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万見
- PDB-4mvb: 42F3 pCPB7/H-2Ld Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mvb
タイトル42F3 pCPB7/H-2Ld Complex
要素
  • 42F3 alpha VmCh
  • 42F3 beta VmCh
  • H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
  • pCPB7
キーワードIMMUNE SYSTEM / Ig / TCR / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell receptor complex / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / defense response / MHC class I protein complex / phagocytic vesicle membrane / adaptive immune response / cell surface receptor signaling pathway / immune response / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / : ...: / Domain of unknown function (DUF1968) / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Immunoglobulin V-Type / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / Immunoglobulin V-set domain / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T cell receptor beta, variable 13-1 / T-cell receptor alpha chain V region PHDS58 / H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.088 Å
データ登録者Birnbaum, M.E. / Adams, J.J. / Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Nat. Immunol. / 年: 2016
タイトル: Structural interplay between germline interactions and adaptive recognition determines the bandwidth of TCR-peptide-MHC cross-reactivity.
著者: Adams, J.J. / Narayanan, S. / Birnbaum, M.E. / Sidhu, S.S. / Blevins, S.J. / Gee, M.H. / Sibener, L.V. / Baker, B.M. / Kranz, D.M. / Garcia, K.C.
履歴
登録2013年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月26日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 42F3 alpha VmCh
D: 42F3 beta VmCh
A: H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain
B: pCPB7


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,6934
ポリマ－72,6934
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)172.799, 60.402, 69.652
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 42F3 alpha VmCh


分子量: 23383.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01738*PLUS
#2: タンパク質 42F3 beta VmCh


分子量: 27248.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus, Homo sapiens / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075B5I3*PLUS
#3: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, L-D alpha chain


分子量: 21115.303 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 25-203 / Mutation: F8Y, V12T, P15R, I23T, N30D, A49V, K131R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01897
#4: タンパク質・ペプチド pCPB7


分子量: 946.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 25% PEG 3350, 100mM BIS-TRIS pH 5.5 and 200mM ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年2月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40 Å / Num. all: 13152 / Num. obs: 11969 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 5
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / % possible all: 80.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.088→34.489 Å / SU ML: 0.44 / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2789 587 4.91 %random
Rwork0.231 ---
all0.2334 13304 --
obs0.2334 11956 89.87 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.088→34.489 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4920 0 0 0 4920
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025055
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6256860
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8981806
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047714
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002899
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.088-3.39850.37041260.30952554X-RAY DIFFRACTION81
3.3985-3.88960.28641430.26622880X-RAY DIFFRACTION92
3.8896-4.89830.26421660.21592918X-RAY DIFFRACTION93
4.8983-34.49120.26171520.20583017X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.65940.3708-0.636.16020.8195.42140.48730.32660.18060.28670.10520.8708-0.5315-0.4089-0.43820.61770.07-0.01860.56680.09010.579244.1222-16.493710.2627
20.93710.30980.5270.11510.19080.5375-0.32350.0251-0.56891.4268-0.0347-0.47170.37241.14140.35881.2068-0.20270.18550.8068-0.03690.628156.1479-19.990612.2567
38.7018-2.5505-4.21985.1828-1.64573.9253-0.26360.9792-0.6080.86240.0940.49491.9565-1.2613-0.06530.9644-0.2702-0.0190.7257-0.21320.586451.1426-25.08810.0596
45.0034-0.2698-2.08794.01581.53493.91350.00420.1065-0.4311-0.062-0.3-0.52840.3507-0.20460.24250.5693-0.0201-0.0340.5105-0.04980.638946.6345-16.126611.944
53.27213.5685-3.95823.7768-4.22434.49450.2799-2.23380.9509-0.3703-0.18451.77191.53521.3570.30911.0195-0.12770.34181.007-0.06331.138927.0221-21.875524.4904
62.89074.85721.25318.73360.10859.2898-1.0138-0.38060.33940.5710.30152.11730.8166-1.75530.95830.8914-0.07460.23541.04740.0181.083812.9961-4.764333.2221
73.68821.0452-1.39688.9637-4.96586.3085-0.75840.7622-0.9757-0.7667-0.4389-1.3519-1.061-0.61881.23081.959-0.1754-0.05591.23630.06320.690717.0757-12.593118.8246
84.9996-2.0509-0.8147.85235.15863.42860.3183-0.05760.7846-0.1530.2785-1.20840.36431.3791-0.87360.8027-0.12160.18390.9467-0.08440.868225.5978-12.686428.8066
94.6287-2.90313.25635.5898-5.95988.64431.68640.7082-0.9058-0.7721-0.79351.36980.6090.676-0.83241.1398-0.1544-0.09391.1181-0.12810.654320.7486-11.297327.7575
104.2584-3.1981-1.9952.44670.54548.68330.23850.70920.0429-0.6229-0.70461.13881.3231-1.90810.57210.7821-0.1305-0.10571.303-0.06741.20078.4401-11.184623.8892
115.6645-5.54060.87575.3174-1.11071.66440.5835-1.19562.11440.01740.8748-1.6413-1.1236-0.0404-0.89591.47030.08460.23930.7662-0.01440.845847.79368.933919.9632
123.4113-5.26422.30359.1498-1.77925.2177-0.2990.01660.2762-1.2956-0.0228-0.9574-0.16970.72570.31020.9793-0.15490.21620.69260.00590.658453.46041.282210.0409
137.0092-4.7308-2.52035.99481.49772.63340.36090.36570.5248-0.3266-0.1965-0.2229-0.48610.3197-0.11640.9889-0.18980.04580.6058-0.09430.501746.94126.328115.6334
144.53952.3475-1.53325.7334-1.03455.04740.06580.15970.0710.05930.36460.1860.0945-0.3393-0.43930.59220.03-0.01320.5846-0.05160.520824.4969-2.998430.6049
155.72933.9458-4.2353.8959-5.32219.22550.6320.22460.44771.96020.14420.6066-1.7215-0.066-0.75810.820.1383-0.01340.5792-0.08740.602327.77319.037134.2638
168.380.9515-3.92577.385-0.08533.70690.97381.13561.082-0.4627-0.8564-0.9233-1.3102-0.4487-0.22870.9767-0.0977-0.03081.40180.43060.86681.0304-5.90574.141
177.1073-0.6968-4.55851.10652.13125.5383-0.1464-0.4019-0.0089-0.39221.92250.1138-1.15581.5569-1.69050.75540.05020.13261.80010.57231.475981.8119-7.2402-4.9726
184.12-1.7989-3.86753.1201-0.52295.70990.51631.32970.9838-0.4677-0.66970.2501-1.2745-0.8740.3151.03460.22340.08611.74670.57151.387376.99090.1843-7.7958
196.3542-1.03960.09588.991.35999.47850.0476-0.61131.38910.87380.0076-0.1659-0.42490.4388-0.09150.5976-0.1011-0.02381.1757-0.00620.853875.3811-4.57879.6829
205.40730.5677-1.80364.7753-3.79583.49380.2381-1.32930.50870.52540.13880.76020.67530.6544-0.43380.58150.10320.1910.87660.07391.16378.7608-19.62697.4207
211.96911.21081.787.98994.08432.794-0.7058-0.7527-1.0019-0.38231.1451-0.6713-0.21291.4479-0.32641.15690.1633-0.00661.54170.12090.602175.3849-24.062814.687
225.7208-0.2845-3.28215.54094.30677.1611-0.25520.21050.37730.38970.25340.33721.03340.67920.17060.6302-0.07990.14051.26130.0290.810970.6102-17.5626.2294
232.5717-2.52860.95794.218-0.15160.71230.4153-1.46292.2871-1.7819-0.56210.034-0.5528-0.4087-0.01481.105-0.21190.15631.0302-0.3171.126669.2767-9.28818.4816
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 2 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 44 through 54 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 55 through 71 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 72 through 106 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 107 through 120 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 121 through 139 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 140 through 154 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 155 through 169 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 170 through 179 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 180 through 200 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 3 through 25 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 26 through 64 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 65 through 120 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 121 through 198 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 199 through 241 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 2 through 28 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 29 through 37 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 38 through 56 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 57 through 103 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'A' and (resid 104 through 126 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'A' and (resid 127 through 137 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'A' and (resid 138 through 175 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'B' and (resid 1 through 9 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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