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- PDB-4n0t: Core structure of the U6 small nuclear ribonucleoprotein at 1.7 A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n0t
タイトルCore structure of the U6 small nuclear ribonucleoprotein at 1.7 Angstrom resolution
要素
  • U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
  • U6 snRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / spliceosomal ribonucleoprotein complex / annealing U6 and U4 snRNA / nucleus / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


U6 snRNP / snRNA binding / spliceosomal complex assembly / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U6 snRNA binding / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / RNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Occluded RNA-recognition motif / Prp24, RNA recognition motif1 / Prp24, RNA recognition motif2 / : / Occluded RNA-recognition motif / LSM-interacting domain / Lsm interaction motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...Occluded RNA-recognition motif / Prp24, RNA recognition motif1 / Prp24, RNA recognition motif2 / : / Occluded RNA-recognition motif / LSM-interacting domain / Lsm interaction motif / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / RNA / RNA (> 10) / U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Montemayor, E.J. / Curran, E.C. / Liao, H. / Andrews, K.L. / Treba, C.N. / Butcher, S.E. / Brow, D.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Core structure of the U6 small nuclear ribonucleoprotein at 1.7- angstrom resolution.
著者: Montemayor, E.J. / Curran, E.C. / Liao, H.H. / Andrews, K.L. / Treba, C.N. / Butcher, S.E. / Brow, D.A.
履歴
登録2013年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24
B: U6 snRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,5283
ポリマ－66,4322
非ポリマー961
水12,538696
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5650 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area28170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.782, 71.370, 82.081
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 U4/U6 snRNA-associated-splicing factor PRP24 / U4/U6 snRNP protein


分子量: 43246.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: PRP24, YM8156.10C, YMR268C / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) STAR pLysS / 参照: UniProt: P49960
#2: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 23184.857 Da / 分子数: 1 / Mutation: A62G, U100C, U101C / 由来タイプ: 合成
詳細: In vitro transcription using a cloned plasmid template
参照: GenBank: BK006945.2
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 696 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.06 %
結晶化温度: 274 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM lithium sulfate, 100 mM sodium citrate, pH 5.5, 20 % PEG 1,000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 274K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月15日
放射モノクロメーター: diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 7.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.9 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2GHP

2ghp


解像度: 1.7→26.25 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2109 4690 3.22 %random
Rwork0.1836 ---
obs0.1845 145765 99.6 %-
all-146350 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2934 1389 5 696 5024
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064547
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0256444
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6731932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066780
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005583
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6961-1.71530.35741250.28764407X-RAY DIFFRACTION91
1.7153-1.73550.26391600.26684644X-RAY DIFFRACTION100
1.7355-1.75670.2991740.25754744X-RAY DIFFRACTION100
1.7567-1.77890.29341630.25734679X-RAY DIFFRACTION100
1.7789-1.80230.29541430.24864673X-RAY DIFFRACTION100
1.8023-1.8270.31311640.2364761X-RAY DIFFRACTION100
1.827-1.85310.28011520.23614693X-RAY DIFFRACTION100
1.8531-1.88070.23541660.22974772X-RAY DIFFRACTION100
1.8807-1.91010.29241490.22254708X-RAY DIFFRACTION100
1.9101-1.94140.30111540.22214704X-RAY DIFFRACTION100
1.9414-1.97490.27911460.22284754X-RAY DIFFRACTION100
1.9749-2.01080.22861390.20784779X-RAY DIFFRACTION100
2.0108-2.04950.28391720.20114687X-RAY DIFFRACTION100
2.0495-2.09130.21711500.20224707X-RAY DIFFRACTION100
2.0913-2.13670.23291700.19944700X-RAY DIFFRACTION100
2.1367-2.18640.23391530.19434698X-RAY DIFFRACTION100
2.1864-2.24110.20641430.19764730X-RAY DIFFRACTION100
2.2411-2.30160.27611670.19824769X-RAY DIFFRACTION100
2.3016-2.36930.25021710.19824687X-RAY DIFFRACTION100
2.3693-2.44570.27571480.19314660X-RAY DIFFRACTION100
2.4457-2.53310.22631670.19444725X-RAY DIFFRACTION100
2.5331-2.63440.22031540.18774777X-RAY DIFFRACTION100
2.6344-2.75420.26211550.19544686X-RAY DIFFRACTION100
2.7542-2.89920.22141560.18854719X-RAY DIFFRACTION100
2.8992-3.08060.21831560.18964732X-RAY DIFFRACTION100
3.0806-3.3180.18731670.17824694X-RAY DIFFRACTION100
3.318-3.65110.17691480.15984758X-RAY DIFFRACTION100
3.6511-4.17760.15561630.14634703X-RAY DIFFRACTION100
4.1776-5.25640.14561540.14224737X-RAY DIFFRACTION100
5.2564-26.25360.18871610.174588X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.21580.30340.60612.1167-0.09091.0197-1.187-0.5455-1.11910.3563-0.53820.55912.4537-0.4932-0.51582.5628-0.8308-0.02981.0351.08941.279610.9912-17.697477.8594
23.84660.20372.62784.8488-1.76312.19090.47050.05430.46280.3073-0.87350.93411.0874-0.4980.35061.1673-0.21990.41050.83-0.2791.1203-2.1565-31.291449.5011
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'B' and ((resseq 30:36))) or (chain 'B' and ((resseq 97:100)))
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and ((resseq 63:70))) or (chain 'B' and ((resseq 77:86)))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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