PDB-4n0q: Crystal Structure of an ABC transporter, substrate-binding protei...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n0q

タイトル

Crystal Structure of an ABC transporter, substrate-binding protein from Brucella melitensis 16M in complex with L-Leucine using a crystal grown in a Crystal Former (Microlytic)

要素

Leu/Ile/Val-binding protein homolog 3

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / structural genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / ABC transporter / amino-acid transport

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid transport
類似検索 - 分子機能

生物種

Brucella melitensis (マルタ熱菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of an ABC transporter, substrate-binding protein from Brucella melitensis 16M in complex with L-Leucine using a crystal grown in a Crystal Former (Microlytic)
著者: Dranow, D.M. / Edwards, T.E. / Lorimer, D.

履歴

登録	2013年10月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n0q.cif.gz	474.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n0q.ent.gz	392.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n0q_validation.pdf.gz	472.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n0q_full_validation.pdf.gz	479.8 KB	表示
XML形式データ	4n0q_validation.xml.gz	50.9 KB	表示
CIF形式データ	4n0q_validation.cif.gz	73.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/4n0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/4n0q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ipcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6hbd-1 3d02-d 1dzk-d 1z17-d 1e00-d 3gqf-1 1e02-d 4l68-1 1ib5-1 3pna-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BrmeA.17368.b

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #246 - 2020年6月 SARSコロナウイルス2 スパイク (SARS-CoV-2 Spike) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Leu/Ile/Val-binding protein homolog 3

B: Leu/Ile/Val-binding protein homolog 3

C: Leu/Ile/Val-binding protein homolog 3

D: Leu/Ile/Val-binding protein homolog 3

ヘテロ分子

147 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Leu/Ile/Val-binding protein homolog 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Leu/Ile/Val-binding protein homolog 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Leu/Ile/Val-binding protein homolog 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Leu/Ile/Val-binding protein homolog 3

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.500, 59.850, 147.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Leu/Ile/Val-binding protein homolog 3 分子量: 36725.395 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 23-368 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Brucella melitensis (マルタ熱菌) 株: 16M / ATCC 23456 / NCTC 10094 / 遺伝子: BMEI1930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YEE8
#2: 化合物	ChemComp-LEU / LEUCINE / ロイシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 131.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 497 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.24 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: microfluidic / pH: 5.5 詳細: SuperCOMBI(b4): 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris-HCl, pH 5.5, 25% PEG3350, MICROFLUIDIC, temperature 294K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月6日

放射

モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 54462 / Num. obs: 53389 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 11.67

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
2.3-2.36		0.22	4.7	1	83.3
2.36-2.42		0.213	5.29	1	95.4
2.42-2.49		0.197	6.26	1	99.8
2.49-2.57		0.188	6.67	1	99.9
2.57-2.66		0.179	6.96	1	99.8
2.66-2.75		0.153	7.95	1	99.7
2.75-2.85		0.13	9.29	1	99.6
2.85-2.97		0.126	9.47	1	99.6
2.97-3.1		0.108	10.71	1	99.7
3.1-3.25		0.091	12.57	1	99.7
3.25-3.43		0.078	14.64	1	99.7
3.43-3.64		0.071	16.29	1	99.4
3.64-3.89		0.06	19.21	1	99.1
3.89-4.2		0.06	19.15	1	99.2
4.2-4.6		0.051	22.08	1	99.1
4.6-5.14		0.052	20.11	1	98.9
5.14-5.94		0.065	15.68	1	99.5
5.94-7.27		0.066	15.67	1	99.5
7.27-10.29		0.041	23.99	1	98.9
	10.29	0.036	24.33	1	96

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.3 Å	45.35 Å
Translation	2.3 Å	45.35 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
StructureStudio		データ収集
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IPC

3ipc

解像度: 2.3→19.93 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.885 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.32 / SU B: 14.24 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.519 / ESU R Free: 0.285 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26875	2727	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21226	-	-	-
obs	0.21518	50570	97.88 %	-
all	-	56012	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.747 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.56 Å²	0 Å²	-0.18 Å²
2-	-	0.49 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→19.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9698	0	36	497	10231

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	9913
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	9377
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.373	1.958	13501
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.799	3	21517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.556	5	1381
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.501	25.955	356
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.337	15	1452
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.392	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	11652
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2044
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.859	1.126	5527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.859	1.126	5526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.432	1.684	6898
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.792	1.143	4386
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	148	-
R_work	0.246	3110	-
obs	-	-	83.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1069	-0.6575	0.4605	0.2881	0.0332	0.4834	-0.0131	-0.1437	-0.1157	-0.0624	0.0615	0.0184	-0.1079	0.0127	-0.0484	0.3613	-0.0048	0.2212	0.0253	0.0143	0.1491	49.3483	47.0751	69.1651
2	0.5209	0.4367	-0.3491	1.7592	0.3486	0.5359	0.0342	-0.0686	0.021	-0.0447	0.0074	-0.0866	-0.0241	0.0685	-0.0416	0.3111	-0.0119	0.1912	0.0217	-0.0101	0.1202	52.1208	57.033	80.5144
3	0.5873	0.2195	-0.0023	0.6403	0.0026	0.3216	0.0448	0.024	0.039	0.0448	-0.0672	0.0359	0.0036	0.07	0.0225	0.1579	0.0143	-0.0653	0.142	0.0146	0.2256	50.2032	20.7531	152.6811
4	0.2387	-0.1361	-0.1852	0.4548	-0.0265	0.2594	0.041	0.0531	0.0167	-0.0421	-0.0201	0.0143	-0.0114	-0.0418	-0.0209	0.1342	0.0095	-0.0713	0.1406	-0.0021	0.2398	47.3945	30.7866	141.403
5	0.4555	-0.211	-0.4457	2.0678	1.0779	0.9723	-0.0849	-0.0337	0.0041	-0.1737	0.0006	0.1533	-0.0703	0.035	0.0843	0.2095	0.037	0.0716	0.0765	0.0258	0.0789	30.4193	49.2369	102.2711
6	0.0755	-0.086	-0.1199	1.2655	1.0663	1.4077	-0.0388	-0.0882	0.0115	0.1572	-0.0305	-0.0637	0.121	0.0565	0.0692	0.1928	0.0154	0.0617	0.1243	-0.0069	0.081	33.3986	49.713	114.0869
7	0.2294	0.0638	-0.1159	0.8195	-0.4706	0.542	0.0779	0.0289	-0.0003	-0.0622	-0.0714	-0.044	0.0147	0.0118	-0.0065	0.1779	0.0451	-0.0358	0.1564	0.0298	0.1652	68.6878	20.7057	118.7329
8	0.7344	0.4914	-0.2594	1.9629	-0.6142	0.6113	-0.0179	0.2402	0.0536	-0.4436	0.0859	0.1402	0.0831	-0.079	-0.068	0.2459	0.0596	-0.0174	0.2165	0.0773	0.0432	64.7473	27.9136	104.6577

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	24 - 158
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	159 - 355
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	23 - 158
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	159 - 355
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	24 - 225
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	226 - 355
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	24 - 261
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	262 - 355

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関連情報:EMDBヘッダ

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