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- PDB-4mp8: Staphyloferrin B precursor biosynthetic enzyme SbnB bound to malo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mp8
タイトルStaphyloferrin B precursor biosynthetic enzyme SbnB bound to malonate and NAD+
要素Putative ornithine cyclodeaminase
キーワードOXIDOREDUCTASE / siderophore / L-Dap synthesis / ACEGA dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-NH2 group of donors, NAD or NADP as acceptor / siderophore biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
2,3-diaminopropionate biosynthesis protein SbnB / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...2,3-diaminopropionate biosynthesis protein SbnB / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / ornithine cyclodeaminase, domain 1 / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin / Ornithine cyclodeaminase, N-terminal / Ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin family / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Ornithine cyclodeaminase / Putative ornithine cyclodeaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Grigg, J.C. / Kobylarz, M.J. / Rai, D.K. / Murphy, M.E.P.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Synthesis of L-2,3-diaminopropionic Acid, a siderophore and antibiotic precursor.
著者: Kobylarz, M.J. / Grigg, J.C. / Takayama, S.J. / Rai, D.K. / Heinrichs, D.E. / Murphy, M.E.
履歴
登録2013年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月9日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ornithine cyclodeaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,8383
ポリマ－38,0731
非ポリマー7652
水2,540141
1
A: Putative ornithine cyclodeaminase
ヘテロ分子

A: Putative ornithine cyclodeaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,6776
ポリマ－76,1462
非ポリマー1,5314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area7370 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area25010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.402, 62.402, 157.687
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Putative ornithine cyclodeaminase


分子量: 38072.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NEWMAN / 遺伝子: sbnB / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8NYS7, UniProt: A0A0H3K9Y6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4 M sodium malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年1月16日
放射モノクロメーター: Side scattering I-beam bent single crystal; asymmetric cut 4.9650 deg.
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→58 Å / Num. obs: 27690 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 2.3
反射 シェル最高解像度: 1.84 Å / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / WRfactor Rfree: 0.2169 / WRfactor Rwork: 0.1758 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.45 / FOM work R set: 0.8715 / SU B: 6.381 / SU ML: 0.098 / SU R Cruickshank DPI: 0.1539 / SU Rfree: 0.1399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2238 1385 5 %RANDOM
Rwork0.1842 ---
obs0.1862 26080 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.88 Å2 / Biso mean: 30.4059 Å2 / Biso min: 15.55 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.82 Å20 Å20 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---1.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2637 0 51 141 2829
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5251.9643790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5165342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.95925.29138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.67415481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.9261514
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212138
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.268 -
Rwork0.233 1690
all-1777
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4776-0.16150.230.49410.0890.2927-0.00130.14060.1664-0.0047-0.02960.00540.03550.01540.03090.1423-0.00410.00570.13440.00240.1145-10.0874.4694-11.2374
20.54760.241-0.3430.8050.48020.85730.0024-0.03020.0626-0.0525-0.01340.15090.0026-0.01010.0110.14330.03450.00240.1575-0.01050.1454-12.1355-1.04872.6896
32.0174-0.8855-0.08790.4434-0.0250.1493-0.14620.0330.27170.05820.0652-0.15270.0309-0.04060.0810.15380.0144-0.03710.1536-0.00420.1592-22.410412.3667-5.9257
42.1408-0.8126-0.00770.72940.01730.0073-0.1761-0.09270.00090.11220.14250.0579-0.004-0.00390.03350.15170.0254-0.01110.13480.00040.1457-32.708410.3958-1.9653
56.7988-4.0001-1.55229.58894.30344.9766-1.4513-0.9958-2.61820.62580.68950.772-0.46140.56320.76180.47030.14410.46190.17430.42171.1818-32.25-11.2937-2.7172
61.5541-0.38830.05040.20790.06340.1011-0.00460.2049-0.1757-0.0393-0.04060.0196-0.0232-0.00590.04520.14590.0046-0.00640.1657-0.03440.1285-17.34672.459-13.1541
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2A46 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3A106 - 179
4X-RAY DIFFRACTION4A180 - 257
5X-RAY DIFFRACTION5A258 - 277
6X-RAY DIFFRACTION6A278 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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