ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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SAINT | | データスケーリング | | SAINT | | データ削減 | | PHASER | | 位相決定 | | PHENIX | 1.8_1069精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | ADSC | Quantumデータ収集 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→30.562 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.67 / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.14 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2656 | 699 | 5.09 % |
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Rwork | 0.2545 | - | - |
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obs | 0.2551 | 13737 | 97.98 % |
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all | - | 13737 | - |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 177.29 Å2 / Biso mean: 73.974 Å2 / Biso min: 26.96 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→30.562 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1738 | 0 | 0 | 53 | 1791 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.009 | 1750 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.267 | 2375 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.077 | 273 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.005 | 301 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d15.237 | 636 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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2.4-2.5856 | 0.3816 | 148 | 0.3126 | 2559 | 2707 | 99 | 2.5856-2.8456 | 0.3117 | 123 | 0.3095 | 2571 | 2694 | 99 | 2.8456-3.2569 | 0.3225 | 154 | 0.282 | 2559 | 2713 | 98 | 3.2569-4.1018 | 0.2314 | 116 | 0.2496 | 2618 | 2734 | 98 | 4.1018-30.5645 | 0.2328 | 158 | 0.2223 | 2731 | 2889 | 96 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 3.0383 | 1.9161 | -1.4075 | 1.3512 | -1.0484 | 0.7857 | 0.5709 | -1.301 | -0.0491 | 1.1991 | -0.5358 | 1.0054 | 0.7489 | -1.4156 | -0.1071 | 1.0428 | -0.4803 | 0.2651 | 1.0186 | 0.1278 | 0.9401 | -17.2792 | 16.4916 | 51.0641 | 2 | 8.6739 | 1.7067 | 1.576 | 6.042 | 0.0774 | 5.7524 | 0.1958 | -0.1386 | 0.2012 | 0.6811 | -0.1012 | 0.8249 | 0.411 | -0.6416 | -0.114 | 0.4525 | -0.1236 | 0.0192 | 0.2512 | 0.0087 | 0.4467 | -8.78 | 19.6715 | 39.301 | 3 | 2.1129 | 8.2071 | 7.1488 | 9.7863 | 6.6576 | 8.2982 | -0.7863 | 0.022 | 0.7963 | -0.0909 | 0.3882 | 0.1481 | -0.7112 | -0.1851 | 0.4014 | 0.5825 | 0.1228 | 0.1028 | 0.5112 | 0.0988 | 0.8806 | 0.1381 | -6.3706 | 32.0897 | 4 | 4.1334 | 0.4553 | 2.5103 | 3.7091 | -1.2861 | 6.421 | 0.4766 | 0.2691 | -0.5115 | 0.5969 | 0.1119 | -0.0169 | 0.9192 | 0.0923 | -0.4973 | 0.5779 | -0.049 | -0.2295 | 0.1824 | 0.0525 | 0.528 | -5.7347 | 13.3217 | 32.6143 | 5 | 6.1701 | 4.0869 | -1.9197 | 7.9658 | 1.3323 | 2.8036 | 0.3938 | -0.6298 | -0.7261 | 1.0404 | -0.196 | -0.2757 | 0.4956 | -0.0763 | -0.1547 | 3.2274 | -0.7148 | -0.4625 | -0.3199 | 0.7396 | 0.6527 | -6.6251 | 0.2348 | 54.4754 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resseq 3:75)A3 - 75 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resseq 76:136)A76 - 136 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resseq 137:155)A137 - 155 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 4 | chain 'A' and (resseq 156:214)A156 - 214 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 5 | chain 'A' and (resseq 215:227)A215 - 227 | | | | | | | | | | |
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