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- PDB-4n08: Structure of Trypanosoma brucei brucei adenosine kinase (apo) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4n08
タイトルStructure of Trypanosoma brucei brucei adenosine kinase (apo)
要素Adenosine kinase
キーワードTRANSFERASE / anion hole / adenosine kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


purine ribonucleotide biosynthetic process / adenosine kinase / adenosine kinase activity / AMP salvage / glycosome / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage / purine nucleobase metabolic process / nucleoplasm / ATP binding ...purine ribonucleotide biosynthetic process / adenosine kinase / adenosine kinase activity / AMP salvage / glycosome / ciliary plasm / purine ribonucleoside salvage / purine nucleobase metabolic process / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenosine kinase / Adenosine kinase, small domain - #10 / Adenosine kinase, small domain / Carbohydrate kinase PfkB / pfkB family carbohydrate kinase / Ribokinase / Ribokinase-like / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanine:D-glutamate ligase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Timm, J. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2014
タイトル: Structures of adenosine kinase from Trypanosoma brucei brucei.
著者: Timm, J. / Gonzalez-Pacanowska, D. / Wilson, K.S.
履歴
登録2013年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2291
ポリマ－38,2291
非ポリマー00
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.084, 60.084, 192.856
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Adenosine kinase


分子量: 38228.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
株: 927/4 GUTat10.1 / 遺伝子: Tb927.6.2360 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q584S0, adenosine kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 0.1 M Tris, pH 8.8, 60% (v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→57.36 Å / Num. obs: 11649

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0029精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.6→43.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.903 / SU B: 8.292 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.003 / ESU R Free: 0.298 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23082 551 4.8 %RANDOM
Rwork0.16705 ---
obs0.16999 10989 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.681 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.48 Å20 Å20 Å2
2--0.48 Å20 Å2
3----0.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→43.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2463 0 0 157 2620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192508
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022335
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.9473406
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82235336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9015329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.26923.645107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.12615388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8281517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022908
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5463.6541319
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5453.6481318
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8735.4681647
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.8725.4751648
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2563.8771189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2553.8831190
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.9965.7071759
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.69728.942867
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.6428.8532829
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 42 -
Rwork0.141 789 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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