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万見
- PDB-4myg: MAPK13, active form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4myg
タイトルMAPK13, active form
要素Mitogen-activated protein kinase 13
キーワードTRANSFERASE / p38 kinase / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to sorbitol / cellular response to anisomycin / cellular response to sodium arsenite / response to osmotic stress / cellular response to interleukin-1 / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / stress-activated MAPK cascade / p38MAPK events / NOD1/2 Signaling Pathway ...cellular response to sorbitol / cellular response to anisomycin / cellular response to sodium arsenite / response to osmotic stress / cellular response to interleukin-1 / MAP kinase activity / mitogen-activated protein kinase / stress-activated MAPK cascade / p38MAPK events / NOD1/2 Signaling Pathway / positive regulation of interleukin-6 production / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of inflammatory response / cellular response to UV / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 13 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain ...Mitogen-activated protein kinase 13 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitogen-activated protein kinase 13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.594 Å
データ登録者Yurtsever, Z. / Brett, T.J. / Scheaffer, S.M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The crystal structure of phosphorylated MAPK13 reveals common structural features and differences in p38 MAPK family activation.
著者: Yurtsever, Z. / Scheaffer, S.M. / Romero, A.G. / Holtzman, M.J. / Brett, T.J.
履歴
登録2013年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 13
B: Mitogen-activated protein kinase 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,8642
ポリマ－85,8642
非ポリマー00
水3,315184
1
A: Mitogen-activated protein kinase 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9321
ポリマ－42,9321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Mitogen-activated protein kinase 13


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9321
ポリマ－42,9321
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.232, 107.232, 125.531
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 13 / MAP kinase 13 / MAPK 13 / Mitogen-activated protein kinase p38 delta / MAP kinase p38 delta / ...MAP kinase 13 / MAPK 13 / Mitogen-activated protein kinase p38 delta / MAP kinase p38 delta / Stress-activated protein kinase 4


分子量: 42932.004 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-352 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK13, PRKM13, SAPK4 / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2(DE3) / 参照: UniProt: O15264, mitogen-activated protein kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.31 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 100 mM Bis-Tris, 21% PEG3350, 200 mM sodium chloride, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 105 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0007 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月24日
放射モノクロメーター: sagitally focused double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0007 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.594→50 Å / Num. all: 24975 / Num. obs: 24975 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.9 % / Biso Wilson estimate: 48.55 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.088 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.594→2.69 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Rsym value: 0.59 / % possible all: 90.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
BALBES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1CM8

1cm8


解像度: 2.594→49.307 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 1265 5.08 %
Rwork0.2048 --
obs0.2074 24883 97.87 %
all-24884 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.594→49.307 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5474 0 0 184 5658
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0055608
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0157594
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3972102
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039826
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004966
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5935-2.69730.32781130.26172460X-RAY DIFFRACTION91
2.6973-2.82010.30621560.26252553X-RAY DIFFRACTION97
2.8201-2.96880.3351290.24582629X-RAY DIFFRACTION99
2.9688-3.15470.2711660.23992654X-RAY DIFFRACTION99
3.1547-3.39830.28571370.22722634X-RAY DIFFRACTION99
3.3983-3.74010.28681410.20162651X-RAY DIFFRACTION99
3.7401-4.28110.22171390.19252650X-RAY DIFFRACTION99
4.2811-5.39260.24821530.18332652X-RAY DIFFRACTION100
5.3926-49.31580.20111310.18052735X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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