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- PDB-4mqy: Crystal Structure of the Escherichia coli LpxC/LPC-138 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mqy
タイトルCrystal Structure of the Escherichia coli LpxC/LPC-138 complex
要素UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / LPXC / antibiotic / acyl UDP-GLCNAc / hydroxamate / LPC-138 / BAAB sandwich / lipid A biosynthesis / lipid A synthesis / deacetylation / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


deacetylase activity / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase activity / lipid A biosynthetic process / iron ion binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
lpxc deacetylase, domain 1 / lpxc deacetylase, domain 2 / lpxc deacetylase, domain 1 / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, C-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglucosamine deacetylase, N-terminal / UDP-3-O-acyl N-acetylglycosamine deacetylase / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2CW / Chem-UKW / : / UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.005 Å
データ登録者Lee, C.-J. / Najeeb, J. / Zhou, P.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Structural Basis of the Promiscuous Inhibitor Susceptibility of Escherichia coli LpxC.
著者: Lee, C.J. / Liang, X. / Gopalaswamy, R. / Najeeb, J. / Ark, E.D. / Toone, E.J. / Zhou, P.
履歴
登録2013年9月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年2月12日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,26910
ポリマ－33,9961
非ポリマー1,2749
水2,990166
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.515, 107.515, 53.603
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase / UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase


分子量: 33995.871 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ECOK1_0097, ENVA, lpxC / プラスミド: pET21B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: D5CV28, UniProt: P0A725*PLUS, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用

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非ポリマー , 6種, 175分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-2CW / 4-[4-(4-aminophenyl)buta-1,3-diyn-1-yl]-N-[(2S,3R)-3-hydroxy-2-methyl-1-nitroso-1-oxobutan-2-yl]benzamide


分子量: 389.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H19N3O4
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-UKW / 4-ethynyl-N-[(1S,2R)-2-hydroxy-1-(oxocarbamoyl)propyl]benzamide


分子量: 260.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H12N2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.24 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.5-1.7 M lithium sulfate, 16 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月10日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 23856 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.3 % / Biso Wilson estimate: 36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.232 / Net I/σ(I): 10.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.039.80.55511800.87199.8
2.03-2.07100.55111901.3541100
2.07-2.1110.60.50311841.0971100
2.11-2.1510.90.39711830.8841100
2.15-2.210.50.4211670.9741100
2.2-2.2560.34811963.118199.4
2.25-2.317.30.31511671.044198.9
2.31-2.3711.40.19711850.8631100
2.37-2.4411.30.17512100.9431100
2.44-2.5211.40.15311780.9861100
2.52-2.6111.40.13612041.1141100
2.61-2.7111.30.12311791.3141100
2.71-2.8411.40.09311961.2211100
2.84-2.9911.40.07911981.2491100
2.99-3.1711.40.06611831.291100
3.17-3.4211.30.05611991.3831100
3.42-3.767.60.05511861.767199.2
3.76-4.3190.04212131.468199.3
4.31-5.4311.10.03812141.3721100
5.43-5010.60.04212441.389199.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation6.44 Å29.42 Å
Translation6.44 Å29.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.1位相決定
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SERGUIデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.005→29.419 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.43 / FOM work R set: 0.8206 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2247 1214 5.1 %
Rwork0.1819 --
obs0.1841 23784 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.31 Å2 / Biso mean: 54.645 Å2 / Biso min: 24.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.005→29.419 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2367 0 77 166 2610
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112514
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2533415
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08375
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006440
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.329904
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.005-2.08550.32391440.26322479262399
2.0855-2.18040.29761040.239625232627100
2.1804-2.29530.36211300.31662445257597
2.2953-2.4390.25381440.205825032647100
2.439-2.62720.28191440.207724802624100
2.6272-2.89140.24261400.196825152655100
2.8914-3.30930.21891390.189225102649100
3.3093-4.16750.1871330.15052517265099
4.1675-29.42190.18691360.149225982734100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0581-0.283-0.00053.6748-1.67964.38030.03540.24730.0188-0.1040.05020.02810.23320.3425-0.07440.2416-0.0626-0.02430.3515-0.06430.2716202.9422117.55473.5161
23.07471.0408-0.02892.7852-1.24982.6726-0.07650.49480.3132-0.43530.29430.38520.07060.0647-0.12730.2882-0.0698-0.04340.30640.00540.3194193.5528119.3853-3.0968
31.59170.7701-0.67614.5454-2.09412.6819-0.3110.79890.2467-0.85530.38221.22540.0355-0.2626-0.10270.3617-0.0753-0.16760.50160.02260.6268180.9202110.8765-6.3217
42.68661.8827-0.58164.6149-1.53452.5829-0.16680.5080.1298-0.26930.2870.3286-0.0902-0.0209-0.08630.2586-0.0146-0.05010.3409-0.05320.2748189.8141110.6374-4.2137
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 77 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 148 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 149 through 191 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 192 through 302 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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