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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n31 | ||||||
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タイトル | Structure and activity of Streptococcus pyogenes SipA: a signal peptidase homologue essential for pilus polymerisation | ||||||
要素 | SipA | ||||||
キーワード | CELL ADHESION / Streptococcus pyogenes / pilus polymerisation / Signal peptidase family / Pilin assembly protein / Bacterial cell membrane / extracellular | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Young, P.G. / Proft, T. / Baker, E.N. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2014 タイトル: Structure and activity of Streptococcus pyogenes SipA: a signal peptidase-like protein essential for pilus polymerisation. 著者: Young, P.G. / Proft, T. / Harris, P.W. / Brimble, M.A. / Baker, E.N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4n31.cif.gz | 71.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4n31.ent.gz | 52.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4n31.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/4n31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n3/4n31 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological unit is likely a membrane anchored monomer. However, the extracellular domain is an octamer in solution when the membrane anchor is removed. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18636.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌) 株: 90/306S / 遺伝子: sipA / プラスミド: pProExHta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: R9TES9 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-PTY / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1M NaKPO4 pH 7.0, 8% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95468 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月1日 / 詳細: Adaptive and mechanically bent Si mirrors | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.95468 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→28.75 Å / Num. all: 28860 / Num. obs: 28860 / % possible obs: 99.54 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 42.7 % / Biso Wilson estimate: 50.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 28.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4K8W 解像度: 2.2→28.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.626 / SU ML: 0.113 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.584 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.75 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.197→2.254 Å / Total num. of bins used: 20
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