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- PDB-4n1f: Crystal Structure of F88Y obelin mutant from Obelia longissima at... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n1f
タイトルCrystal Structure of F88Y obelin mutant from Obelia longissima at 2.09 Angstrom resolution
要素Obelin
キーワードLUMINESCENT PROTEIN / calcium binding / EF-hand
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / calcium ion binding
類似検索 - 分子機能
EF hand / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...EF hand / EF hand / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / Obelin
類似検索 - 構成要素
生物種Obelia longissima (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.087 Å
データ登録者Natashin, P.V. / Markova, S.V. / Lee, J. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the F88Y obelin mutant before and after bioluminescence provide molecular insight into spectral tuning among hydromedusan photoproteins
著者: Natashin, P.V. / Markova, S.V. / Lee, J. / Vysotski, E.S. / Liu, Z.J.
履歴
登録2013年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Obelin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7102
ポリマ－22,2551
非ポリマー4551
水2,954164
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.329, 73.329, 53.078
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Obelin / OBL


分子量: 22254.904 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A, F88Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Obelia longissima (無脊椎動物) / プラスミド: pET19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 Gold / 参照: UniProt: Q27709
#2: 化合物 ChemComp-CZH / C2-HYDROPEROXY-COELENTERAZINE / 8-BENZYL-2-HYDROPEROXY-2-(4-HYDROXY-BENZYL)-6-(4-HYDROXY-PHENYL)-2H-IMIDAZO[1,2-A]PYRAZIN-3-ONE


分子量: 455.462 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H21N3O5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.64 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.1M DL-Malic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.087→50 Å / Num. all: 16926 / Num. obs: 16926 / % possible obs: 99.88 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 33.51 Å2
反射 シェル解像度: 2.09→2.16 Å / % possible all: 99.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QV0

1qv0


解像度: 2.087→42.996 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1992 1691 10 %RANDOM
Rwork0.1716 ---
all0.2163 16908 --
obs0.1744 16906 99.86 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 101.39 Å2 / Biso mean: 41.7928 Å2 / Biso min: 19.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.087→42.996 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1498 0 34 164 1696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051593
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8762161
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067218
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.877583
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0873-2.14870.26971420.21161256139899
2.1487-2.21810.23861470.20112581405100
2.2181-2.29740.25041380.189912561394100
2.2974-2.38930.18351380.184612561394100
2.3893-2.49810.21241410.17712561397100
2.4981-2.62970.21481380.189112701408100
2.6297-2.79450.24661450.187412571402100
2.7945-3.01020.19861380.197112661404100
3.0102-3.3130.23971470.191512761423100
3.313-3.79220.21181330.155912701403100
3.7922-4.77670.15511440.144312781422100
4.7767-43.00540.1661400.159413161456100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 69.5298 Å / Origin y: 24.4798 Å / Origin z: 25.6833 Å
111213212223313233
T0.3161 Å2-0.0363 Å20.081 Å2-0.2127 Å20.0284 Å2--0.2345 Å2
L2.926 °2-0.3594 °20.0271 °2-4.6597 °2-0.2476 °2--2.3955 °2
S-0.1043 Å °0.2657 Å °0.0858 Å °-0.1255 Å °0.2975 Å °0.3126 Å °-0.3228 Å °-0.0934 Å °-0.1853 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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