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- PDB-4mqx: CLC-ec1 Fab Complex Cysless A399C-A432C mutant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mqx
タイトルCLC-ec1 Fab Complex Cysless A399C-A432C mutant
要素
  • ERIC
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
  • ecCLC
キーワードmetal transport / membrane protein / alpha helical transmembrane protein / Cl/H antiporter
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / immunoglobulin complex / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / adaptive immune response / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig heavy chain V region T601 / H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.516 Å
データ登録者Basilio, D. / Noack, K. / Picollo, A. / Accardi, A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2014
タイトル: Conformational changes required for H(+)/Cl(-) exchange mediated by a CLC transporter.
著者: Basilio, D. / Noack, K. / Picollo, A. / Accardi, A.
履歴
登録2013年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月23日Group: Database references
改定 1.22014年5月28日Group: Database references
改定 1.32024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
C: ecCLC
D: ERIC
E: ecCLC
F: ERIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)193,25010
ポリマ－193,1086
非ポリマー1424
水00
1
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4276
ポリマ－99,2852
非ポリマー1424
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7630 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area30750 Å2
手法PISA
2
C: ecCLC
D: ERIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9112
ポリマ－46,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area19720 Å2
手法PISA
3
E: ecCLC
F: ERIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9112
ポリマ－46,9112
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)233.506, 94.516, 170.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 131.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA / ClC-ec1


分子量: 49642.629 Da / 分子数: 2 / 変異: A399C 432C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: clcA, eriC, yadQ, b0155, JW5012 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 ecCLC


分子量: 23823.031 Da / 分子数: 2 / 変異: A399C 432C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: P01808*PLUS
#3: 抗体 ERIC


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell (発現宿主): Hybridoma / 発現宿主: mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 26% PEG 400, 0.1M sodium chloride, 0.05M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.5 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月11日
放射モノクロメーター: monochromator/sagital focusing / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 34345

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIX(phenix.Phaser-MR: 1.8.1_1168)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.516→43.556 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2578 2003 5.84 %
Rwork0.2231 --
obs0.225 34319 98.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.516→43.556 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13223 0 4 0 13227
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00213553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61918436
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.5984768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0392121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042314
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5162-3.60410.33941420.29992258X-RAY DIFFRACTION97
3.6041-3.70150.34511250.27932322X-RAY DIFFRACTION100
3.7015-3.81040.31691380.25792344X-RAY DIFFRACTION100
3.8104-3.93330.29081590.23112290X-RAY DIFFRACTION100
3.9333-4.07380.29761280.23042339X-RAY DIFFRACTION100
4.0738-4.23670.2231450.20742310X-RAY DIFFRACTION100
4.2367-4.42940.28851460.19362295X-RAY DIFFRACTION100
4.4294-4.66270.27251390.19362347X-RAY DIFFRACTION100
4.6627-4.95440.24511540.19082314X-RAY DIFFRACTION100
4.9544-5.33630.26041460.19382320X-RAY DIFFRACTION100
5.3363-5.87220.25191480.20212349X-RAY DIFFRACTION99
5.8722-6.71920.23621410.20682350X-RAY DIFFRACTION100
6.7192-8.45540.22891460.20552306X-RAY DIFFRACTION98
8.4554-43.55890.24091460.26282172X-RAY DIFFRACTION90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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