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- PDB-4mzm: MazF from S. aureus crystal form I, P212121, 2.1 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mzm
タイトルMazF from S. aureus crystal form I, P212121, 2.1 A
要素mRNA interferase MazF
キーワードHYDROLASE / CcdB/MazF fold / ribonuclease / MazE / mRNA interferase
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA catabolic process / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #110 / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease MazF
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zorzini, V. / Loris, R. / van Nuland, N.A.J. / Cheung, A.
引用
ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2014
タイトル: Structural and biophysical characterization of Staphylococcus aureus SaMazF shows conservation of functional dynamics.
著者: Zorzini, V. / Buts, L. / Sleutel, M. / Garcia-Pino, A. / Talavera, A. / Haesaerts, S. / Greve, H.D. / Cheung, A. / van Nuland, N.A. / Loris, R.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2011
タイトル: Crystallization of the Staphylococcus aureus MazF mRNA interferase.
著者: Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Donegan, N.P. / Fu, Z. / Cheung, A.L. / van Nuland, N.A. / Loris, R.
#2: ジャーナル: Biomol.Nmr Assign. / 年: 2011
タイトル: 1H, 13C, and 15N backbone and side-chain chemical shift assignment of the staphylococcal MazF mRNA interferase.
著者: Zorzini, V. / Haesaerts, S. / Cheung, A. / Loris, R. / van Nuland, N.A.
履歴
登録2013年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月25日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: mRNA interferase MazF
B: mRNA interferase MazF
C: mRNA interferase MazF
D: mRNA interferase MazF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8094
ポリマ－59,8094
非ポリマー00
水3,927218
1
A: mRNA interferase MazF
B: mRNA interferase MazF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9042
ポリマ－29,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10480 Å2
手法PISA
2
C: mRNA interferase MazF
D: mRNA interferase MazF


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,9042
ポリマ－29,9042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2430 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.692, 65.190, 112.011
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
mRNA interferase MazF / Endoribonuclease MazF / Toxin MazF


分子量: 14952.206 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: N315 / 遺伝子: mazF, SA1873 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q7A4G9, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.6 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.6
詳細: 0.2 M NH4Ac, 0.1 M NaAc pH 4.6, 30% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 1.0394
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年5月5日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0394 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→56.34 Å / Num. obs: 26598 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 30.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 14

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CCP4(Phaser)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CCP4(PHASER)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1NE8

1ne8


解像度: 2.1→42.48 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0.11 / 位相誤差: 22.12 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 1295 5.04 %
Rwork0.175 --
obs0.177 25686 96.4 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.75 Å2 / ksol: 0.34 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.6633 Å2-0 Å20 Å2
2---5.2204 Å2-0 Å2
3---2.5571 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→42.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3387 0 0 218 3605
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073431
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0884647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1721312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072572
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004594
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.18390.23691200.16512485X-RAY DIFFRACTION90
2.1839-2.28330.24221570.17572566X-RAY DIFFRACTION94
2.2833-2.40370.2711300.1782662X-RAY DIFFRACTION95
2.4037-2.55420.25881400.18712679X-RAY DIFFRACTION96
2.5542-2.75140.26181360.19662708X-RAY DIFFRACTION97
2.7514-3.02820.2581410.19052732X-RAY DIFFRACTION98
3.0282-3.46620.26271590.18792765X-RAY DIFFRACTION99
3.4662-4.36640.17821570.15212843X-RAY DIFFRACTION99
4.3664-42.48990.19611550.15632951X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0643-0.46160.8180.454-0.57950.7501-0.2340.2660.2978-0.3762-0.03130.244-0.2827-0.0020.00020.3174-0.0086-0.07480.22120.00790.203214.396730.465-22.7724
20.2989-0.3618-0.29440.56520.06370.4526-0.0528-0.03930.0105-0.32630.0379-0.0496-0.2812-0.106-00.1813-0.017-0.04580.16070.01250.166216.770930.4066-18.8517
30.14850.091-0.16110.0902-0.03640.2610.5248-0.02830.5723-0.4210.3050.9185-0.2110.0673-0.00120.34480.0036-0.09970.12380.12670.47263.719213.7292-18.803
40.1820.01980.26790.1168-0.00820.3493-0.1963-0.7358-0.3345-0.16050.27120.8067-0.0924-0.42020.00030.21290.0652-0.07320.3449-0.02730.34882.000424.2819-17.4241
51.00910.7550.950.46350.57220.6267-0.16660.21160.1139-0.3140.12290.2414-0.2561-0.1846-0.00010.23860.0162-0.00730.17570.01540.21313.890330.9532-21.2157
60.31970.08820.22860.06720.0850.52-0.176-0.31530.49470.39020.4071-0.33610.1408-0.10410.00130.1976-0.005-0.00580.1672-0.00320.199613.919619.6381-8.8646
70.1781-0.32790.1670.3206-0.15530.0934-0.0862-0.0794-0.2460.01780.27530.16050.22350.2551-0.00040.2540.0797-0.0320.26830.03190.275914.2452-8.96315.769
80.9355-0.3270.75820.3167-0.40120.5366-0.0378-0.1035-0.1634-0.03490.0785-0.07630.17260.10850.00010.19610.0320.02290.1583-0.00450.198212.4239-6.9914-3.4023
90.06820.0357-0.04890.0402-0.05490.0704-0.12380.05030.259-0.7351-0.4293-0.39260.71550.6285-0.00170.260.17270.03190.74580.35150.42427.8633-6.09460.3576
100.0688-0.0740.01910.07320.10320.2813-0.0491-0.1224-0.3939-0.4666-0.0865-0.48580.24170.22270.00020.15220.05060.05210.287-0.0120.218217.9787-3.2491-7.709
110.22430.3681-0.05570.3708-0.16470.1955-0.10680.04560.13410.17110.06070.06490.0025-0.03990.00010.21420.0461-0.07760.2126-0.00090.269612.9991-12.84182.7928
120.24590.0527-0.09110.649-0.26020.0908-0.23470.21380.27970.17480.0622-0.133-0.29590.30110.00050.232-0.0097-0.02260.19360.01570.215614.28995.8985-1.9386
131.69510.7619-0.65880.3494-0.27633.43690.06680.75350.8887-0.17050.68420.0208-0.57150.30760.30060.2518-0.0284-0.07640.33140.02840.10830.16023.5741-20.3687
140.8738-0.14890.72610.41540.2110.75530.06540.0409-0.08080.0229-0.044-0.00240.16220.0225-00.181-0.02280.00370.1575-0.02020.14721.5603-5.8595-13.5696
15-0.0014-0.0582-0.02390.13680.14190.1017-0.1838-0.1259-0.16580.1818-0.29960.29880.6459-0.64130.00040.3159-0.06760.03690.344-0.04660.2172-11.1658-4.03871.2136
160.26570.2537-0.27460.6192-0.10680.32730.0753-0.26330.2999-0.2848-0.06270.23260.2408-0.2876-00.1368-0.0247-0.07560.1748-0.01510.209-11.8475-2.3769-8.2496
170.4090.3086-0.10680.4147-0.32850.3122-0.0920.0452-0.2482-0.05150.01470.27380.06950.0445-0.00010.24320.0086-0.02890.2198-0.02990.2195-1.0201-5.0532-16.2379
180.32880.1705-0.3790.43670.14040.5998-0.1341-0.14290.41210.0597-0.0160.2395-0.3464-0.18420.00010.20140.01330.01660.2047-0.00360.1834-1.19226.4704-3.2515
191.05940.63840.1730.55790.33930.6887-0.01440.5793-0.6462-0.15050.0512-0.54360.2227-0.41920.04070.15160.05090.08650.3411-0.12180.206329.229111.7772-25.2256
200.10090.1176-0.10670.1268-0.11530.0573-0.52150.0230.4895-0.09770.4169-0.7835-1.01820.0738-0.0011.098-0.1592-0.01610.7482-0.00230.350628.150828.1271-30.2821
210.2279-0.33220.08130.5377-0.16090.34160.0010.1031-0.1956-0.17730.0915-0.13810.07270.16080.00010.1466-0.03950.05270.174-0.05040.1727.319116.9554-20.0015
22-0.00180.0444-0.03290.0711-0.05270.0323-0.5064-0.2076-0.0177-0.81230.1972-1.0520.17090.95010.00140.46020.07890.13180.5653-0.02580.578642.354816.3103-20.4422
230.66240.5473-0.25361.03570.67420.7652-0.0540.2267-0.1279-0.31190.1836-0.2388-0.29880.133400.2392-0.03090.08060.2419-0.08840.245131.061216.9559-23.8806
240.10080.0710.14180.15840.03450.2058-0.12470.060.14340.06490.2095-0.1237-0.04270.094200.218-0.0126-0.00630.2076-0.03750.210728.507619.7904-9.3849
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:19)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 20:48)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 49:57)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 58:75)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 76:94)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 95:114)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 0:11)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 12:60)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 61:70)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 71:79)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 80:93)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 94:113)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 0:5)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 6:46)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 47:57)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 58:77)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain D and resid 78:95)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain D and resid 96:113)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain B and resid 0:12)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain B and resid 13:24)
21X-RAY DIFFRACTION21(chain B and resid 25:59)
22X-RAY DIFFRACTION22(chain B and resid 60:69)
23X-RAY DIFFRACTION23(chain B and resid 70:96)
24X-RAY DIFFRACTION24(chain B and resid 97:113)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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