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- PDB-4mro: Human GKRP bound to AMG-5980 and S6P -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mro
タイトルHuman GKRP bound to AMG-5980 and S6P
要素Glucokinase regulatory protein
キーワードTransferase Inhibitor / SIS domains / Regulatory protein / Glucokinase / phospho-fructose
機能・相同性
機能・相同性情報


amino sugar catabolic process / ether hydrolase activity / carbon-oxygen lyase activity / negative regulation of glucokinase activity / glucose sensor activity / fructose-6-phosphate binding / urate metabolic process / kinase inhibitor activity / peptidoglycan turnover / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein ...amino sugar catabolic process / ether hydrolase activity / carbon-oxygen lyase activity / negative regulation of glucokinase activity / glucose sensor activity / fructose-6-phosphate binding / urate metabolic process / kinase inhibitor activity / peptidoglycan turnover / Regulation of Glucokinase by Glucokinase Regulatory Protein / Defective TPR may confer susceptibility towards thyroid papillary carcinoma (TPC) / response to fructose / triglyceride homeostasis / enzyme inhibitor activity / response to glucose / protein import into nucleus / glucose homeostasis / carbohydrate binding / enzyme binding / mitochondrion / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
C-terminal lid domain of glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein, conserved site / N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase/glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein family signature. / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-MG0 / D-SORBITOL-6-PHOSPHATE / Glucokinase regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者St Jean, D.J. / Ashton, K.S. / Bartberger, M.D. / Chen, J. / Chmait, S. / Cupples, R. / Galbreath, E. / Helmering, J. / Jordan, S.R. / Liu, L. ...St Jean, D.J. / Ashton, K.S. / Bartberger, M.D. / Chen, J. / Chmait, S. / Cupples, R. / Galbreath, E. / Helmering, J. / Jordan, S.R. / Liu, L. / Kunz, K. / Michelsen, K. / Nishimura, N. / Pennington, L.D. / Poon, S.F. / Sivits, G. / Stec, M.M. / Tamayo, N. / Van, G. / Yang, K. / Norman, M.H. / Fotsch, C. / LLoyd, D.J. / Hale, C.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: Small molecule disruptors of the glucokinase-glucokinase regulatory protein interaction: 2. Leveraging structure-based drug design to identify analogues with improved pharmacokinetic profiles.
著者: St Jean, D.J. / Ashton, K.S. / Bartberger, M.D. / Chen, J. / Chmait, S. / Cupples, R. / Galbreath, E. / Helmering, J. / Hong, F.T. / Jordan, S.R. / Liu, L. / Kunz, R.K. / Michelsen, K. / ...著者: St Jean, D.J. / Ashton, K.S. / Bartberger, M.D. / Chen, J. / Chmait, S. / Cupples, R. / Galbreath, E. / Helmering, J. / Hong, F.T. / Jordan, S.R. / Liu, L. / Kunz, R.K. / Michelsen, K. / Nishimura, N. / Pennington, L.D. / Poon, S.F. / Reid, D. / Sivits, G. / Stec, M.M. / Tadesse, S. / Tamayo, N. / Van, G. / Yang, K.C. / Zhang, J. / Norman, M.H. / Fotsch, C. / Lloyd, D.J. / Hale, C.
履歴
登録2013年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年5月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucokinase regulatory protein
B: Glucokinase regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,40335
ポリマ－140,3572
非ポリマー5,04633
水1,24369
1
A: Glucokinase regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,41315
ポリマ－70,1781
非ポリマー2,23514
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Glucokinase regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,99020
ポリマ－70,1781
非ポリマー2,81119
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.129, 149.129, 132.383
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 Glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulator


分子量: 70178.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GCKR
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q14397
#3: 糖 ChemComp-S6P / D-SORBITOL-6-PHOSPHATE / 1-O-PHOSPHONO-D-GLUCITOL / D-GLUCITOL-6-PHOSPHATE / D-グルシト-ル6-りん酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 262.152 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H15O9P

-
非ポリマー , 5種, 100分子

#2: 化合物 ChemComp-MG0 / 2-(4-{4-[(6-aminopyridin-3-yl)sulfonyl]piperazin-1-yl}phenyl)-1,1,1,3,3,3-hexafluoropropan-2-ol / AMG-5980 / 2-[4-[4-(6-アミノ-3-ピリジルスルホニル)ピペラジノ]フェニル]-1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-(以下略)


分子量: 484.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18F6N4O3S
#4: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.37 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: Well buffer: 0.1M Bis-tris, 0.2M NaI, 16% PEG 8K, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 92 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: confocal mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.2→26 Å / Num. all: 77422 / Num. obs: 72687 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Internal structure

解像度: 2.2→26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 7.771 / SU ML: 0.186 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.238 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28816 3826 5 %RANDOM
Rwork0.22977 ---
obs0.23263 72687 90.34 %-
all-77422 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.834 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9075 0 142 69 9286
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0199355
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8791.9812675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9113.00121012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.24851169
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.17224.415376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.436151658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.1581550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21487
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02110380
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022038
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.2874.9214694
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.2854.9214693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0477.3685857
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0477.3685858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4915.2574661
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.3975.2494649
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3527.7436801
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.1639.15210688
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.1639.15310689
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.256 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 133 -
Rwork0.351 2452 -
obs--41.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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