PDB-4mv0: IspH in complex with pyridin-2-ylmethyl diphosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mv0

タイトル

IspH in complex with pyridin-2-ylmethyl diphosphate

要素

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Iron-sulfur cluster / Reductase / pyridin-2-ylmethyl diphosphate / Cytosol

機能・相同性

4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase, catalytic domain / Rossmann fold - #11270 / Cobalt-precorrin-4 Transmethylase; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / pyridin-2-ylmethyl trihydrogen diphosphate / FE3-S4 CLUSTER / :

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Span, I. / Wang, K. / Song, Y. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Oldfield, E. / Groll, M.

引用

ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Insights into the Binding of Pyridines to the Iron-Sulfur Enzyme IspH.
著者: Span, I. / Wang, K. / Eisenreich, W. / Bacher, A. / Zhang, Y. / Oldfield, E. / Groll, M.

履歴

登録	2013年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月9日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mv0.cif.gz	258.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mv0.ent.gz	209.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mv0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mv0_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mv0_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4mv0_validation.xml.gz	25.8 KB	表示
CIF形式データ	4mv0_validation.cif.gz	36.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/4mv0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mv/4mv0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4muxC 4muyC 4mv5C 3ke8S 3dnf 3f7t S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3kef-2 4muy-2 3utc-2 3kef-3 3uv6-2 4muy-1 3zgn-2 4eb3-1 3utd-1 3uv6-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

73.3 kDa, 2 ポリマー
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1

A: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	69.470, 80.800, 111.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.999843, 0.009452, 0.014959), (0.009327, 0.999921, -0.008436), (-0.015037, -0.008295, -0.999853)	-65.5236, 0.3302, -0.31311

#1: タンパク質	4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase 分子量: 36107.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: ECDH1ME8569_0026, ispH / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL-1 blue 参照: UniProt: C9QSC3, 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase
#2: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄
#3: 化合物	ChemComp-2E6 / pyridin-2-ylmethyl trihydrogen diphosphate / 二りん酸α-(2-ピリジニルメチル) 分子量: 269.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₉NO₇P₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 6.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M ammonium sulfate, 25% PEG3350, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月5日
放射	モノクロメーター: double-crystal fixed-exit monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. all: 50202 / Num. obs: 49549 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.9 % / R_sym value: 0.09 / Net I/σ(I): 11.37
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.82 / R_sym value: 0.421 / % possible all: 95.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.7.0029	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KE8

3ke8

解像度: 1.9→14.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 9.504 / SU ML: 0.141 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.256	2472	5 %
R_work	0.218	-	-
obs	0.22	49441	98.5 %
all	-	47666	-

溶媒の処理

溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.53 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.43 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	3.32 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4773	0	46	246	5065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	4895
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4751
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.399	1.976	6636
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.744	3	10900
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.455	5	617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.244	24.159	226
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.491	15	853
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.198	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	762
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5553
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.985	1.57	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.983	1.569	2473
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.712	2.348	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.974	3	9646
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	29.692	5	78
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	16.279	5	9747

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.375	171	-
R_work	0.365	3245	-
obs	-	-	95.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.4502	-2.2854	-0.5051	2.2672	0.5748	0.9931	-0.1044	-0.2646	0.076	0.1025	0.1751	-0.423	0.1292	0.274	-0.0707	0.1194	0.026	-0.0049	0.3224	-0.0001	0.2975	-6.9556	-8.855	-7.6847
2	4.7209	1.1109	2.5285	1.0773	0.6024	1.4314	0.1132	0.0185	-0.3227	-0.0073	-0.0039	-0.0453	0.145	-0.0493	-0.1093	0.1264	-0.0088	0.0242	0.2731	-0.0015	0.229	-29.6721	-9.8978	-10.8036
3	2.1863	-0.2848	1.1242	2.1939	0.9981	4.8274	-0.0691	-0.0336	-0.0977	-0.6977	0.073	0.3228	0.0948	-0.1212	-0.0038	0.319	-0.0103	-0.0539	0.3288	-0.0126	0.3506	-40.1656	-13.4993	-21.2635
4	2.3854	-1.8858	0.3665	4.0603	-0.2973	0.5205	0.1804	0.1933	-0.1389	-0.3437	-0.1472	-0.076	0.0725	0.0871	-0.0332	0.1831	-0.0035	-0.0181	0.3152	0.0112	0.2835	-26.9623	-10.1363	-21.2512
5	5.3919	-3.6861	1.699	6.2222	1.5958	2.6133	0.4568	0.2777	0.1619	-0.8905	-0.4147	-0.3225	-0.2615	-0.116	-0.0421	0.2998	0.0035	-0.002	0.3698	0.047	0.2893	-37.6828	-10.1561	-27.5076
6	0.7112	-0.0937	-0.1936	3.9379	1.2284	0.4215	0.018	-0.0001	0.022	-0.1178	-0.14	0.4274	-0.0376	-0.0494	0.122	0.1735	-0.0216	-0.0208	0.3466	0.0213	0.283	-41.2196	-5.2744	-20.4907
7	3.3807	1.9749	1.7979	2.4994	3.2834	4.6655	-0.1144	0.2215	0.3959	-0.0501	0.0445	0.1626	-0.0232	-0.0482	0.0699	0.2389	0.0278	-0.0917	0.4021	0.0114	0.4385	-48.448	-0.2483	-22.0419
8	1.6595	-0.9925	-1.0117	4.4455	-1.6175	1.9026	-0.0146	0.0913	-0.1207	-0.0423	-0.0017	0.2209	0.0362	-0.0944	0.0162	0.0268	0.0166	-0.0071	0.2996	-0.0269	0.2662	-38.6622	-0.4272	-11.4515
9	5.1644	-0.3869	-2.0491	4.1011	4.6304	5.7355	0.3296	-0.162	0.7108	0.1264	-0.2744	0.1472	0.0437	-0.2619	-0.0552	0.0789	0.0322	0.0452	0.4828	-0.0383	0.4979	-43.7197	14.9466	-9.0266
10	0.6218	1.4111	0.1173	4.1967	1.9186	2.8062	-0.1502	0.0602	0.0491	-0.4837	0.1425	0.0779	-0.1132	-0.0541	0.0078	0.1193	0.0179	0.0141	0.3241	0.0037	0.2679	-30.8128	12.0608	-17.5399
11	0.1594	0.5043	-0.1501	2.214	-0.5228	0.1575	-0.0028	0.0455	0.066	-0.2021	0.0393	0.2522	-0.0171	-0.0442	-0.0365	0.1759	0.024	-0.0303	0.3896	-0.0134	0.3474	-34.4753	20.9732	-16.4396
12	0.9193	-0.5452	-0.5719	4.4855	0.0543	0.3823	0.0244	-0.0237	0.0848	0.0313	0.0037	-0.0728	-0.042	0.0121	-0.0281	0.1108	0.0185	-0.0022	0.2961	0.0009	0.2437	-24.5288	14.1736	-10.2743
13	0.5004	0.8178	-0.3865	4.3579	-2.5242	1.4918	0.0013	-0.0137	0.0393	0.0811	0.0156	-0.0106	-0.0164	-0.0234	-0.0169	0.1929	0.0041	0.0062	0.3687	0.0056	0.3293	-29.104	22.6824	-5.3849
14	3.1215	-1.3368	0.2862	1.4208	-0.8592	0.6842	0.029	-0.0659	0.2301	0.079	-0.0716	-0.1727	-0.0433	0.0971	0.0426	0.1257	0.0081	-0.0078	0.2634	-0.0069	0.2358	-18.8662	2.6711	-6.0201
15	2.1173	0.3279	-0.0352	2.1156	0.0297	0.9122	-0.0371	0.0056	0.0026	0.0827	0.0064	-0.1581	-0.042	0.1263	0.0307	0.1225	0.009	0.0093	0.2848	0.0083	0.2358	-11.2964	0.2262	-15.7586
16	2.017	0.7007	-0.1504	0.7631	0.7703	2.683	-0.0381	0.1855	-0.0929	-0.1713	0.1348	-0.1526	-0.1458	0.2245	-0.0967	0.1844	0.0065	0.0166	0.3308	0.002	0.3572	-2.4688	-8.6556	-20.4795
17	1.5983	-0.4422	-0.2181	1.3863	0.9794	0.9568	0.1554	0.0172	-0.2157	-0.016	-0.0314	-0.1249	0.2139	0.0675	-0.1241	0.2121	0.0324	0.0049	0.3089	0.0025	0.2592	-14.6596	-11.7163	-13.6847
18	0.8636	-0.8967	-1.4953	1.2695	1.4995	3.675	-0.1135	-0.0477	-0.0411	0.0633	0.0596	-0.0179	0.2185	0.2083	0.0539	0.1594	-0.027	0.0009	0.3577	0.0021	0.3319	-7.419	-11.6588	-7.9851
19	7.0673	0.035	4.0138	0.0078	0.1176	3.9919	0.0265	-0.0005	-0.261	0.0113	-0.001	-0.0028	-0.0409	-0.1366	-0.0256	0.1289	0.0051	0.006	0.2716	-0.0088	0.2541	-31.4835	-7.3904	-2.1862
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39	5.3989	-0.5219	2.6017	0.1888	-0.03	2.86	0.0003	0.1569	-0.1123	0.0177	-0.0472	-0.0563	0.2336	0.1277	0.0469	0.0881	-0.0146	0.0169	0.2882	0.0058	0.2564	-32.8718	-7.6746	3.1466
40	3.9587	-8.0192	-0.4324	27.5771	-0.2733	1.0302	-0.2224	0.0128	0.1447	-0.813	0.1377	-0.9287	0.7869	0.2688	0.0847	0.6233	0.1817	0.0596	0.5454	-0.0207	0.2206	-22.1069	-15.2918	7.8014

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 7
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	8 - 24
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	25 - 37
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	38 - 49
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	50 - 64
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	65 - 77
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	78 - 89
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	90 - 103
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	104 - 114
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	115 - 127
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	128 - 162
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	163 - 181
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	182 - 193
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	194 - 210
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	211 - 246
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	247 - 261
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	262 - 280
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	281 - 297
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	298 - 304
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	305 - 309
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	1 - 7
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	8 - 49
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	50 - 54
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	55 - 76
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	77 - 86
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	87 - 100
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	101 - 112
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	113 - 127
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	128 - 140
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	141 - 181
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	182 - 193
32	X-RAY DIFFRACTION	32	B	194 - 207
33	X-RAY DIFFRACTION	33	B	208 - 216
34	X-RAY DIFFRACTION	34	B	217 - 235
35	X-RAY DIFFRACTION	35	B	236 - 248
36	X-RAY DIFFRACTION	36	B	249 - 261
37	X-RAY DIFFRACTION	37	B	262 - 280
38	X-RAY DIFFRACTION	38	B	281 - 297
39	X-RAY DIFFRACTION	39	B	298 - 305
40	X-RAY DIFFRACTION	40	B	306 - 310

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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