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- PDB-4mpm: Wild-type human neuroglobin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mpm
タイトルWild-type human neuroglobin
要素Neuroglobin
キーワードAPOPTOSIS / globin / oxygen supply / nitrite reductase / proto-porphyrin IX / brain neurons
機能・相同性
機能・相同性情報


Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / mitochondrial matrix ...Intracellular oxygen transport / GDP-dissociation inhibitor activity / nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / oxygen carrier activity / oxygen binding / cellular response to hypoxia / response to hypoxia / mitochondrial matrix / heme binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Neuroglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Guimaraes, B.G. / Golinelli-Pimpaneau, B.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: The crystal structure of wild-type human brain neuroglobin reveals flexibility of the disulfide bond that regulates oxygen affinity.
著者: Guimaraes, B.G. / Hamdane, D. / Lechauve, C. / Marden, M.C. / Golinelli-Pimpaneau, B.
履歴
登録2013年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuroglobin
B: Neuroglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1364
ポリマ－33,9032
非ポリマー1,2332
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3930 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area14230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.150, 48.490, 39.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-391-

HOH

21A-414-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Neuroglobin


分子量: 16951.371 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NGB / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q9NPG2
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M magnesium acetate, tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate, 20% PEG 8000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→30 Å / Num. obs: 27784 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.22 % / Biso Wilson estimate: 18.65 Å2 / Rsym value: 0.131 / Net I/σ(I): 10.12
反射 シェル解像度: 1.74→1.85 Å / 冗長度: 5.79 % / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / Rsym value: 0.71 / % possible all: 94.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1OJ6

1oj6


解像度: 1.74→21.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9313 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8979 / SU R Cruickshank DPI: 0.128 / Isotropic thermal model: OVERALL ANISOTROPIC B VALUE / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: REFERENCES: BLOW, D. (2002) ACTA CRYST D58, 792-797 REMARK 3 CRUICKSHANK, D.W.J. (1999) ACTA CRYST D55, 583-601
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2294 1389 5 %RANDOM
Rwork0.1814 ---
obs0.1837 27772 98.76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 20.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.0655 Å20 Å20 Å2
2--0.0725 Å20 Å2
3---3.993 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.198 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.74→21.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2323 0 86 246 2655
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012490HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.963412HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d820SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes49HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes381HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2490HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.81 Å / Total num. of bins used: 14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2281 128 5.03 %
Rwork0.213 2419 -
all0.2138 2547 -
obs--98.76 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.28370.0242-0.19890.5180.20181.04020.0058-0.0307-0.0697-0.0413-0.0089-0.0010.03-0.09050.0031-0.1513-0.0067-0.0031-0.11910.0161-0.131712.8169-5.0869-7.9608
20.5506-0.2217-0.12650.6485-0.14190.630.02360.0616-0.0032-0.0319-0.0061-0.0174-0.0493-0.0296-0.0174-0.1091-0.017-0.0013-0.1077-0.0025-0.125427.095812.596-13.0555
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|149 A|201 - A|201 }A3 - 149
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|3 - A|149 A|201 - A|201 }A201
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|149 B|201 - B|201 }B2 - 149
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|2 - B|149 B|201 - B|201 }B201

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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