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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4n05 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of R43A mutant putative ryanodine receptor from Bacteroides Thetaiotaomicron VPI-5482 | ||||||
![]() | Putative ryanodine receptor | ||||||
![]() | UNKNOWN FUNCTION / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG / PUTATIVE RYANODINE RECEPTOR / ALPHA FOLD | ||||||
機能・相同性 | ![]() ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / calcium channel complex / sarcolemma / Z disc / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of R43A mutant putative ryanodine receptor from Bacteroides Thetaiotaomicron VPI-5482 著者: Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 244.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 210.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 477.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 484 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12279.257 Da / 分子数: 6 / 変異: R43A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_2247 / プラスミド: PMCSG7 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 61 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: 1.5M NA CITRATE, 0.1M BISTRIS 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年1月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: SI111, CHANNEL / プロトコル: MOLECULAR REPLACEMENT / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97904 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 26789 / Num. obs: 26789 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 3.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Rsym value: 0.454 / % possible all: 96.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.605→42.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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