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- PDB-4n31: Structure and activity of Streptococcus pyogenes SipA: a signal p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n31
タイトルStructure and activity of Streptococcus pyogenes SipA: a signal peptidase homologue essential for pilus polymerisation
要素SipA
キーワードCELL ADHESION / Streptococcus pyogenes / pilus polymerisation / Signal peptidase family / Pilin assembly protein / Bacterial cell membrane / extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


signal peptidase I / signal peptide processing / serine-type endopeptidase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S26A, signal peptidase I / Signal peptidase, peptidase S26 / Peptidase S26 / Umud Fragment, subunit A / Umud Fragment, subunit A / LexA/Signal peptidase-like superfamily / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / Signal peptidase I
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Young, P.G. / Proft, T. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Structure and activity of Streptococcus pyogenes SipA: a signal peptidase-like protein essential for pilus polymerisation.
著者: Young, P.G. / Proft, T. / Harris, P.W. / Brimble, M.A. / Baker, E.N.
履歴
登録2013年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SipA
B: SipA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1985
ポリマ－37,2742
非ポリマー9243
水1,35175
1
A: SipA
B: SipA
ヘテロ分子

A: SipA
B: SipA
ヘテロ分子

A: SipA
B: SipA
ヘテロ分子

A: SipA
B: SipA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,79120
ポリマ－149,0958
非ポリマー3,69612
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area21750 Å2
ΔGint-200 kcal/mol
Surface area45150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.811, 132.811, 107.156
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
詳細The biological unit is likely a membrane anchored monomer. However, the extracellular domain is an octamer in solution when the membrane anchor is removed.

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要素

#1: タンパク質 SipA


分子量: 18636.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes (化膿レンサ球菌)
株: 90/306S / 遺伝子: sipA / プラスミド: pProExHta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: R9TES9
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-PTY / PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P / コメント: リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1M NaKPO4 pH 7.0, 8% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95468 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月1日 / 詳細: Adaptive and mechanically bent Si mirrors
放射モノクロメーター: Si111 double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95468 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→28.75 Å / Num. all: 28860 / Num. obs: 28860 / % possible obs: 99.54 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 42.7 % / Biso Wilson estimate: 50.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allRsym value% possible all
2.2-2.3141.43.6551.340063.797.5
6.94-28.7538.10.03107.510430.03198.7
4.91-6.9441.20.04191.217590.042100
4.01-4.9140.40.04789.422300.047100
3.47-4.01420.08154.525920.082100
3.11-3.4743.10.14332.629100.145100
2.83-3.1143.70.2891732060.293100
2.62-2.8343.80.6967.534600.704100
2.46-2.62441.2894.137181.303100
2.31-2.4644.12.1352.439362.16100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K8W

4k8w


解像度: 2.2→28.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.626 / SU ML: 0.113 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22933 1487 5.2 %RANDOM
Rwork0.20089 ---
obs0.20231 27299 99.38 %-
all-27470 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.584 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→28.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2158 0 49 75 2282
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.022256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021526
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.9923065
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.7823.0113713
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.085274
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.35923.16398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.05315340
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0531515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0212487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02460
LS精密化 シェル解像度: 2.197→2.254 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.442 105 -
Rwork0.419 1655 -
obs-1655 92.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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