PDB-4n09: Structure of Trypanosoma brucei brucei adenosine kinase in comple...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4n09

タイトル

Structure of Trypanosoma brucei brucei adenosine kinase in complex with adenosine and AMPPNP

要素

Adenosine kinase

キーワード

TRANSFERASE / anion hole / adenosine kinase / adenosine / AMPPNP

機能・相同性

機能・相同性情報

purine ribonucleotide biosynthetic process / adenosine kinase / adenosine kinase activity / AMP salvage / glycosome / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage / purine nucleobase metabolic process / nucleoplasm / ATP binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Timm, J. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Structures of adenosine kinase from Trypanosoma brucei brucei.
著者: Timm, J. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2013年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年1月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月12日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4n09.cif.gz	265.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4n09.ent.gz	221.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4n09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4n09_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4n09_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	4n09_validation.xml.gz	48.8 KB	表示
CIF形式データ	4n09_validation.cif.gz	66.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/4n09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n0/4n09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n08C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vnd-d 2hv6-2 6ijm-d 3oa4-1 4b7j-d 6cjg-d 2hv7-5 6hfd-d 2wv8-d 3zux-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Adenosine kinase

B: Adenosine kinase

C: Adenosine kinase

D: Adenosine kinase

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adenosine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Adenosine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
39 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Adenosine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Adenosine kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.9 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	184.530, 90.220, 98.040
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.78, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	A	1 - 345
2	1	B	1 - 345
1	2	A	1 - 345
2	2	C	1 - 345
1	3	A	3 - 343
2	3	D	3 - 343
1	4	B	1 - 345
2	4	C	1 - 345
1	5	B	3 - 343
2	5	D	3 - 343
1	6	C	3 - 343
2	6	D	3 - 343

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Adenosine kinase 分子量: 38228.598 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ) 株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.6.2360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q584S0, adenosine kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄
#3: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.54 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Bis Tris propane, pH 8.5, 0.2 M sodium citrate, 24 % (w/v) polyethylene glycol 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9686 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→65.04 Å / Num. obs: 45507

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
GDA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.8.0033	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.6→65.04 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 11.697 / SU ML: 0.238 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.922 / ESU R Free: 0.284 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22144	2428	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1862	-	-	-
obs	0.18802	45507	99.33 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.964 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.57 Å²	0 Å²	0.84 Å²
2-	-	0.42 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.23 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→65.04 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10261	0	192	148	10601

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	10687
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	9802
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.531	1.967	14561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.264	3	22397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.464	5	1377
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.744	23.541	449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.814	15	1584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.266	15	71
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	12283
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.929	4.377	5505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.927	4.377	5504
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.485	6.566	6874
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.196	3.434	6875
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.754	4.673	5182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.096	2.476	5181
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.245	3.634	7685
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.839	18.528	11922
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.839	18.531	11923
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18751	0.1
1	2	B	18751	0.1
2	1	A	18834	0.1
2	2	C	18834	0.1
3	1	A	17372	0.1
3	2	D	17372	0.1
4	1	B	19148	0.1
4	2	C	19148	0.1
5	1	B	17722	0.11
5	2	D	17722	0.11
6	1	C	17818	0.1
6	2	D	17818	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	173	-
R_work	0.283	3343	-
obs	-	-	99.1 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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