[日本語] English
万見
- PDB-4msb: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4msb
タイトルRNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
要素RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
キーワードRNA / 2'-5'-linkage
機能・相同性STRONTIUM ION / RNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Sheng, J. / Li, L. / Engelhart, A.E. / Gan, J. / Wang, J. / Szostak, J.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structural insights into the effects of 2'-5' linkages on the RNA duplex.
著者: Sheng, J. / Li, L. / Engelhart, A.E. / Gan, J. / Wang, J. / Szostak, J.W.
履歴
登録2013年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月19日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Advisory / Structure summary / カテゴリ: audit_author / pdbx_validate_polymer_linkage / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
B: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
C: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
D: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
E: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
F: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,85513
ポリマ－19,2426
非ポリマー6137
水3,369187
1
A: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
B: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5894
ポリマ－6,4142
非ポリマー1752
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-96 kcal/mol
Surface area3670 Å2
手法PISA
2
C: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
D: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5894
ポリマ－6,4142
非ポリマー1752
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1680 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area3590 Å2
手法PISA
3
E: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
F: RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,6775
ポリマ－6,4142
非ポリマー2633
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area3770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.150, 25.893, 69.722
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: RNA鎖
RNA 10mer duplex with two 2'-5'-linkages


分子量: 3206.980 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
詳細: Chemically synthesized by solid phase synthesis, and purified by HPLC
#2: 化合物
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol), 40 mM sodium cacodylate pH 6.0, 12 mM spermine tetrahydrochloride, and 80 mM strontium (II) chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンALS 8.2.111
シンクロトロンALS 8.2.221
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2012年4月30日
ADSC QUANTUM 315r2CCD
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Double crystal, Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2x-ray1
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→30 Å / Num. all: 23564 / Num. obs: 22386 / % possible obs: 95 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 36.2
反射 シェル解像度: 1.55→1.61 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / % possible all: 69

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 4.347 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.104 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 1153 5.2 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.185 21233 95 %-
all-22350 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å2-0.26 Å2
2--0.75 Å20 Å2
3----1.34 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.104 Å0.124 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1272 7 187 1466
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0111416
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5261.432202
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.02630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.96431416
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free19.899539
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded11.25551427
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 50 -
Rwork0.171 1048 -
obs--65.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.95240.4683-1.00921.11150.25370.82270.04460.05470.0689-0.03410.00660.0504-0.02310.0158-0.05110.04230.0057-0.01860.0524-0.01310.0486-4.22822.2013-16.5871
21.39530.0064-0.38710.5311.00882.0314-0.0998-0.08530.0617-0.03470.07040.0298-0.03820.16320.02930.0356-0.00420.00030.01660.00150.073-6.71032.5535-12.5084
30.1350.31590.45160.84010.94071.9908-0.0596-0.0327-0.0218-0.16020.0305-0.0839-0.0061-0.21890.02910.0934-0.0250.03440.1506-0.00370.059917.3165.5685-8.7397
40.67350.0777-0.60260.7161-0.2580.6345-0.0830.03920.0236-0.00010.1307-0.07030.0512-0.1149-0.04770.0362-0.00270.00130.1070.02650.057915.40534.4524-4.6448
50.40710.41660.24990.48060.09890.69510.1272-0.01820.05470.1433-0.03430.08840.0598-0.0093-0.09290.09940.01520.00580.041-0.00450.04122.322310.028-33.5055
60.0278-0.04680.18340.2192-0.17011.3465-0.0112-0.0142-0.02210.07850.1670.0182-0.0560.0418-0.15580.10310.0550.00450.1424-0.00760.0273.37789.6786-37.7362
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 10
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 10
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 10
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 10
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 10
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る