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万見
- PDB-4mt1: Crystal Structure of the Neisseria gonorrhoeae MtrD Inner Membran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mt1
タイトルCrystal Structure of the Neisseria gonorrhoeae MtrD Inner Membrane Multidrug Efflux Pump
要素Drug efflux protein
キーワードmembrane protein / tranport protein / transmembrane helix
機能・相同性
機能・相同性情報


Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 ...Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Efflux pump membrane transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae PID332 (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.54 Å
データ登録者Su, C.-C. / Bolla, J.R. / Yu, E.W.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the open state of the Neisseria gonorrhoeae MtrE outer membrane channel.
著者: Lei, H.T. / Chou, T.H. / Su, C.C. / Bolla, J.R. / Kumar, N. / Radhakrishnan, A. / Long, F. / Delmar, J.A. / Do, S.V. / Rajashankar, K.R. / Shafer, W.M. / Yu, E.W.
履歴
登録2013年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年8月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Drug efflux protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9571
ポリマ－112,9571
非ポリマー00
水00
1
A: Drug efflux protein

A: Drug efflux protein

A: Drug efflux protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)338,8723
ポリマ－338,8723
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area19760 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area114190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.995, 152.995, 360.746
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Drug efflux protein


分子量: 112957.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae PID332 (淋菌)
遺伝子: NGJG_01522 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D1E405

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.8 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5
詳細: 30% PEG400, 0.05M CaCl2, 0.1M Bicine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月26日
放射モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.54→50 Å / Num. all: 18421 / Num. obs: 18421 / % possible obs: 90.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 127.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Χ2: 1.4 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.54-3.682.90.49920580.635192.9
3.68-3.852.80.35421110.712194.4
3.85-4.052.80.2520730.908193.1
4.05-4.312.90.17720641.176193
4.31-4.6430.13420411.603191.4
4.64-5.12.80.10420551.842191.2
5.1-5.842.90.09620551.721191.5
5.84-7.3630.07419951.908187.7
7.36-502.80.04419692.148182.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.54→48.798 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.6462 / SU ML: 0.61 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 40.05 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3331 961 5.22 %RANDOM
Rwork0.2796 ---
obs0.2824 18396 90.68 %-
all-18396 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 222.99 Å2 / Biso mean: 94.6161 Å2 / Biso min: 14.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.54→48.798 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7667 0 0 0 7667
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037806
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.79410594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541259
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031346
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1232783
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5349-3.72120.40811390.30312525266493
3.7212-3.95420.38321430.27792528267193
3.9542-4.25940.39821450.26342527267293
4.2594-4.68770.31881230.23912484260791
4.6877-5.36530.31841340.262511264591
5.3653-6.75690.44431370.342489262690
6.7569-48.80240.27341400.27812371251183

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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