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- PDB-4mw3: Structural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mw3
タイトルStructural Basis for Ca2+ Selectivity of a Voltage-gated Calcium Channel
要素Ion transport protein
キーワードMETAL TRANSPORT / Tetrameric / Voltage-gated Ion Channel / Voltage-gated Calcium Channel / Transport Protein / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated potassium channels. Chain C / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Helix Hairpins - #70 / Voltage-dependent channel domain superfamily / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Ion transport domain / Ion transport protein / Helix Hairpins / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2997 Å
データ登録者Tang, L. / Gamal El-Din, T.M. / Payandeh, J. / Martinez, G.Q. / Heard, T.M. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Structural basis for Ca2+ selectivity of a voltage-gated calcium channel.
著者: Tang, L. / Gamal El-Din, T.M. / Payandeh, J. / Martinez, G.Q. / Heard, T.M. / Scheuer, T. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
履歴
登録2013年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22014年1月15日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related
Item: _pdbx_database_related.db_id / _pdbx_database_related.db_name
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,88223
ポリマ－109,8994
非ポリマー10,98319
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19650 Å2
ΔGint-203 kcal/mol
Surface area43870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.755, 178.270, 130.950
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 132.63, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Ion transport protein


分子量: 27474.684 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (バクテリア)
株: RM4018 / 遺伝子: Abu_1752 / プラスミド: PFASTBAC DUAL / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.75
詳細: CHAPSO:DMPC bicelles, 0.1M Na-Acetate,pH 4.75, 2M Ammonium Sulfate, 28% Glucose, 15mM Calcium Chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.75 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.75 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2997→42.36 Å / Num. all: 39450 / Num. obs: 39450 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル解像度: 3.2997→3.48 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.606 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 92.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2997→42.317 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.25 / 位相誤差: 27.8 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2667 3905 5.04 %
Rwork0.2495 --
obs0.2504 77408 87 %
all-39404 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2997→42.317 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7192 0 191 4 7387
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0157568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.75410272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0382624
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0831224
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091192
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2997-3.340.31891440.30062742X-RAY DIFFRACTION91
3.34-3.38220.35051260.28662794X-RAY DIFFRACTION92
3.3822-3.42670.29541660.28512695X-RAY DIFFRACTION92
3.4267-3.47360.31911560.30762742X-RAY DIFFRACTION91
3.4736-3.52320.27641580.27312748X-RAY DIFFRACTION91
3.5232-3.57580.30861580.25532689X-RAY DIFFRACTION91
3.5758-3.63160.28951400.26742776X-RAY DIFFRACTION91
3.6316-3.69120.31271660.27462720X-RAY DIFFRACTION90
3.6912-3.75480.2741250.28072730X-RAY DIFFRACTION90
3.7548-3.8230.2971300.23972732X-RAY DIFFRACTION90
3.823-3.89650.24781440.21712623X-RAY DIFFRACTION89
3.8965-3.9760.24071480.20222715X-RAY DIFFRACTION89
3.976-4.06230.24311500.21172632X-RAY DIFFRACTION89
4.0623-4.15680.28141190.22242625X-RAY DIFFRACTION88
4.1568-4.26060.27041560.25012738X-RAY DIFFRACTION89
4.2606-4.37570.27811510.23412624X-RAY DIFFRACTION88
4.3757-4.50430.25111400.2352645X-RAY DIFFRACTION86
4.5043-4.64950.23811360.2232570X-RAY DIFFRACTION86
4.6495-4.81550.25721470.24512606X-RAY DIFFRACTION86
4.8155-5.0080.25441230.22582601X-RAY DIFFRACTION86
5.008-5.23550.27281460.25862577X-RAY DIFFRACTION85
5.2355-5.5110.31811290.28372496X-RAY DIFFRACTION84
5.511-5.85550.29541050.28312535X-RAY DIFFRACTION84
5.8555-6.30620.28171260.292553X-RAY DIFFRACTION83
6.3062-6.93830.27831490.25782420X-RAY DIFFRACTION82
6.9383-7.93660.23791410.24412426X-RAY DIFFRACTION81
7.9366-9.97760.19341240.21512444X-RAY DIFFRACTION81
9.9776-42.32020.27941020.26442305X-RAY DIFFRACTION76

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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