[日本語] English
- PDB-4mqk: Carbonmonoxy Structure of the Human Fetal Hemoglobin Mutant HbF T... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mqk
タイトルCarbonmonoxy Structure of the Human Fetal Hemoglobin Mutant HbF Toms River alphawtgammaV67M
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit gamma-2
キーワードOXYGEN TRANSPORT / oxygen-transport / autooxidation
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / iron ion binding / inflammatory response / heme binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit gamma-2 / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.242 Å
データ登録者Soman, J. / Olson, J.S.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Carbonmonoxy Structure of the Human Fetal Hemoglobin Mutant HbF Toms River alphawtgammaV67M
著者: Soman, J. / Olson, J.S.
履歴
登録2013年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Other
改定 1.22014年10月8日Group: Database references
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit gamma-2
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit gamma-2
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit gamma-2
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)129,89922
ポリマ-124,7998
非ポリマー5,10014
5,116284
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit gamma-2
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,94911
ポリマ-62,3994
非ポリマー2,5507
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6600 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area24940 Å2
手法PISA
2
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit gamma-2
G: Hemoglobin subunit alpha
H: Hemoglobin subunit gamma-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,94911
ポリマ-62,3994
非ポリマー2,5507
724
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.040, 52.229, 106.381
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 114.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 4 / 変異: V67M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質
Hemoglobin subunit gamma-2 / Gamma-2-globin / Hb F Ggamma / Hemoglobin gamma-2 chain / Hemoglobin gamma-G chain


分子量: 16049.292 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB, HBG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P69892
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / : C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE


分子量: 28.010 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 1.9M Sodium/Potassium Phosphate, Batch method, pH 7, EVAPORATION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→100 Å / Num. obs: 50708 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 35.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 17.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.92-1.952.90.417195.9
1.95-1.992.90.344196.7
1.99-2.0330.287195.7
2.03-2.072.90.213195.1
2.07-2.112.90.186195.3
2.11-2.1630.16195
2.16-2.2230.131195.1
2.22-2.282.90.127196.1
2.28-2.3430.105194.2
2.34-2.4230.095195.5
2.42-2.512.90.084195.4
2.51-2.612.90.078195.6
2.61-2.722.80.073193.7
2.72-2.872.80.062195.8
2.87-3.052.80.053194.6
3.05-3.282.70.046192
3.28-3.612.70.041191.5
3.61-4.142.60.038189.3
4.14-5.212.70.038188.1
5.21-1002.70.038182.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.242→45.073 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.53 / SU ML: 0.26 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2322 1980 3.88 %
Rwork0.1746 --
obs0.1769 48746 99.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 46.6798 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.242→45.073 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8730 0 356 284 9370
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0089373
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.09212805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6563199
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681397
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.242-2.27040.29441360.21913547X-RAY DIFFRACTION97
2.2704-2.30030.29891440.20893485X-RAY DIFFRACTION100
2.3003-2.33180.27791480.20833509X-RAY DIFFRACTION100
2.3318-2.36510.26331500.19813691X-RAY DIFFRACTION100
2.3651-2.40040.25181440.19123504X-RAY DIFFRACTION100
2.4004-2.43790.24361400.1963472X-RAY DIFFRACTION100
2.4379-2.47790.27421410.19963632X-RAY DIFFRACTION100
2.4779-2.52060.24971410.20413574X-RAY DIFFRACTION100
2.5206-2.56640.32811430.2113507X-RAY DIFFRACTION100
2.5664-2.61580.27431350.19233584X-RAY DIFFRACTION100
2.6158-2.66920.27411440.20443521X-RAY DIFFRACTION100
2.6692-2.72720.27391440.19673554X-RAY DIFFRACTION100
2.7272-2.79060.26211490.19023542X-RAY DIFFRACTION100
2.7906-2.86040.24161390.1863556X-RAY DIFFRACTION100
2.8604-2.93770.25881460.19313557X-RAY DIFFRACTION100
2.9377-3.02420.28171470.19863543X-RAY DIFFRACTION100
3.0242-3.12170.28741460.19773578X-RAY DIFFRACTION100
3.1217-3.23330.27521480.18153531X-RAY DIFFRACTION100
3.2333-3.36270.23971390.18373531X-RAY DIFFRACTION100
3.3627-3.51570.21541420.16493589X-RAY DIFFRACTION100
3.5157-3.7010.20191440.14383550X-RAY DIFFRACTION100
3.701-3.93270.17621450.13613509X-RAY DIFFRACTION100
3.9327-4.23610.18651430.13793540X-RAY DIFFRACTION99
4.2361-4.66210.21370.13063511X-RAY DIFFRACTION99
4.6621-5.33570.16711430.15063529X-RAY DIFFRACTION99
5.3357-6.71890.24781390.18793517X-RAY DIFFRACTION99
6.7189-45.0820.19551300.18993139X-RAY DIFFRACTION89
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5578-0.121-1.02653.0749-0.92793.81550.1271-0.15290.43030.07060.01450.0957-0.223-0.0193-0.09190.1673-0.00710.02420.1856-0.00270.2445-40.559811.00163.8019
23.74480.6801-0.32422.89621.28753.2170.17130.1381-0.0543-0.00510.0585-0.26280.16550.2689-0.18530.19250.0341-0.01410.26040.00730.1636-23.38895.9291-12.9402
32.6592-0.1357-0.50792.6630.81222.91920.0478-0.06730.2709-0.10970.0072-0.0849-0.20980.0597-0.04220.1286-0.02020.02160.18610.02220.20389.042110.127-53.3337
43.5327-0.3384-1.17323.3798-0.8792.2321-0.0151-0.1872-0.22070.09120.14180.40580.1857-0.1924-0.11190.2023-0.0192-0.03570.33280.05240.1916-7.31264.4044-36.2782
53.14190.5560.05013.19540.03714.3467-0.1331-0.02110.4423-0.26020.08090.2234-0.99850.44920.00470.4475-0.1021-0.01440.2372-0.03040.2512-12.150313.718516.1942
64.5149-0.4616-1.14882.27860.30944.3163-0.14750.2587-0.5039-0.01140.02650.16750.62520.08080.09470.32370.01930.04520.1751-0.02810.2903-18.3512-9.43813.5128
73.5502-1.66250.89544.4286-0.61373.1927-0.24190.12680.58670.3067-0.1112-0.5839-0.49610.12990.1690.2954-0.0333-0.09050.18550.05950.2884-19.100314.0204-64.5696
84.43580.3566-0.67672.4925-0.32952.54750.0403-0.0825-0.5476-0.0185-0.0427-0.18050.3932-0.00550.02170.2725-0.0416-0.03620.17760.00890.2486-13.6723-9.5377-63.86
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る