PDB-4n54: Crystal structure of scyllo-inositol dehydrogenase from Lactobaci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n54

タイトル

Crystal structure of scyllo-inositol dehydrogenase from Lactobacillus casei with bound cofactor NAD(H) and scyllo-inositol

要素

Inositol dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / hydrogen bonding / NAD / sugar alcohol dehydrogenases / Rossmann fold / dehydrogenate

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus casei (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Bertwistle, D. / Sanders, D.A.R. / Palmer, D.R.J.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of scyllo-inositol dehydrogenase from Lactobacillus casei with bound cofactor NAD(H) and scyllo-inositol
著者: Bertwistle, D. / Aamudalapalli, H. / Sanders, D.A.R. / Palmer, D.R.J.

履歴

登録	2013年10月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n54.cif.gz	275.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n54.ent.gz	225.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n54.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n54_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n54_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	4n54_validation.xml.gz	53.2 KB	表示
CIF形式データ	4n54_validation.cif.gz	71.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/4n54 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n5/4n54	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4kmxS 3cea 4mie 4mio 4miy 4mkx 4mkz S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3cea-d 4mkx-1 4mkz-1 4hkt-d 3ec7-4 3ec7-1 3euw-d 1xea-d 4mie-d 1tlt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Inositol dehydrogenase

B: Inositol dehydrogenase

C: Inositol dehydrogenase

D: Inositol dehydrogenase

ヘテロ分子

158 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.250, 99.830, 192.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Inositol dehydrogenase / Scyllo-inositol dehydrogenase 分子量: 38719.918 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 4-343 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus casei (バクテリア) 株: BL23 / 遺伝子: idh, iolG, iolG2, LCABL_02220 / プラスミド: pQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue 参照: UniProt: B3W8L4, UniProt: A0A0J9X1Y7*PLUS, 酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物	ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH 分子量: 665.441 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₇O₁₄P₂
#3: 化合物	ChemComp-2H3 / (1r,2r,3r,4r,5r,6r)-cyclohexane-1,2,3,4,5,6-hexol / scyllo-inositol / scyllo-イノシト-ル分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 183 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M magnesium chloride, 0.050 M HEPES pH 7.5, 15% w/v PEG400, 0.0125 M Tris-HCl, pH 8.0, MICROBATCH, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

CLSI

/ ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97959 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月26日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97959 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.05→96.255 Å / Num. all: 100263 / Num. obs: 100263 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / B_iso Wilson estimate: 32.01 Å² / R_sym value: 0.14 / Net I/σ(I): 7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	R_sym value	Diffraction-ID	% possible all
2.05-2.16	6.3	0.777	0.9	0.777	1	95.1
2.16-2.29	6.2	0.536	1.3	0.536	1	95.3
2.29-2.45	6.2	0.413	1.7	0.413	1	95.6
2.45-2.65	6.1	0.308	2.3	0.308	1	96
2.65-2.9	6	0.207	3.2	0.207	1	96.7
2.9-3.24	5.9	0.165	3.7	0.165	1	98.2
3.24-3.74	6	0.133	4.5	0.133	1	99.3
3.74-4.58	6.3	0.105	5.6	0.105	1	99.7
4.58-6.48	6.8	0.096	5.9	0.096	1	99.9
6.48-45.606	6.8	0.067	8.4	0.067	1	99.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA	3.3.20	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MxDC		データ収集

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4KMX

4kmx

解像度: 2.05→45.606 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.39 / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.62 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2611	4998	4.99 %
R_work	0.2222	-	-
obs	0.2244	100073	96.56 %
all	-	100263	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 49.349 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→45.606 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10504	0	212	183	10899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	10928
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.329	14811
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.327	4009
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.105	1708
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1897

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.0733	0.35	148	0.3027	3098	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0733-2.0977	0.3025	179	0.2859	3023	X-RAY DIFFRACTION	95
2.0977-2.1233	0.3024	167	0.2782	3098	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1233-2.1501	0.3514	172	0.2782	3052	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1501-2.1784	0.3024	148	0.2789	3104	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1784-2.2083	0.3429	148	0.2683	3070	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2083-2.2398	0.3068	183	0.2694	3069	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2398-2.2733	0.2693	161	0.261	3090	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2733-2.3088	0.3385	169	0.2651	3077	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3088-2.3466	0.3094	139	0.2644	3118	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3466-2.3871	0.2951	170	0.2716	3092	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3871-2.4305	0.3313	169	0.2684	3107	X-RAY DIFFRACTION	95
2.4305-2.4772	0.3039	151	0.2711	3102	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4772-2.5278	0.3087	176	0.2632	3095	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5278-2.5828	0.2761	179	0.2605	3089	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5828-2.6428	0.3166	150	0.2699	3132	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6428-2.7089	0.2939	132	0.2499	3171	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7089-2.7822	0.2858	156	0.2444	3149	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7822-2.864	0.2912	192	0.238	3114	X-RAY DIFFRACTION	96
2.864-2.9564	0.2813	156	0.2303	3172	X-RAY DIFFRACTION	97
2.9564-3.0621	0.2861	164	0.25	3211	X-RAY DIFFRACTION	97
3.0621-3.1846	0.2647	193	0.24	3199	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1846-3.3295	0.2411	163	0.2135	3254	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3295-3.505	0.2404	177	0.2047	3236	X-RAY DIFFRACTION	99
3.505-3.7245	0.2329	167	0.201	3315	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7245-4.012	0.2204	180	0.2027	3285	X-RAY DIFFRACTION	99
4.012-4.4154	0.2219	161	0.1773	3312	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4154-5.0536	0.2287	188	0.1737	3345	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0536-6.3642	0.2572	171	0.2067	3384	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3642-45.6174	0.2264	189	0.1966	3512	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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