PDB-4muv: M. loti cyclic-nucleotide binding domain mutant displaying invert...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4muv

タイトル

M. loti cyclic-nucleotide binding domain mutant displaying inverted ligand selectivity, cyclic-GMP bound

要素

Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241

キーワード

NUCLEOTIDE BINDING PROTEIN / MlotiK1 CNBD mutant / cGMP-complex / CYCLIC-NUCLEOTIDE BINDING / MEMBRANE PROTEIN domain / METAL TRANSPORT

機能・相同性

機能・相同性情報

intracellularly cyclic nucleotide-activated monoatomic cation channel activity / potassium channel activity / cAMP binding / protein-containing complex binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mesorhizobium loti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Fonseca, F. / Pessoa, J. / Morais-Cabral, J.H.

引用

ジャーナル: J.Gen.Physiol. / 年: 2014
タイトル: Determinants of ligand selectivity in a cyclic nucleotide-regulated potassium channel.
著者: Pessoa, J. / Fonseca, F. / Furini, S. / Morais-Cabral, J.H.

履歴

登録	2013年9月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年6月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月16日	Group: Database references
改定 1.2	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4muv.cif.gz	190.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4muv.ent.gz	154.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4muv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4muv_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4muv_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	4muv_validation.xml.gz	17.1 KB	表示
CIF形式データ	4muv_validation.cif.gz	25.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/4muv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mu/4muv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3cl1S 1u12 1vp6 3beh 3clp 3co2 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ovb-d 3eqe-2 6qqh-d 3gft-5 5ucc-d 5bpb-2 2qfd-8 6qqi-d 4ijh-d 2n41-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#152 - 2012年8月環状AMP依存性タンパク質リン酸化酵素 (cAMP-dependent Protein Kinase) 類似性 (8) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (8) #251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241

B: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241

ヘテロ分子

30.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
15.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.051, 61.572, 67.844
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Cyclic nucleotide-gated potassium channel mll3241 / MlotiK1 channel 分子量: 15001.151 Da / 分子数: 2 断片: CYCLIC NUCLEOTIDE BINDING DOMAIN, UNP residues 216-355 変異: T284S, V288S, A352D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 株: MAFF303099 / 遺伝子: mll3241 / プラスミド: PGEX2T / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RP / 参照: UniProt: Q98GN8
#2: 化合物	ChemComp-PCG / CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP 分子量: 345.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₂N₅O₇P
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.16 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.9 M ammonium sulphate, 0.15 M sodium citrate pH 5.6, 100 mM lithium sulphate, 1.5 mM cGMP , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9841 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月17日

放射

モノクロメーター: Si(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.22→45.594 Å / Num. all: 74662 / Num. obs: 74662 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 12.21 Å² / R_sym value: 0.033 / Net I/σ(I): 20.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.22-1.29	3.2	0.646	1.2	33195	10447	0.646	95.8
1.29-1.36	3.5	0.428	1.8	36303	10284	0.428	99.8
1.36-1.46	3.6	0.263	3	34448	9703	0.263	99.8
1.46-1.57	3.6	0.141	5.5	32248	9035	0.141	99.8
1.57-1.73	3.6	0.082	9.5	29937	8348	0.082	99.8
1.73-1.93	3.6	0.044	17.5	27291	7587	0.044	99.8
1.93-2.23	3.6	0.025	27.6	23938	6702	0.025	99.7
2.23-2.73	3.5	0.02	33.8	19848	5681	0.02	99.4
2.73-3.86	3.5	0.014	44.3	15532	4451	0.014	99.1
3.86-42.99	3.4	0.011	54.2	8137	2424	0.011	93.7

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.44 Å	42.99 Å
Translation	2.16 Å	42.99 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.20	データスケーリング
PHASER	2.5.1	位相決定
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
EDNA		データ収集
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3CL1

3cl1

解像度: 1.25→42.99 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.29 / FOM work R set: 0.9051 / SU ML: 0.1 / Isotropic thermal model: anisotropic / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1722	3514	5.04 %	random (5%)
R_work	0.1365	-	-	-
obs	0.1383	69790	99.38 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 49.35 Å² / B_iso mean: 18.2068 Å² / B_iso min: 1.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.25→42.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2083	0	48	356	2487

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.556	3222
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	373
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	422
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.421	895

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.25-1.2671	0.2452	134	0.2118	2633	2767	100
1.2671-1.2852	0.2335	137	0.2083	2646	2783	100
1.2852-1.3044	0.2728	148	0.1954	2635	2783	100
1.3044-1.3248	0.2207	107	0.1826	2616	2723	100
1.3248-1.3465	0.2258	126	0.1772	2649	2775	100
1.3465-1.3697	0.2059	135	0.1657	2647	2782	100
1.3697-1.3947	0.2109	143	0.1574	2610	2753	100
1.3947-1.4215	0.2054	144	0.1512	2632	2776	100
1.4215-1.4505	0.2019	131	0.1356	2649	2780	100
1.4505-1.482	0.2027	147	0.128	2643	2790	100
1.482-1.5165	0.185	119	0.1199	2645	2764	100
1.5165-1.5544	0.147	141	0.1173	2646	2787	100
1.5544-1.5965	0.1788	137	0.1183	2638	2775	100
1.5965-1.6435	0.1742	128	0.1154	2656	2784	100
1.6435-1.6965	0.188	156	0.1145	2648	2804	100
1.6965-1.7571	0.1439	134	0.112	2674	2808	100
1.7571-1.8275	0.1447	156	0.1091	2634	2790	100
1.8275-1.9107	0.1649	146	0.1093	2662	2808	100
1.9107-2.0114	0.1301	156	0.1066	2641	2797	100
2.0114-2.1374	0.1296	155	0.1092	2657	2812	100
2.1374-2.3024	0.1577	148	0.1221	2645	2793	99
2.3024-2.5341	0.1787	160	0.1303	2670	2830	99
2.5341-2.9007	0.1765	140	0.146	2687	2827	99
2.9007-3.6543	0.1606	147	0.1435	2718	2865	99
3.6543-43.0156	0.1871	139	0.1601	2695	2834	94

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