+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4myn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of Trypanosoma cruzi formiminoglutamase N114H variant with Mn2+2 | ||||||
要素 | Formiminoglutamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / arginase/deacetylase (a/b) fold | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 putrescine biosynthetic process from arginine, using agmatinase / agmatinase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.799 Å | ||||||
データ登録者 | Hai, Y. / Dugery, R.J. / Healy, D. / Christianson, D.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013 タイトル: Formiminoglutamase from trypanosoma cruzi is an arginase-like manganese metalloenzyme. 著者: Hai, Y. / Dugery, R.J. / Healy, D. / Christianson, D.W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4myn.cif.gz | 73.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb4myn.ent.gz | 53 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4myn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4myn_validation.pdf.gz | 428.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 4myn_full_validation.pdf.gz | 431.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4myn_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4myn_validation.cif.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4myn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4myn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34661.270 Da / 分子数: 1 / 変異: N114H, S302P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ) プラスミド: pET vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4DSA0, formimidoylglutamase | ||
---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.8 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: Apo-enzyme was crystallized in the following conditions: a 4 uL drop of protein solution [10 mg/mL protein, 50 mM bicine (pH 8.5), 100 uM MnCl2] was mixed with a 4 uL drop of precipitant ...詳細: Apo-enzyme was crystallized in the following conditions: a 4 uL drop of protein solution [10 mg/mL protein, 50 mM bicine (pH 8.5), 100 uM MnCl2] was mixed with a 4 uL drop of precipitant solution [25% PEG 3350, 0.1 M sodium acetate (pH 4.6)] on a siliconized cover slide and equilibrated against a 500 uL reservoir of precipitant solution. To obtain the Mn2+ bound form, apo-crystal was soaked in 10 mM MnCl2, 0.1 M sodium malonate (pH 7.5), 27% PEG 3350 for 24 hours, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月19日 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.075 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 24658 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 18.949 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.754 / Mean I/σ(I) obs: 2.966 / Rsym value: 0.754 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2A0M 解像度: 1.799→30.012 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 23.67 / 立体化学のターゲット値: ML
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 42.837 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 36.1 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.799→30.012 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|