[日本語] English
万見
- PDB-4n27: X-ray structure of Brucella abortus RicA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n27
タイトルX-ray structure of Brucella abortus RicA
要素Bacterial transferase hexapeptide repeat
キーワードTRANSFERASE / gamma carbonic anhydrase / Zinc binding
機能・相同性
機能・相同性情報


transferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Hexapeptide repeat / Hexapeptide repeat proteins / UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1 / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bacterial transferase hexapeptide repeat
類似検索 - 構成要素
生物種Brucella Abortus (ウシ流産菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.73 Å
データ登録者Herrou, J. / Crosson, S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Molecular Structure of the Brucella abortus Metalloprotein RicA, a Rab2-Binding Virulence Effector.
著者: Herrou, J. / Crosson, S.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月1日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Bacterial transferase hexapeptide repeat
B: Bacterial transferase hexapeptide repeat
C: Bacterial transferase hexapeptide repeat
D: Bacterial transferase hexapeptide repeat
E: Bacterial transferase hexapeptide repeat
F: Bacterial transferase hexapeptide repeat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,49118
ポリマ－124,7086
非ポリマー2,78312
水32418
1
A: Bacterial transferase hexapeptide repeat
B: Bacterial transferase hexapeptide repeat
C: Bacterial transferase hexapeptide repeat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7469
ポリマ－62,3543
非ポリマー1,3926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9070 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area18640 Å2
手法PISA
2
D: Bacterial transferase hexapeptide repeat
E: Bacterial transferase hexapeptide repeat
F: Bacterial transferase hexapeptide repeat
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7469
ポリマ－62,3543
非ポリマー1,3926
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9040 Å2
ΔGint-132 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.430, 57.440, 127.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.84, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Bacterial transferase hexapeptide repeat


分子量: 20784.682 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Brucella Abortus (ウシ流産菌) / 株: 2308 / 遺伝子: BAB1_1279, BruAb1_1263 / プラスミド: pET28c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q2YQG1
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-PE5 / 3,6,9,12,15,18,21,24-OCTAOXAHEXACOSAN-1-OL / 2-(2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / オクタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 398.489 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H38O9 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.12 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM Sodium Acetate, pH 4.6, 25 % (w/v) PEG 1000, 200 mM NaCl, 30 mM Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97856
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月28日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→63.77 Å / Num. obs: 39871 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.7→2.7983 Å / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
xia2データ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.73→63.77 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.15 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2545 2004 5.03 %
Rwork0.2057 --
obs0.2082 39871 99.78 %
all-40748 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.73→63.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7818 0 141 18 7977
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118127
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.39310977
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5912997
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541212
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071422
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.73-2.79830.3111340.27752663X-RAY DIFFRACTION100
2.7983-2.87390.32131560.2762667X-RAY DIFFRACTION100
2.8739-2.95850.31971340.25242669X-RAY DIFFRACTION100
2.9585-3.0540.32171460.24272681X-RAY DIFFRACTION100
3.054-3.16310.27821430.23222665X-RAY DIFFRACTION100
3.1631-3.28980.27271530.22112683X-RAY DIFFRACTION100
3.2898-3.43950.29451370.22912709X-RAY DIFFRACTION100
3.4395-3.62080.28781510.21672683X-RAY DIFFRACTION100
3.6208-3.84770.24281470.20052702X-RAY DIFFRACTION100
3.8477-4.14470.23151450.20152714X-RAY DIFFRACTION100
4.1447-4.56170.2551520.18932697X-RAY DIFFRACTION100
4.5617-5.22150.22641350.17082751X-RAY DIFFRACTION100
5.2215-6.57750.23011360.19692760X-RAY DIFFRACTION100
6.5775-63.78950.19331350.17342823X-RAY DIFFRACTION99

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る