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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4mz8 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with an Internal Deletion of CBS Domain from Campylobacter jejuni complexed with inhibitor compound C91 | ||||||
要素 | Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Structural Genomics / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / TIM barrel / alpha-beta structure / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 IMP dehydrogenase activity / IMP dehydrogenase / GMP biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5004 Å | ||||||
データ登録者 | Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Gorla, S.K. / Hedstrom, L. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of the Inosine 5'-monophosphate Dehydrogenase, with a Internal Deletion of CBS Domain from Campylobacter jejuni complexed with inhibitor compound C91 著者: Kim, Y. / Makowska-Grzyska, M. / Gu, M. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4mz8.cif.gz | 556.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4mz8.ent.gz | 463.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4mz8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4mz8_validation.pdf.gz | 2.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4mz8_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4mz8_validation.xml.gz | 55.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4mz8_validation.cif.gz | 76.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mz8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mz/4mz8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4fo4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 43524.820 Da / 分子数: 4 / 断片: IMPDH-delta-S-CBS / 変異: CBS domain (residues 92-195) is replaced with G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Campylobacter jejuni subsp. jejuni (カンピロバクター) 株: NCTC 11168 / 遺伝子: guaB, Cj1058c / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 magic / 参照: UniProt: Q0P9J4, IMP dehydrogenase |
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-非ポリマー , 10種, 325分子
#2: 化合物 | ChemComp-IMP / #3: 化合物 | ChemComp-C91 / #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-CL / #10: 化合物 | ChemComp-2F2 / | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.33 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.5, 10 % dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 100K, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 68101 / Num. obs: 68101 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.8 % / Biso Wilson estimate: 46.46 Å2 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 10.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 6.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.699 / % possible all: 99 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 4FO4 解像度: 2.5004→39.231 Å / SU ML: 0.28 / Isotropic thermal model: mixed / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.01 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 65.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5004→39.231 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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