PDB-4myd: 1.37 Angstrom Crystal Structure of E. Coli 2-succinyl-6-hydroxy-2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4myd

タイトル

1.37 Angstrom Crystal Structure of E. Coli 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase (MenH) in complex with SHCHC

要素

2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase

キーワード

LYASE / alpha/beta hydrolase fold / 2-succinyl-6-hydroxy-2 / 4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase activity / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.374 Å

データ登録者

Sun, Y. / Yin, S. / Feng, Y. / Li, J. / Zhou, J. / Liu, C. / Zhu, G. / Guo, Z.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Molecular basis of the general base catalysis of an alpha / beta-hydrolase catalytic triad.
著者: Sun, Y. / Yin, S. / Feng, Y. / Li, J. / Zhou, J. / Liu, C. / Zhu, G. / Guo, Z.

履歴

登録	2013年9月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年4月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年5月7日	Group: Database references
改定 1.2	2022年8月24日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / database_2 / struct_site Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4myd.cif.gz	564.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4myd.ent.gz	489.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4myd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4myd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/my/4myd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mxdC 4mysC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4mys-1 4gdm-1 3e0x-2 4ke6-3 3amq-4 4geg-2 3rli-d 5y51-2 4kea-3 4mys-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase

B: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase

C: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase

ヘテロ分子

83.6 kDa, 3 ポリマー
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1

A: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
28 kDa, 1 ポリマー
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3

C: 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	121.850, 121.850, 46.850
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	144
Space group name H-M	P3₁

#1: タンパク質	2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase / SHCHC synthase 分子量: 27713.338 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2263, JW2258, menH, yfbB / プラスミド: pETM / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P37355, 2-succinyl-6-hydroxy-2,4-cyclohexadiene-1-carboxylate synthase
#2: 化合物	ChemComp-164 / 2-(3-CARBOXYPROPIONYL)-6-HYDROXY-CYCLOHEXA-2,4-DIENE CARBOXYLIC ACID / 2-(3-カルボキシプロピオニル)-6β-ヒドロキシシクロヘキサ-2,4-ジエン-1α-カルボン酸分子量: 240.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 797 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.07 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 1.6M Na/K phosphate pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月15日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.37→46.85 Å / Num. all: 161941 / Num. obs: 161905 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.3 % / B_iso Wilson estimate: 13.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 1.37→1.45 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.776 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.374→42.82 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.26 / FOM work R set: 0.9134 / SU ML: 0.13 / Isotropic thermal model: Anisotropic / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 15.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1657	8106	5.01 %
R_work	0.1277	-	-
obs	0.1297	161886	99.86 %
all	-	161941	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 84.06 Å² / B_iso mean: 29.8566 Å² / B_iso min: 7.43 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.374→42.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5806	0	34	797	6637

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	7966
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.191	10827
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.526	2810
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1167
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1444

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.374-1.3896	0.2904	253	0.235	5096	5349	99
1.3896-1.406	0.2405	242	0.2123	5102	5344	100
1.406-1.4231	0.2685	237	0.1984	5259	5496	100
1.4231-1.4411	0.2265	273	0.1786	5069	5342	100
1.4411-1.4601	0.2113	257	0.1677	5156	5413	100
1.4601-1.4801	0.1941	255	0.1552	5149	5404	100
1.4801-1.5012	0.2054	267	0.1414	5194	5461	100
1.5012-1.5237	0.1792	270	0.1389	5062	5332	100
1.5237-1.5475	0.1973	246	0.1365	5148	5394	100
1.5475-1.5728	0.1825	283	0.1265	5157	5440	100
1.5728-1.6	0.15	275	0.1172	5139	5414	100
1.6-1.6291	0.1792	289	0.1195	5089	5378	100
1.6291-1.6604	0.1629	273	0.1146	5126	5399	100
1.6604-1.6943	0.1562	262	0.1086	5140	5402	100
1.6943-1.7311	0.1608	270	0.1095	5139	5409	100
1.7311-1.7714	0.1481	286	0.1063	5146	5432	100
1.7714-1.8157	0.1549	307	0.1105	5059	5366	100
1.8157-1.8648	0.1654	285	0.1106	5153	5438	100
1.8648-1.9197	0.1522	270	0.1089	5126	5396	100
1.9197-1.9816	0.148	260	0.1132	5129	5389	100
1.9816-2.0524	0.1527	287	0.1145	5081	5368	100
2.0524-2.1346	0.1425	243	0.1105	5209	5452	100
2.1346-2.2318	0.1498	245	0.1156	5138	5383	100
2.2318-2.3494	0.147	269	0.1098	5150	5419	100
2.3494-2.4966	0.1447	264	0.1152	5083	5347	100
2.4966-2.6893	0.1815	295	0.1249	5110	5405	100
2.6893-2.9599	0.1506	274	0.1292	5149	5423	100
2.9599-3.3881	0.1694	301	0.1332	5077	5378	100
3.3881-4.268	0.152	277	0.1141	5125	5402	100
4.268-42.8406	0.1812	291	0.1623	5020	5311	98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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