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万見
- PDB-4n57: Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n57
タイトルCrystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-IVa ADP complex
要素APH(2'')-Id
キーワードTRANSFERASE / aminoglycoside / phosphotransferase antibiotic resistance / nucleoside diphosphate
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Aminoglycoside phosphotransferase / Phosphotransferase enzyme family / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / APH(2'')-Id
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus casseliflavus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Kaplan, E. / Leban, N. / Chaloin, L. / Guichou, J.-F. / Lionne, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of aminoglycoside phosphotransferase APH(2'')-IVa ADP complex
著者: Kaplan, E. / Leban, N. / Chaloin, L. / Guichou, J.-F. / Lionne, C.
履歴
登録2013年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Advisory / Data collection / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.22023年9月20日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: APH(2'')-Id
B: APH(2'')-Id
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,1438
ポリマ－75,1922
非ポリマー9526
水4,324240
1
A: APH(2'')-Id
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0724
ポリマ－37,5961
非ポリマー4763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: APH(2'')-Id
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0724
ポリマ－37,5961
非ポリマー4763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.051, 65.802, 76.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 APH(2'')-Id


分子量: 37595.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterococcus casseliflavus (バクテリア)
遺伝子: aph(2'')-Id / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O68183
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 240 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.78 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 75 mM Ammonium citrate 12% PEG3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月4日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→49.98 Å / Num. all: 30155 / Num. obs: 30125 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 22 / Observed criterion σ(I): 10.9 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067
反射 シェル解像度: 2.35→49.98 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Mean I/σ(I) obs: 10.9 / Rsym value: 0.067 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
AMoRE位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3N4V

3n4v


解像度: 2.35→49.931 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.15 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2477 1666 5.25 %
Rwork0.1819 --
obs0.1852 31723 99.9 %
all-30155 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.579 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å2-0 Å2-0.03 Å2
2---2.44 Å2-0 Å2
3---1.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→49.931 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4914 0 58 240 5212
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0095123
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1896921
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6151963
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045728
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006885
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.41920.30171440.24042457X-RAY DIFFRACTION100
2.4192-2.49720.29591530.2352454X-RAY DIFFRACTION100
2.4972-2.58650.32371470.22562486X-RAY DIFFRACTION100
2.5865-2.690.27861580.21342466X-RAY DIFFRACTION100
2.69-2.81250.2891480.21632510X-RAY DIFFRACTION100
2.8125-2.96070.29251490.21692489X-RAY DIFFRACTION100
2.9607-3.14620.29591080.21512518X-RAY DIFFRACTION100
3.1462-3.38910.28481470.20142479X-RAY DIFFRACTION100
3.3891-3.730.28881300.18022512X-RAY DIFFRACTION100
3.73-4.26950.20991410.15952529X-RAY DIFFRACTION100
4.2695-5.37810.18381300.1372530X-RAY DIFFRACTION100
5.3781-49.94230.1641110.15392627X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.478-0.79143.02212.5703-2.1345.3448-0.0605-0.30820.00510.4114-0.0402-0.0553-0.1399-0.18340.11040.31980.01910.08430.2229-0.01860.1993-5.1882-1.4247.3085
25.8687-0.3764-2.52711.2365-0.07141.8632-0.0666-0.34830.0007-0.08930.0096-0.2320.13340.29720.04930.30250.0153-0.01540.2287-0.03790.23570.61.185826.4204
32.7124-0.3213-1.96322.74420.10025.13320.0937-0.026-0.0143-0.20920.0042-0.5472-0.0540.2893-0.07620.1254-0.0075-0.00660.20180.01140.352146.989612.4596-1.7715
45.41860.26274.0943.37491.82986.3878-0.22330.47110.7215-0.764-0.06980.84610.2079-0.37030.28610.556-0.0715-0.04610.34320.1560.573419.833822.598-0.1574
56.9748-2.51950.3056.6342-0.99942.28610.0474-0.2618-0.44150.31840.08650.37910.1467-0.2111-0.11120.2142-0.0196-0.01120.2103-0.00250.154236.097311.843112.4163
68.97443.04185.92268.31242.60677.12810.15521.0356-0.4581-1.58610.30771.00190.69170.055-0.46390.8557-0.063-0.15710.38160.07520.6319.29639.6722-0.9357
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 132 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 133 through 297 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 132 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 133 through 194 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 195 through 256 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 257 through 297 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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