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- PDB-4n4s: A Double Mutant Rat Erk2 in Complex With a Pyrazolo[3,4-d]pyrimid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n4s
タイトルA Double Mutant Rat Erk2 in Complex With a Pyrazolo[3,4-d]pyrimidine Inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / serine/threonine kinase / MAP kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity ...phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Growth hormone receptor signaling / Spry regulation of FGF signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Oxidative Stress Induced Senescence / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / Signaling by Activin / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Signal attenuation / NCAM signaling for neurite out-growth / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of the apoptosome activity / Signal transduction by L1 / Negative regulation of FGFR2 signaling / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Negative regulation of MAPK pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interferon gamma signaling / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / MAP2K and MAPK activation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / Recycling pathway of L1 / neural crest cell development / response to alcohol / cellular response to toxic substance / cellular response to methionine / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / positive regulation of macrophage proliferation / outer ear morphogenesis / RAF/MAP kinase cascade / regulation of cellular pH / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / regulation of Golgi inheritance / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / Neutrophil degranulation / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / lung morphogenesis / response to exogenous dsRNA / regulation of cytoskeleton organization / face development / androgen receptor signaling pathway / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / pseudopodium / response to testosterone / positive regulation of telomere capping / Bergmann glial cell differentiation / thyroid gland development / negative regulation of cell differentiation / decidualization / steroid hormone receptor signaling pathway / MAP kinase activity / regulation of ossification / estrous cycle / mitogen-activated protein kinase / phosphatase binding / progesterone receptor signaling pathway / Schwann cell development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / stress-activated MAPK cascade / cellular response to cAMP / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / sensory perception of pain / cellular response to epidermal growth factor stimulus / phosphotyrosine residue binding / cellular response to cadmium ion / myelination / ERK1 and ERK2 cascade / dendrite cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2H1 / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Hari, S.B. / Maly, D.J. / Merritt, E.A.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Conformation-Selective ATP-Competitive Inhibitors Control Regulatory Interactions and Noncatalytic Functions of Mitogen-Activated Protein Kinases.
著者: Hari, S.B. / Merritt, E.A. / Maly, D.J.
履歴
登録2013年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月11日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
B: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,5564
ポリマ－82,7072
非ポリマー8492
水1,49583
1
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7782
ポリマ－41,3541
非ポリマー4241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7782
ポリマ－41,3541
非ポリマー4241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.090, 57.630, 68.000
Angle α, β, γ (deg.)86.570, 88.980, 81.050
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 8 - 356 / Label seq-ID: 9 - 357

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform ...MAP kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAP kinase 2 / MAPK 2


分子量: 41353.504 Da / 分子数: 2 / 変異: Q103A/C164L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Erk2, Mapk, Mapk1, Prkm1 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P63086, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-2H1 / 3-[2-(benzyloxy)-8-methylquinolin-6-yl]-1-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-4-amine


分子量: 424.498 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24N6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 100 mM CHES, pH 9.5, 30% PEG3000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月9日
放射モノクロメーター: liquid nitrogen-cooled double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 1.8 % / Av σ(I) over netI: 4.7 / 数: 51072 / Rsym value: 0.109 / D res high: 2.2 Å / D res low: 56.833 Å / Num. obs: 27949 / % possible obs: 79.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsRsym valueRedundancy
6.9656.8381.910.0790.0791.9
4.926.9679.910.0820.0821.9
4.024.9280.310.0770.0771.9
3.484.0281.510.0830.0831.8
3.113.4879.510.10.11.8
2.843.1177.110.1050.1051.8
2.632.848310.1350.1351.8
2.462.6375.210.1790.1791.8
2.322.4679.810.2350.2351.8
2.22.3282.110.2860.2861.8
反射解像度: 2.2→67.88 Å / Num. all: 27949 / Num. obs: 27949 / % possible obs: 79.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 4.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.286 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 4179 / % possible all: 82.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å56.83 Å
Translation2.5 Å56.83 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QYW

3qyw


解像度: 2.2→56.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / WRfactor Rfree: 0.2777 / WRfactor Rwork: 0.2398 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8086 / SU B: 16.717 / SU ML: 0.202 / SU R Cruickshank DPI: 0.642 / SU Rfree: 0.2823 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.642 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2534 1400 5 %RANDOM
Rwork0.2208 ---
obs0.2225 27934 79.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 148.25 Å2 / Biso mean: 45.2142 Å2 / Biso min: 16.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.82 Å2-0.25 Å20.79 Å2
2--2.45 Å20.72 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→56.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5509 0 64 83 5656
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0195716
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.025510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0311.9927756
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8063.00312675
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9015677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.04124.075265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.906151005
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.8861534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2848
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0216354
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4741.9562714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.4741.9562713
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8052.9333386
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 21456 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.402 101 -
Rwork0.322 1962 -
all-2063 -
obs--80.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.3498-4.875.935334.2999-3.94457.7668-0.5031-0.58060.57791.55540.16850.1814-0.5431-0.31770.33460.2254-0.00880.08090.4021-0.04790.3636-20.504326.185411.2463
21.5783-0.3674.25318.6948-4.367614.4253-0.0013-0.16250.23140.7446-0.4595-0.1877-0.29360.55490.46080.1020.00730.08950.4711-0.01610.3639-18.313430.3934.503
39.3429-8.98522.526613.2104-2.76627.1214-0.3718-0.22890.30470.01530.2408-0.75050.38520.37470.13110.1862-0.03050.12630.19950.01640.2147-16.202219.23084.7716
45.3512.0566-1.65476.0841.45183.77750.0645-0.45660.14230.1489-0.1723-0.18510.10540.24610.10780.06580.02830.07540.1236-0.00940.1935-15.105325.70110.966
56.1005-0.85134.75443.31953.388623.6117-0.0123-0.49510.11050.29880.1421-0.14130.10270.6014-0.12980.15120.00670.01420.0979-0.01330.35831.673424.0794-0.7899
62.884-1.98990.16758.76375.26544.7226-0.0460.22890.5338-0.38160.1945-0.1311-0.34230.2574-0.14850.0854-0.01610.0220.05170.05850.2798-7.415625.7133-8.3229
713.632412.7722-3.88627.1641-16.539712.0583-0.0895-0.07130.25340.9054-0.3295-0.3239-0.81460.28680.4190.3057-0.0021-0.07280.4392-0.05830.4117-4.234938.46228.4275
85.44211.7046-0.89610.55613.86526.3536-0.1315-0.2499-0.1979-0.0067-0.0057-0.204-0.05550.32260.13720.04110.07410.04590.17420.1040.1836-13.844823.3924-1.9236
93.45510.6934-0.20422.90490.49152.2703-0.02370.13180.1293-0.01070.08350.1073-0.0433-0.168-0.05980.06480.0285-0.0080.05960.03240.0862-9.18027.1651-10.0861
1011.51552.5042.46686.43092.588.57230.4821-0.61630.5355-0.0338-0.3197-0.5155-0.07170.3932-0.16240.14140.01240.06930.12470.03940.1789-1.573313.9813-7.9236
115.7865-4.68972.45395.12061.509510.40820.17830.16471.0255-0.56570.142-1.1436-1.42670.6706-0.32030.85930.01870.10630.5724-0.08420.47997.08139.31822.7252
127.68960.4491-6.44153.31470.55775.66130.3748-1.07480.31920.44530.0237-0.4442-0.19740.9256-0.39850.1411-0.0027-0.07060.1783-0.05510.16884.87630.6687-0.8918
131.31222.553-3.80474.9829-7.418711.08350.2629-0.6716-0.22060.3721-1.1837-0.5409-0.39741.96710.92090.72690.0611-0.02130.8018-0.05980.991212.81645.8529-7.6446
1410.6777-0.0531-0.65022.459-0.08372.91610.0754-0.0957-0.1963-0.1018-0.1589-0.02540.15170.04280.08360.03210.0138-0.02070.0304-0.03040.0786-4.5521-1.0156-8.3605
156.19530.33011.68192.1424-0.28051.5890.00950.3644-0.2558-0.21470.0911-0.12010.05950.1284-0.10060.12340.0095-0.01310.0557-0.01870.17378.9023-9.8778-2.8455
165.98440.14070.6662.3944-0.28321.37760.19630.3709-0.1559-0.1896-0.16-0.23420.07750.1209-0.03630.15110.04590.02450.1479-0.04450.1248-1.5623-4.8797-16.6042
179.41614.83865.11919.43195.58618.3329-0.55161.00510.4538-1.28740.5729-0.1483-0.67120.6538-0.02130.2540.02320.11780.38940.13520.1549-2.757113.6988-22.4254
186.8481-2.4621-3.96140.93071.74421.8634-0.1355-0.30750.19270.10640.18350.03170.24050.0095-0.0480.4595-0.0575-0.03210.3368-0.00130.603410.490126.20251.1825
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260.26290.1412-0.132512.7292-5.16182.1958-0.0213-0.19090.05660.63250.0561-0.0649-0.34560.1456-0.03480.1805-0.1029-0.00560.3751-0.05120.17324.147-8.2805-33.9045
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2937.5992-8.98886.23983.70142.786512.99390.15921.15910.7079-0.3755-0.4588-0.043-0.7313-0.46890.29960.4355-0.1142-0.01160.28820.10780.4183-1.6911-10.0207-41.7181
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310.1452-0.5654-0.03392.67740.13580.0107-0.1538-0.13850.16580.18470.229-0.54170.00960.0338-0.07520.77140.1341-0.06070.8249-0.12810.657-4.2069-0.1461-40.3224
320.8697-0.9094-1.23924.89940.06462.15070.0781-0.1581-0.1365-0.026-0.16210.5547-0.10440.32840.08390.09060.00290.04210.1409-0.01030.16117.71530.2002-45.0347
334.1676-2.9778-1.86523.2368-0.49544.39120.1533-0.28160.2562-0.0260.10560.0384-0.2904-0.1341-0.25890.2516-0.06290.03590.4022-0.14090.2898.149312.5233-39.7484
349.35973.2618-0.1238.11191.67378.7705-0.39020.96480.3631-0.7913-0.01920.6008-0.3609-0.58580.40940.32770.02880.00310.3421-0.0710.3975-10.226611.0104-40.9115
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373.9347-2.6889-1.97036.50211.22151.73090.27560.08310.1679-0.135-0.14670.5455-0.3056-0.1257-0.12890.16550.0060.01350.26920.010.11047.69583.5886-53.2645
381.6068-1.5244-1.10592.6662-0.24795.9872-0.03250.2148-0.3084-0.3125-0.11590.05350.5779-0.25880.14840.1578-0.02040.01180.2215-0.06820.17113.1032-12.2408-54.0384
393.867-2.62313.16171.8037-1.510120.7884-0.00380.12030.41540.0019-0.0778-0.2874-0.24041.18020.08160.4184-0.0770.01390.46460.05210.5583-0.3847-20.8108-27.8323
407.7435-2.47780.548210.4483-1.34485.25710.0650.015-0.4953-0.26520.4790.20390.7929-0.4775-0.5440.2686-0.0854-0.02160.38050.06160.379811.4051-29.8725-29.7337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A8 - 13
2X-RAY DIFFRACTION2A14 - 24
3X-RAY DIFFRACTION3A25 - 34
4X-RAY DIFFRACTION4A35 - 59
5X-RAY DIFFRACTION5A60 - 74
6X-RAY DIFFRACTION6A75 - 91
7X-RAY DIFFRACTION7A92 - 97
8X-RAY DIFFRACTION8A98 - 107
9X-RAY DIFFRACTION9A108 - 158
10X-RAY DIFFRACTION10A159 - 173
11X-RAY DIFFRACTION11A174 - 187
12X-RAY DIFFRACTION12A188 - 198
13X-RAY DIFFRACTION13A199 - 205
14X-RAY DIFFRACTION14A206 - 223
15X-RAY DIFFRACTION15A224 - 274
16X-RAY DIFFRACTION16A275 - 311
17X-RAY DIFFRACTION17A312 - 328
18X-RAY DIFFRACTION18A329 - 338
19X-RAY DIFFRACTION19A339 - 346
20X-RAY DIFFRACTION20A347 - 356
21X-RAY DIFFRACTION21B8 - 34
22X-RAY DIFFRACTION22B35 - 59
23X-RAY DIFFRACTION23B60 - 75
24X-RAY DIFFRACTION24B76 - 92
25X-RAY DIFFRACTION25B93 - 97
26X-RAY DIFFRACTION26B98 - 116
27X-RAY DIFFRACTION27B117 - 122
28X-RAY DIFFRACTION28B123 - 168
29X-RAY DIFFRACTION29B169 - 174
30X-RAY DIFFRACTION30B187 - 198
31X-RAY DIFFRACTION31B199 - 204
32X-RAY DIFFRACTION32B205 - 215
33X-RAY DIFFRACTION33B216 - 248
34X-RAY DIFFRACTION34B249 - 261
35X-RAY DIFFRACTION35B262 - 272
36X-RAY DIFFRACTION36B273 - 285
37X-RAY DIFFRACTION37B286 - 310
38X-RAY DIFFRACTION38B311 - 328
39X-RAY DIFFRACTION39B329 - 339
40X-RAY DIFFRACTION40B340 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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