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- PDB-4mt2: COMPARISON OF THE NMR SOLUTION STRUCTURE AND THE X-RAY CRYSTAL ST... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mt2
タイトルCOMPARISON OF THE NMR SOLUTION STRUCTURE AND THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF RAT METALLOTHIONEIN-2
要素METALLOTHIONEIN ISOFORM II
キーワードMETALLOTHIONEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Metallothioneins bind metals / negative regulation of growth / detoxification of copper ion / intracellular zinc ion homeostasis / cellular response to zinc ion / cellular response to copper ion / cellular response to cadmium ion / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metallothionein Isoform II / Metallothionein Isoform II / Metallothionein, vertebrate / Metallothionein, vertebrate, metal binding site / Metallothionein domain superfamily, vertebrate / Metallothionein / Vertebrate metallothioneins signature. / Metallothionein domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Metallothionein-2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Robbins, A.H. / Stout, C.D.
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1992
タイトル: Comparison of the NMR solution structure and the x-ray crystal structure of rat metallothionein-2.
著者: Braun, W. / Vasak, M. / Robbins, A.H. / Stout, C.D. / Wagner, G. / Kagi, J.H. / Wuthrich, K.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991
タイトル: Refined Crystal Structure of Cd, Zn Metallothionein at 2.0 Angstroms Resolution
著者: Robbins, A.H. / Mcree, D.E. / Collett, M.Williamson S.A. / Xoung, N.H. / Furey, W.F. / Wang, B.C. / Stout, C.D.
#2: ジャーナル: Science / 年: 1986
タイトル: Crystal Structure Ofcd,Zn Metallothionein
著者: Furey, W.F. / Robbins, A.H. / Clancy, L.L. / Winge, D.R. / Wang, B.-C. / Stout, C.D.
#3: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1983
タイトル: Single Crystals of Cadmium, Zinc Metallothionein
著者: Melis, K.A. / Carter, D.C. / Stout, C.D. / Winge, D.R.
履歴
登録1993年2月26日処理サイト: BNL
改定 1.01993年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
置き換え2013年3月20日ID: 2MT2
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METALLOTHIONEIN ISOFORM II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8959
ポリマ－6,1791
非ポリマー7168
水1,24369
1
A: METALLOTHIONEIN ISOFORM II
ヘテロ分子

A: METALLOTHIONEIN ISOFORM II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,79018
ポリマ－12,3592
非ポリマー1,43216
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_665-y+1,-x+1,-z+1/21
Buried area2710 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area7820 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)30.900, 30.900, 120.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 METALLOTHIONEIN ISOFORM II


分子量: 6179.380 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
参照: UniProt: P04355
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TURN *T2* HAS A LEFT HANDED ALPHA CONFORMATION.
非ポリマーの詳細THE NUMBERING CONVENTION FOR THE FIVE CADMIUM ATOMS FOLLOWS THOSE USED IN THE NMR LITERATURE (SEE M. ...THE NUMBERING CONVENTION FOR THE FIVE CADMIUM ATOMS FOLLOWS THOSE USED IN THE NMR LITERATURE (SEE M. VASAK ET AL., J.MOL.BIOL. 196,711-719 (1987)). ZN1 AND ZN2 REPLACE CD2 AND CD3 IN THE CD(7) NMR STRUCTURES, RESPECTIVELY. BECAUSE NO ELECTRON DENSITY IS PRESENT AT THE ZINC POSITIONS IN AN ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAP, THE AUTHORS BELIEVE THAT LITTLE OR NO CADMIUM IS PRESENT AT THESE SITES. IN THESE MAPS, THE ELECTRON DENSITY FOR THE ISOLATED CADMIUM ATOM IN THE CDZN(2) CLUSTER IS COMPARABLE TO THAT OBSERVED AT EACH OF THE OTHER FOUR CADMIUM LOCATIONS. RESIDUE NA 1 IS OCTAHEDRALLY COORDINATED TO THE OXYGEN OF RESIDUES HOH 1, HOH 2, HOH 3 AND THE OXYGEN OF ALA 42' AND OG OF SER 45' IN A SYMMETRY RELATED MOLECULE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.1 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃ / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Melis, K.A., (1983) J.Biol.Chem., 258, 6255.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
21.0 Msodium formate1drop
30.2 Mpotassium phosphate1drop
45.0 Msodium formate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→5 Å / Rfactor Rwork: 0.197 / σ(F): 0
詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY LOCATING THE FIVE CADMIUM ATOMS BY DIRECT METHODS. THE STARTING MODEL WAS A FIT OF THE CONSENSUS DOMAINS FROM THE 2-D NMR MODEL INTO AN ELECTRON DENSITY MAP ...詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY LOCATING THE FIVE CADMIUM ATOMS BY DIRECT METHODS. THE STARTING MODEL WAS A FIT OF THE CONSENSUS DOMAINS FROM THE 2-D NMR MODEL INTO AN ELECTRON DENSITY MAP GENERATED FORM THE LOCATION OF THE CADMIUM POSITIONS. THE ANOMALOUS SCATTERING COMPONENTS OF CADMIUM ZINC AND SULFUR WERE INCLUDED IN THE REFINEMENT. DUE TO WEAK ELECTRON DENSITY, THE POSITIONS OF RESIDUES 1-2, 51-56, AND THE C-TERMINAL ALANINE SHOULD BE TREATED AS TENTATIVE. THE SIDE CHAINS OF LYSINES 20 AND 22 ARE ALSO UNRELIABLE.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数403 0 8 69 480
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.5
ソフトウェア
*PLUS
名称: XPLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.197
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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