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万見
- PDB-4n5e: 42F3 TCR pCPA12/H-2Ld complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n5e
タイトル42F3 TCR pCPA12/H-2Ld complex
要素
  • 42F3 alpha VmCh
  • 42F3 beta VmCh
  • H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
  • pCPA12
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig / TCR / MHC / antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / : ...: / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta, variable 13-1 / T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 / H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.059 Å
データ登録者Birnbaum, M.E. / Adams, J.J. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Nat. Immunol. / 年: 2016
タイトル: Structural interplay between germline interactions and adaptive recognition determines the bandwidth of TCR-peptide-MHC cross-reactivity.
著者: Adams, J.J. / Narayanan, S. / Birnbaum, M.E. / Sidhu, S.S. / Blevins, S.J. / Gee, M.H. / Sibener, L.V. / Baker, B.M. / Kranz, D.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2013年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 42F3 alpha VmCh
D: 42F3 beta VmCh
A: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
B: pCPA12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7924
ポリマ－72,7924
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.570, 101.570, 327.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: 抗体 42F3 alpha VmCh


分子量: 23383.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01738*PLUS
#2: タンパク質 42F3 beta VmCh


分子量: 27248.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075B5I3*PLUS
#3: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain


分子量: 21115.303 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 25-203 / Mutation: F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, K131R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01897
#4: タンパク質・ペプチド pCPA12


分子量: 1044.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 16% PEG 3350, 100mM TRIS, pH 7.5 and 200mM magnesium nitrate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年2月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.06→109.11 Å / Num. all: 19837 / Num. obs: 19619 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.06→3.22 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.059→59.895 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.227 1003 5.13 %random
Rwork0.1938 ---
obs0.1956 19555 98.72 %-
all-19808 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.059→59.895 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4947 0 0 0 4947
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055084
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8696900
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6041817
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003905
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0592-3.22050.33871410.2782583X-RAY DIFFRACTION100
3.2205-3.42220.24881640.2172593X-RAY DIFFRACTION100
3.4222-3.68640.26341070.20322608X-RAY DIFFRACTION98
3.6864-4.05740.24611390.20182644X-RAY DIFFRACTION100
4.0574-4.64430.19211670.16222598X-RAY DIFFRACTION98
4.6443-5.85050.20211480.16512654X-RAY DIFFRACTION98
5.8505-59.9060.21731370.20212872X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0660.0440.62961.2499-0.05823.1631-0.071-0.16850.13870.20680.1181-0.0664-0.29960.5525-0.03550.8516-0.41740.00350.40650.02510.504965.964315.972169.2462
23.1909-2.03960.39623.5045-3.41055.0370.54840.55-0.2035-0.2408-0.3196-0.4745-0.15150.3715-0.05431.4081-0.4999-0.05490.856-0.18480.832474.168526.995791.5769
31.2552-0.3085-1.11552.3057-0.83271.9066-0.49620.02950.0398-0.18650.5869-0.2721-0.84290.5654-0.36410.9713-0.3644-0.11710.5789-0.18450.713872.272321.69893.6755
40.50670.0207-0.81120.0058-0.03431.27250.31640.65821.0053-0.01180.453-0.4068-0.27111.1-0.18891.1213-0.3221-0.0111.1396-0.04871.051478.980831.800296.4321
52.2007-0.10872.00361.71320.19554.85180.028-0.0729-0.4210.16710.076-0.02030.5340.0698-0.10440.6766-0.15650.00170.31610.04860.414265.9297-7.975272.523
61.2624-0.3356-1.41980.73991.39232.5524-0.3811-0.56360.2916-0.12770.439-0.0417-0.65610.5495-0.04110.647-0.0794-0.18540.4669-0.02990.485966.62659.600193.3128
76.9551.8056-3.05124.2432-0.85645.43310.04360.0024-0.3177-0.4524-0.0536-1.6075-0.09510.82280.10660.5436-0.12820.03120.8475-0.02340.707781.1387.448391.462
83.8504-0.0072-1.42431.1625-0.02583.2456-0.2862-0.8138-0.28730.2110.1248-0.06950.03850.95020.12110.55360.0961-0.09790.60350.09870.367164.86476.6865101.8023
93.99890.64670.5762.8193-0.90722.882-0.11560.6939-0.452-0.65650.2385-0.4991-0.00870.56570.0330.8509-0.2790.24640.6785-0.21620.55659.0363-12.710737.2865
102.90881.0149-0.17722.1266-0.01652.3947-0.21150.3522-0.0242-0.26740.2038-0.0102-0.21450.0245-0.01510.6639-0.26440.02120.4123-0.01130.446950.1306-5.094447.6929
114.3896-0.5744-0.63344.45641.1021.3024-0.5760.51810.4636-0.220.0577-0.1931-0.49620.15530.04680.7629-0.3312-0.02770.42010.03030.451155.37275.563846.8169
123.9754-0.68680.37714.41790.24651.24060.01450.1834-0.2303-0.32580.2386-1.548-0.62350.71040.05281.2683-0.59930.22080.8454-0.0430.552863.88362.547932.1849
131.1558-0.6443-1.12350.57420.04382.40040.1364-0.01940.2549-0.30780.2371-0.17740.74550.47130.10750.7376-0.30370.01210.4873-0.06340.53656.8529-3.378549.6437
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 0 through 133 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 134 through 149 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 150 through 184 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 185 through 200 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 3 through 96 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 97 through 169 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 170 through 186 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 187 through 241 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 2 through 56 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 57 through 150 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 151 through 162 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 163 through 175 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 1 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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