[日本語] English
万見
- PDB-4mpo: 1.90 A resolution structure of CT771 from Chlamydia trachomatis B... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mpo
タイトル1.90 A resolution structure of CT771 from Chlamydia trachomatis Bound to Hydrolyzed Ap4A Products
要素CT771
キーワードHYDROLASE / hypothetical protein / Nudix / Ap4A / binary complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / PHOSPHATE ION / Nudix hydrolase domain-containing protein / Nudix hydrolase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Barta, M.L. / Lovell, S. / Battaile, K.P. / Hefty, P.S.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: Chlamydia trachomatis CT771 (nudH) Is an Asymmetric Ap4A Hydrolase.
著者: Barta, M.L. / Lovell, S. / Sinclair, A.N. / Battaile, K.P. / Hefty, P.S.
履歴
登録2013年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CT771
B: CT771
C: CT771
D: CT771
E: CT771
F: CT771
G: CT771
H: CT771
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,71456
ポリマ－141,3438
非ポリマー4,37148
水5,891327
1
A: CT771
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2187
ポリマ－17,6681
非ポリマー5516
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: CT771
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2187
ポリマ－17,6681
非ポリマー5516
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: CT771
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2077
ポリマ－17,6681
非ポリマー5396
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: CT771
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2187
ポリマ－17,6681
非ポリマー5516
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: CT771
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2438
ポリマ－17,6681
非ポリマー5757
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: CT771
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1836
ポリマ－17,6681
非ポリマー5155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: CT771
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1836
ポリマ－17,6681
非ポリマー5155
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: CT771
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2438
ポリマ－17,6681
非ポリマー5757
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)182.528, 102.813, 65.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.03, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
CT771


分子量: 17667.928 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydia trachomatis (トラコーマクラミジア)
株: 434/Bu / 遺伝子: CTL0140 / プラスミド: pTBSG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: B0B8Z7, UniProt: A0A0H3MCJ9*PLUS, 加水分解酵素

-
非ポリマー , 5種, 375分子

#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.17 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, 25% w/v PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→91.038 Å / Num. all: 94728 / Num. obs: 93781 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 34.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.617 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
Aimless0.1.29データスケーリング
PHENIX1.8.3_1479精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
JDirectorデータ収集
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4ILQ

4ilq


解像度: 1.9→39.627 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.27 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2501 4696 5.01 %
Rwork0.2035 --
obs0.2059 93746 98.98 %
all-94712 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.0155 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.627 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9018 0 256 327 9601
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0159674
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87412973
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.853228
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0511376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061669
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.92160.35821300.30383022X-RAY DIFFRACTION100
1.9216-1.94420.34111360.29652972X-RAY DIFFRACTION99
1.9442-1.96790.33151430.2932991X-RAY DIFFRACTION100
1.9679-1.99280.351620.28432964X-RAY DIFFRACTION100
1.9928-2.01910.33161570.27332985X-RAY DIFFRACTION100
2.0191-2.04670.32471560.26912996X-RAY DIFFRACTION100
2.0467-2.07590.35351470.26942982X-RAY DIFFRACTION100
2.0759-2.10690.33611850.2613002X-RAY DIFFRACTION100
2.1069-2.13990.28221750.2562927X-RAY DIFFRACTION100
2.1399-2.17490.29071710.24252975X-RAY DIFFRACTION100
2.1749-2.21240.27011580.24382983X-RAY DIFFRACTION100
2.2124-2.25270.29051480.23443010X-RAY DIFFRACTION100
2.2527-2.2960.29221530.22932929X-RAY DIFFRACTION99
2.296-2.34280.31711570.23453025X-RAY DIFFRACTION100
2.3428-2.39380.30581610.23892987X-RAY DIFFRACTION100
2.3938-2.44950.28271470.23612989X-RAY DIFFRACTION100
2.4495-2.51070.28211640.23132962X-RAY DIFFRACTION100
2.5107-2.57860.28021480.23252991X-RAY DIFFRACTION100
2.5786-2.65440.30281710.2412983X-RAY DIFFRACTION100
2.6544-2.74010.28931530.23572972X-RAY DIFFRACTION99
2.7401-2.8380.31211510.23493031X-RAY DIFFRACTION100
2.838-2.95160.27411660.22892919X-RAY DIFFRACTION99
2.9516-3.08590.2751630.22172977X-RAY DIFFRACTION99
3.0859-3.24850.27341540.22632948X-RAY DIFFRACTION98
3.2485-3.45190.26541590.19032928X-RAY DIFFRACTION98
3.4519-3.71830.22141480.17962918X-RAY DIFFRACTION97
3.7183-4.09210.19561700.16372897X-RAY DIFFRACTION96
4.0921-4.68340.1731690.13922908X-RAY DIFFRACTION97
4.6834-5.89750.16921440.15022950X-RAY DIFFRACTION97
5.8975-39.63550.24091500.1882927X-RAY DIFFRACTION95

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る