PDB-4mql: Crystal structure of Antigen 85C-C209S mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mql

タイトル

Crystal structure of Antigen 85C-C209S mutant

要素

Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C

キーワード

TRANSFERASE / acyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

trehalose O-mycolyltransferase activity / trehalose O-mycolyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase / diacylglycerol O-acyltransferase activity / mycolate cell wall layer assembly / glycolipid biosynthetic process / zymogen binding / lipid transport / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / peptidoglycan-based cell wall ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Favrot, L. / Grzegorzewicz, A.E. / Lajiness, D.H. / Marvin, R.K. / Boucau, J. / Isailovic, D. / Jackson, M. / Ronning, D.R.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2013
タイトル: Mechanism of inhibition of Mycobacterium tuberculosis antigen 85 by ebselen.
著者: Favrot, L. / Grzegorzewicz, A.E. / Lajiness, D.H. / Marvin, R.K. / Boucau, J. / Isailovic, D. / Jackson, M. / Ronning, D.R.

履歴

登録	2013年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月25日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mql.cif.gz	74.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mql.ent.gz	54.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mql.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/4mql ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mq/4mql	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mqmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5g0c-d 6b7k-3 4k0z-d 4mlt-d 1va5-1 6t4o-d 3pzu-2 1oq5-d 3mnu-d 6h34-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C

ヘテロ分子

33.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	135.764, 68.171, 35.908
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 94.03, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-704- HOH

#1: タンパク質	Diacylglycerol acyltransferase/mycolyltransferase Ag85C / DGAT / Acyl-CoA:diacylglycerol acyltransferase / Antigen 85 complex C / 85C / Ag85C / Fibronectin- ...DGAT / Acyl-CoA:diacylglycerol acyltransferase / Antigen 85 complex C / 85C / Ag85C / Fibronectin-binding protein C / Fbps C 分子量: 33297.797 Da / 分子数: 1 / 変異: C255S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: fbpC, mpt45, Rv0129c, MT0137, MTCI5.03c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0A4V4, UniProt: P9WQN9*PLUS, trehalose O-mycolyltransferase, diacylglycerol O-acyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 278 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M bis-tris 6.5, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年10月29日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 79869 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.051 / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 51.408

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.8_1069)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8_1069	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.3→34.086 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 14.7 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1646	3979	4.98 %
R_work	0.1534	-	-
obs	0.154	79862	99.6 %
all	-	103943	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→34.086 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2195	0	28	278	2501

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2311
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.14	3160
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.019	850
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	311
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	419

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3158	0.1864	127	0.1794	2645	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3158-1.3325	0.1673	143	0.1702	2691	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3325-1.35	0.187	143	0.1657	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
1.35-1.3685	0.1696	138	0.1677	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3685-1.3881	0.1824	136	0.1709	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3881-1.4088	0.2044	151	0.1676	2659	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4088-1.4308	0.1592	147	0.1599	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4308-1.4543	0.1742	137	0.1601	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4543-1.4794	0.1659	142	0.1566	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4794-1.5063	0.1837	141	0.1485	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5063-1.5352	0.1872	146	0.1446	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5352-1.5666	0.155	135	0.146	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5666-1.6006	0.1567	142	0.143	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6006-1.6379	0.1607	152	0.1462	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6379-1.6788	0.1556	131	0.1468	2723	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6788-1.7242	0.1747	147	0.1537	2713	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7242-1.7749	0.1669	148	0.1535	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7749-1.8322	0.1613	141	0.1544	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8322-1.8977	0.1663	139	0.1582	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8977-1.9737	0.1612	146	0.1552	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9737-2.0635	0.1445	141	0.1494	2738	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0635-2.1723	0.1592	155	0.1539	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1723-2.3083	0.1881	140	0.1547	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3083-2.4865	0.1575	137	0.1588	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4865-2.7367	0.1625	148	0.1653	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7367-3.1324	0.1688	147	0.1607	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1324-3.9456	0.1651	139	0.1448	2690	X-RAY DIFFRACTION	97
3.9456-34.0972	0.1475	140	0.1393	2734	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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