PDB-4mzp: MazF from S. aureus crystal form III, C2221, 2.7 A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mzp

タイトル

MazF from S. aureus crystal form III, C2221, 2.7 A

要素

MazF mRNA interferase

キーワード

HYDROLASE / CcdB/MazF fold / ribonuclease / MazE / mRNA interferase

機能・相同性

機能・相同性情報

rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.702 Å

データ登録者

Zorzini, V. / Loris, R. / van Nuland, N.A.J. / Cheung, A.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural and biophysical characterization of Staphylococcus aureus SaMazF shows conservation of functional dynamics.
著者: Zorzini, V. / Buts, L. / Sleutel, M. / Garcia-Pino, A. / Talavera, A. / Haesaerts, S. / Greve, H.D. / Cheung, A. / van Nuland, N.A. / Loris, R.

履歴

登録	2013年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年5月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年6月25日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mzp.cif.gz	341.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mzp.ent.gz	280.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mzp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mzp_validation.pdf.gz	487.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mzp_full_validation.pdf.gz	500 KB	表示
XML形式データ	4mzp_validation.xml.gz	29.6 KB	表示
CIF形式データ	4mzp_validation.cif.gz	42.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mzp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mzmSC 4mztC 2mf2 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1ozw-2 1n45-1 1xk0-1 4mzm-2 3f0p-1 3h7d-1 6h8t-2 1xk2-1 1oze-2 4g8u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MazF mRNA interferase

B: MazF mRNA interferase

C: MazF mRNA interferase

D: MazF mRNA interferase

E: MazF mRNA interferase

F: MazF mRNA interferase

G: MazF mRNA interferase

H: MazF mRNA interferase

120 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: MazF mRNA interferase

B: MazF mRNA interferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: MazF mRNA interferase

D: MazF mRNA interferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: MazF mRNA interferase

F: MazF mRNA interferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 2 ポリマー
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4

G: MazF mRNA interferase

H: MazF mRNA interferase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
29.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	90.881, 92.636, 222.376
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1
7	1
8	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 1:62 or resseq 70:113 )
2	1	1	chain B and (resseq 1:62 or resseq 70:113 )
3	1	1	chain C and (resseq 1:62 or resseq 70:113 )
4	1	1	chain D and (resseq 1:62 or resseq 70:113 )
5	1	1	chain E and (resseq 1:62 or resseq 70:113 )
6	1	1	chain F and (resseq 1:62 or resseq 70:113 )
7	1	1	chain G and (resseq 1:62 or resseq 70:113 )
8	1	1	chain H and (resseq 1:62 or resseq 70:113 )

#1: タンパク質	MazF mRNA interferase / Endoribonuclease MazF / Toxin MazF 分子量: 14952.206 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: N315 / 遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.13 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 2.0 M (NH4)2SO4, 0.1 M NAAC pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0394 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月10日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0394 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→39.2 Å / Num. all: 25526 / Num. obs: 25526 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 53.2 Å² / R_merge(I) obs: 0.093 / R_sym value: 0.093 / Net I/σ(I): 13.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
CCP4	(Phaser)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CCP4	(Phaser)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4MZM

4mzm

解像度: 2.702→39.2 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.48 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2426	1251	5.08 %	random
R_work	0.2085	-	-	-
obs	0.2103	24650	94.42 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 36.18 Å² / k_sol: 0.34 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.4327 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.7183 Å²	0 Å²
3-	-	-	-7.151 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.702→39.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6707	0	0	0	6707

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	7003
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.328	9220
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.211	2514
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	1153
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1181

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	781	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	781	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.068
1	3	C	778	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.061
1	4	D	768	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.07
1	5	E	782	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.094
1	6	F	770	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
1	7	G	779	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.054
1	8	H	793	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.063

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7025-2.8106	0.3259	105	0.2735	2285	X-RAY DIFFRACTION	84
2.8106-2.9385	0.3181	144	0.245	2485	X-RAY DIFFRACTION	92
2.9385-3.0934	0.2728	151	0.2341	2528	X-RAY DIFFRACTION	93
3.0934-3.2871	0.3163	145	0.2317	2546	X-RAY DIFFRACTION	95
3.2871-3.5408	0.2428	140	0.2105	2620	X-RAY DIFFRACTION	96
3.5408-3.8968	0.2279	142	0.1914	2655	X-RAY DIFFRACTION	96
3.8968-4.46	0.2003	141	0.1681	2699	X-RAY DIFFRACTION	98
4.46-5.6165	0.2016	151	0.183	2720	X-RAY DIFFRACTION	98
5.6165-39.2842	0.2427	132	0.2309	2861	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7861	0.056	0.4122	0.6035	0.0795	1.1063	-0.0026	-0.1223	0.0533	0.0219	0.0198	-0.13	-0.1322	0.3708	-0.0049	0.1574	-0.0012	-0.0377	0.1686	-0.0315	0.1342	-36.5177	2.8072	32.1085
2	0.8558	0.5654	-0.0016	0.7474	0.2229	0.9075	0.0118	-0.0282	-0.0679	-0.0875	0.0123	0.0299	0.1143	0.0085	0.0071	0.1475	0.0065	-0.0123	0.0604	-0.0106	0.1226	-48.0891	-10.0659	21.8814
3	0.939	0.2802	0.5119	0.8519	-0.0224	1.0442	0.0093	-0.0189	0.0177	-0.1341	-0.0831	0.2735	0.1649	-0.1733	-0.0983	0.1087	0.0419	-0.0445	0.1432	-0.0247	0.1887	-55.3843	19.0009	7.3381
4	0.9221	-0.0626	-0.7498	1.2383	0.5975	0.7932	0.0045	0.1255	0.0755	-0.3018	0.1788	-0.1957	-0.1147	0.1767	0.0397	0.1354	-0.0574	0.0297	0.1445	-0.0212	0.1644	-36.3608	25.559	7.433
5	1.1794	0.0235	-0.1375	1	-0.8851	1.4059	-0.0355	-0.0196	0.2485	-0.1216	0.0995	-0.0006	-0.2846	-0.0422	0.0221	0.1711	-0.0114	-0.0068	0.0497	-0.0089	0.1798	-44.0309	53.3351	24.6985
6	1.1962	-0.0743	-0.4254	0.5624	0.5408	0.9459	0.1179	-0.2206	-0.0056	0.2983	-0.168	0.2643	0.2139	-0.4292	-0.0053	0.1416	-0.0741	0.0608	0.1911	-0.0213	0.1619	-54.9587	39.8023	33.4907
7	0.4233	-0.4026	-0.1716	0.9993	0.2617	0.5921	-0.1295	-0.615	0.3706	0.1674	0.3929	-0.2178	-0.1267	0.0809	0.0669	0.1712	0.055	-0.0386	0.3702	-0.3184	0.2655	-19.8734	52.8224	48.7273
8	0.4442	-0.3388	-0.0888	0.3973	-0.1018	0.2129	-0.2029	-0.6667	-0.3787	0.1949	0.3193	0.2379	-0.0128	-0.1036	0.1924	0.1344	0.1831	-0.1649	0.1571	0.4196	-0.1842	-25.269	33.3071	46.8429

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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