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万見
- PDB-4mon: ORTHORHOMBIC MONELLIN -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mon
タイトルORTHORHOMBIC MONELLIN
要素(MONELLIN) x 2
キーワードSWEET-TASTING PROTEIN / ORTHORHOMBIC CRYSTALS
機能・相同性
機能・相同性情報


N-terminal domain of TfIIb - #130 / Helix Hairpins - #2000 / Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / N-terminal domain of TfIIb / Cystatin superfamily ...N-terminal domain of TfIIb - #130 / Helix Hairpins - #2000 / Monellin, A chain / Monellin, A chain superfamily / Monellin, B chain / : / Monellin / Monellin / N-terminal domain of TfIIb / Cystatin superfamily / Other non-globular / Helix Hairpins / Helix non-globular / Special
類似検索 - ドメイン・相同性
Monellin chain A / Monellin chain B
類似検索 - 構成要素
生物種Dioscoreophyllum cumminsii (植物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bujacz, G. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Structure of monellin refined to 2.3 a resolution in the orthorhombic crystal form.
著者: Bujacz, G. / Miller, M. / Harrison, R. / Thanki, N. / Gilliland, G.L. / Ogata, C.M. / Kim, S.H. / Wlodawer, A.
履歴
登録1997年3月4日処理サイト: BNL
改定 1.01997年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MONELLIN
B: MONELLIN
C: MONELLIN
D: MONELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4984
ポリマ－22,4984
非ポリマー00
水3,243180
1
A: MONELLIN
B: MONELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2492
ポリマ－11,2492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area5830 Å2
手法PISA
2
C: MONELLIN
D: MONELLIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,2492
ポリマ－11,2492
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2350 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area6170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.000, 112.420, 40.050
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質・ペプチド MONELLIN


分子量: 5407.167 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PROTEIN EXTRACTED FROM BERRIES / 由来: (天然) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 参照: UniProt: P02881
#2: タンパク質・ペプチド MONELLIN


分子量: 5841.647 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PROTEIN EXTRACTED FROM BERRIES / 由来: (天然) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 参照: UniProt: P02882
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PHE 1, RESIDUE PHE 1, NOTED IN SWISS-PROT P02881 AS {VARIANT...MISSING (IN 90% OF THE CHAINS)}, IS ...PHE 1, RESIDUE PHE 1, NOTED IN SWISS-PROT P02881 AS {VARIANT...MISSING (IN 90% OF THE CHAINS)}, IS NOT VISIBLE IN THIS STRUCTURE. THE SEQUENCE OF THE LAST TWO RESIDUES OF THE B/D CHAIN HAS BEEN REMARK 999 GIVEN AS EITHER ASNGLU OR GLUASN, DEPENDING ON THE SOURCE OF THE DATA. THE SEQUENCE USED HERE WAS PREVIOUSLY REPORTED IN THE FILE 3MON, WHICH WAS UTILIZED FOR MOLECULAR REPLACEMENT. WHILE THIS SEQUENCE IS MOST LIKELY INCORRECT (SEE BELOW), IT WAS NOT MODIFIED, SINCE THE ELECTRON DENSITY IN THIS REGION WAS NOT SUFFICIENTLY GOOD TO DISTINGUISH BETWEEN THE TWO POSSIBILITIES AND THE AUTHORS PREFERRED TO REMAIN COMPATIBLE WITH THE PREVIOUS ENTRY.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.45 %
解説: REJECTION CRITERIA DEFAULT FOR DATA COLLECTION USING XENGEN IS -3 SIGMA; THIS VALUE WAS NOT ALLOWED BY PDB DEPOSITION SOFTWARE.
結晶化pH: 7.2
詳細: 5-10 MG/ML PROTEIN DISSOLVED IN 100 MM SODIUM PHOSPHATE BUFFER, PH 7.2, DIFFUSED AGAINST 20 W/V % ETHANOL. CRYSTALS UNSTABLE- CROSSLINKED WITH 0.015% GLUTARALDEHYDE FOR 1-1.5 HOURS.
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
120 %(v/v)ethanol1drop
25-10 mgprotein1drop
3100 mMsodium phosphate1reservoirpH7.2

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1985年9月1日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→99 Å / Num. obs: 10602 / % possible obs: 90.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rsym value: 0.066
反射
*PLUS
Num. all: 11667 / Num. measured all: 36281 / Rmerge(I) obs: 0.066

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解析

ソフトウェア
名称分類
MERLOT位相決定
PROFFT精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3MON

3mon


解像度: 2.3→8 Å / σ(F): 2
詳細: INITIAL REFINEMENT PERFORMED WITH X-PLOR, FOLLOWED BY MODEL BUILDING WITH FRODO AND FURTHER REFINEMENT WITH PROLSQ (PROFFT VERSION).
Rfactor反射数%反射
Rwork0.15 --
obs-7607 66.8 %
原子変位パラメータBiso mean: 44.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1568 0 0 180 1748
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0130.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0330.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0390.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.5681.5
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.7512
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.1482
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it5.083
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.018
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.0960.1
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.2340.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.3180.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.2830.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.47.5
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor24.110
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor15.410
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最低解像度: 8 Å / Rfactor obs: 0.15 / Rfactor Rwork: 0.15
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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