13,23729
水00
1
A: Hemagglutinin HA1 chain
G: Hemagglutinin HA1 chain
I: Hemagglutinin HA1 chain
B: Hemagglutinin HA2 chain
H: Hemagglutinin HA2 chain
J: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,52312
ポリマ－176,4916
非ポリマー3,0336
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28110 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area62920 Å2
手法PISA
2
C: Hemagglutinin HA1 chain
E: Hemagglutinin HA1 chain
K: Hemagglutinin HA1 chain
D: Hemagglutinin HA2 chain
F: Hemagglutinin HA2 chain
L: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,89611
ポリマ－176,4916
非ポリマー2,4055
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28360 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area63320 Å2
手法PISA
3
M: Hemagglutinin HA1 chain
O: Hemagglutinin HA1 chain
Q: Hemagglutinin HA1 chain
N: Hemagglutinin HA2 chain
P: Hemagglutinin HA2 chain
R: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,90713
ポリマ－176,4916
非ポリマー3,4167
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28090 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area63320 Å2
手法PISA
4
S: Hemagglutinin HA1 chain
U: Hemagglutinin HA1 chain
W: Hemagglutinin HA1 chain
T: Hemagglutinin HA2 chain
V: Hemagglutinin HA2 chain
X: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,36112
ポリマ－176,4916
非ポリマー2,8716
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28200 Å2
ΔGint-124 kcal/mol
Surface area63500 Å2
手法PISA
5
Y: Hemagglutinin HA1 chain
a: Hemagglutinin HA1 chain
c: Hemagglutinin HA1 chain
Z: Hemagglutinin HA2 chain
b: Hemagglutinin HA2 chain
d: Hemagglutinin HA2 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,00311
ポリマ－176,4916
非ポリマー1,5125
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28910 Å2
ΔGint-130 kcal/mol
Surface area63280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.915, 118.105, 273.799
Angle α, β, γ (deg.)91.50, 90.18, 119.87
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
Hemagglutinin ... , 2種, 30分子 ACEGIKMOQSUWYacBDFHJLNPRTVXZbd

#1: タンパク質
Hemagglutinin HA1 chain


分子量: 37949.113 Da / 分子数: 15 / 断片: receptor binding domain, HA1 / 変異: N158D, N224K, Q226L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/VIET NAM/1203/2004 / 遺伝子: HA / プラスミド: PFASTBAC-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q6DQ33
#2: タンパク質
Hemagglutinin HA2 chain


分子量: 20881.104 Da / 分子数: 15 / 断片: membrane fusion domain, HA2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/VIET NAM/1203/2004 / 遺伝子: HA / プラスミド: PFASTBAC-HT / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): Hi5 / 参照: UniProt: Q6DQ33

-
糖 , 4種, 29分子

#3: 多糖
beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.16 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 0.2 KF, 22% (w/v) PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.05876 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月27日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05876 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1615→50 Å / Num. obs: 199766 / % possible obs: 93.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 3.1615→3.27 Å / % possible all: 83.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: Phaser
開始モデル: PDB ENTRY 3GBM

3gbm


解像度: 3.1615→45.283 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2615 9981 5 %RANDPM
Rwork0.2126 ---
obs0.215 199509 91.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1615→45.283 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数60015 0 874 0 60889
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01262596
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.55584676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.41823365
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0699153
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00810979
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1615-3.19740.3222780.30491412X-RAY DIFFRACTION20
3.1974-3.2350.36452880.32355323X-RAY DIFFRACTION79
3.235-3.27440.35312970.32366053X-RAY DIFFRACTION85
3.2744-3.31590.38033040.32136018X-RAY DIFFRACTION89
3.3159-3.35950.3373370.29636135X-RAY DIFFRACTION87
3.3595-3.40550.34443130.30616141X-RAY DIFFRACTION89
3.4055-3.45410.33172820.28826216X-RAY DIFFRACTION89
3.4541-3.50570.34843130.29776115X-RAY DIFFRACTION88
3.5057-3.56040.29823170.26226310X-RAY DIFFRACTION90
3.5604-3.61880.28363250.25226277X-RAY DIFFRACTION91
3.6188-3.68110.28363250.25366376X-RAY DIFFRACTION90
3.6811-3.7480.31193040.24746096X-RAY DIFFRACTION89
3.748-3.82010.28033830.23616473X-RAY DIFFRACTION93
3.8201-3.8980.2973630.23326435X-RAY DIFFRACTION94
3.898-3.98270.30753550.24276272X-RAY DIFFRACTION91
3.9827-4.07530.25313770.19396697X-RAY DIFFRACTION95
4.0753-4.17720.25133300.19146614X-RAY DIFFRACTION96
4.1772-4.290.23773670.17916675X-RAY DIFFRACTION97
4.29-4.41620.22193680.16626757X-RAY DIFFRACTION98
4.4162-4.55860.19883850.17056795X-RAY DIFFRACTION98
4.5586-4.72130.20494080.16566795X-RAY DIFFRACTION98
4.7213-4.91020.21443270.16356847X-RAY DIFFRACTION99
4.9102-5.13330.23083760.1736838X-RAY DIFFRACTION98
5.1333-5.40360.24513780.17246816X-RAY DIFFRACTION99
5.4036-5.74150.22163850.16636767X-RAY DIFFRACTION99
5.7415-6.18380.23253390.18696931X-RAY DIFFRACTION99
6.1838-6.80420.25353340.18956855X-RAY DIFFRACTION99
6.8042-7.78450.2463680.19536852X-RAY DIFFRACTION99
7.7845-9.79130.24763260.18626908X-RAY DIFFRACTION99
9.7913-45.28790.26163290.22926729X-RAY DIFFRACTION97

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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