[日本語] English
万見
- PDB-4mps: Crystal structure of rat Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransfe... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mps
タイトルCrystal structure of rat Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1 (ST6GAL1), Northeast Structural Genomics Consortium Target RnR367A
要素Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / alpha-beta protein / Beta-galactoside alpha-2 / 6-sialyltransferase 1
機能・相同性
機能・相同性情報


Sialic acid metabolism / N-Glycan antennae elongation / Termination of O-glycan biosynthesis / beta-galactoside alpha-(2,6)-sialyltransferase / beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase activity / sialyltransferase activity / N-acetylneuraminate metabolic process / sialylation / Golgi trans cisterna / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading ...Sialic acid metabolism / N-Glycan antennae elongation / Termination of O-glycan biosynthesis / beta-galactoside alpha-(2,6)-sialyltransferase / beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase activity / sialyltransferase activity / N-acetylneuraminate metabolic process / sialylation / Golgi trans cisterna / regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / negative regulation of macrophage apoptotic process / negative regulation of chemotaxis / protein N-linked glycosylation via asparagine / positive regulation of mononuclear cell proliferation / Golgi medial cisterna / Golgi cisterna membrane / protein glycosylation / response to ethanol / Golgi membrane / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase family 29 / Glycosyl transferase family 29 / Sialyltransferase / GT29-like superfamiliy / Glycosyltransferase family 29 (sialyltransferase) / sialyltransferase cstii, chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1 / Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Forouhar, F. / Meng, L. / Milaninia, S. / Seetharaman, J. / Su, M. / Kornhaber, G. / Montelione, G.T. / Hunt, J.F. / Moremen, K.W. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Enzymatic Basis for N-Glycan Sialylation: STRUCTURE OF RAT alpha 2,6-SIALYLTRANSFERASE (ST6GAL1) REVEALS CONSERVED AND UNIQUE FEATURES FOR GLYCAN SIALYLATION.
著者: Meng, L. / Forouhar, F. / Thieker, D. / Gao, Z. / Ramiah, A. / Moniz, H. / Xiang, Y. / Seetharaman, J. / Milaninia, S. / Su, M. / Bridger, R. / Veillon, L. / Azadi, P. / Kornhaber, G. / ...著者: Meng, L. / Forouhar, F. / Thieker, D. / Gao, Z. / Ramiah, A. / Moniz, H. / Xiang, Y. / Seetharaman, J. / Milaninia, S. / Su, M. / Bridger, R. / Veillon, L. / Azadi, P. / Kornhaber, G. / Wells, L. / Montelione, G.T. / Woods, R.J. / Tong, L. / Moremen, K.W.
履歴
登録2013年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Database references
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1
B: Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,1376
ポリマ－73,2532
非ポリマー8854
水3,765209
1
A: Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0693
ポリマ－36,6261
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0693
ポリマ－36,6261
非ポリマー4422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)134.720, 49.754, 86.063
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.30, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1 / RCG36561 / isoform CRA_a


分子量: 36626.277 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 95-403 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 株: BN / 遺伝子: rCG_36561, St6gal1 / プラスミド: pGEn2 mammalian expression vector / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: G3V680, UniProt: P13721*PLUS, EC: 2.4.99.1
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Lithium Bromide, 0.1M Tris, pH 8, 40% (v/w) PEG 1000., micro batch, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97905 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月29日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97905 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.7 Å / Num. all: 44235 / Num. obs: 43837 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 22.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 10.71
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.486 / Mean I/σ(I) obs: 2.46 / Num. unique all: 4401 / Rsym value: 0.442 / % possible all: 98.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.3精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→46.67 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 167096.12 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.259 3985 9.8 %RANDOM
Rwork0.2 ---
all0.198 43671 --
obs0.2 40789 93.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 36.3879 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 25.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å2-0.41 Å2
2--0.34 Å20 Å2
3----0.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.36 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.27 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4645 0 56 209 4910
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.82
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 601 9.5 %
Rwork0.254 5701 -
obs-5701 86.9 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る