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万見
- PDB-4ms5: Lambda-[Ru(TAP)2(dppz-11,12-(F)2)]2+ bound to CCGGATCCGG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ms5
タイトルLambda-[Ru(TAP)2(dppz-11,12-(F)2)]2+ bound to CCGGATCCGG
要素DNA
キーワードDNA / Intercalation / semi-intercalation / ruthenium
機能・相同性: / Chem-RKF / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Hall, J.P. / Cardin, C.J.
引用ジャーナル: Thesis, University of Reading / 年: 2014
タイトル: The effects of disubstitution on the binding of ruthenium complexes to DNA
著者: Hall, J.P.
履歴
登録2013年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月8日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,9673
ポリマ－3,0461
非ポリマー9212
水27015
1
A: DNA
ヘテロ分子

A: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9346
ポリマ－6,0922
非ポリマー1,8424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area2020 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area4360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.610, 47.610, 34.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: DNA鎖 DNA


分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA synthesised by ATDBio
#2: 化合物 ChemComp-BA / BARIUM ION / バリウムジカチオン


分子量: 137.327 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ba
#3: 化合物 ChemComp-RKF / (11,12-difluorodipyrido[3,2-a:2',3'-c]phenazine-kappa~2~N~4~,N~5~)[bis(pyrazino[2,3-f]quinoxaline-kappa~2~N~1~,N~10~)]ruthenium(2+)


分子量: 783.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H20F2N12Ru
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.78 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 1ul 1mM (CCGGATCCGG)2, 1ul 2mM Ru(TAP)2(dppz-11,12-(F)2]Cl2, 6ul of 40mM Na-cacodylate, 12mM spermine, 20mM BaCl2, 80mM KCl, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol. Equilibriated against 1ml 35% 2- ...詳細: 1ul 1mM (CCGGATCCGG)2, 1ul 2mM Ru(TAP)2(dppz-11,12-(F)2]Cl2, 6ul of 40mM Na-cacodylate, 12mM spermine, 20mM BaCl2, 80mM KCl, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol. Equilibriated against 1ml 35% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月13日
放射モノクロメーター: dual Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→34.6 Å / Num. all: 2136 / Num. obs: 2136 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.23→2.29 Å / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QRN

3qrn


解像度: 2.23→28.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 8.526 / SU ML: 0.184 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.269 / ESU R Free: 0.205 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24525 95 4.5 %RANDOM
Rwork0.21882 ---
all0.22011 2016 --
obs0.22011 2016 98.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.835 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20 Å20 Å2
2--0.13 Å20 Å2
3----0.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→28.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 202 54 15 271
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.013292
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0920.02132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4331.61460
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.8633304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.02176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.0274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2793.726292
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2733.723293
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.7285.557461
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.0339.9693
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.03139.902692
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.231→2.289 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 10 -
Rwork0.356 146 -
obs--99.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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