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- PDB-4mm1: GGGPS from Methanothermobacter thermautotrophicus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mm1
タイトルGGGPS from Methanothermobacter thermautotrophicus
要素Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / GGGPS
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphoglycerol geranylgeranyltransferase / phosphoglycerol geranylgeranyltransferase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / GGGP/HepGP synthase group I / FMN-linked oxidoreductases / Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase/Heptaprenylglyceryl phosphate synthase / GGGP/HepGP synthase superfamily / PcrB family / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8004 Å
データ登録者Rajendran, C. / Peterhoff, D. / Beer, B. / Kumpula, E.P. / Kapetaniou, E. / Guldan, H. / Wierenga, R.K. / Sterner, R. / Babinger, P.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / : 2014
タイトル: A comprehensive analysis of the geranylgeranylglyceryl phosphate synthase enzyme family identifies novel members and reveals mechanisms of substrate specificity and quaternary structure organization.
著者: Peterhoff, D. / Beer, B. / Rajendran, C. / Kumpula, E.P. / Kapetaniou, E. / Guldan, H. / Wierenga, R.K. / Sterner, R. / Babinger, P.
履歴
登録2013年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年3月13日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_nat

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
B: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
C: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
D: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
E: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
F: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,68918
ポリマ-160,7556
非ポリマー1,93312
1,22568
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19210 Å2
ΔGint-100 kcal/mol
Surface area47160 Å2
手法PISA
2
A: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
B: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2306
ポリマ-53,5852
非ポリマー6444
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18060 Å2
手法PISA
3
C: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
E: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2306
ポリマ-53,5852
非ポリマー6444
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area18020 Å2
手法PISA
4
D: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
F: Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,2306
ポリマ-53,5852
非ポリマー6444
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4090 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)143.675, 148.756, 91.503
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / GGGP synthase / GGGPS / MtGGGPS / (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / ...GGGP synthase / GGGPS / MtGGGPS / (S)-3-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase / Phosphoglycerol geranylgeranyltransferase


分子量: 26792.518 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus str. Delta H (古細菌)
: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H
遺伝子: MTH_552 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O26652, phosphoglycerol geranylgeranyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-1GP / SN-GLYCEROL-1-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル1-りん酸


分子量: 172.074 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C3H9O6P
#3: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / : C6H14O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.62 %

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→46.563 Å / Num. all: 74185 / Num. obs: 42401 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1417)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8004→46.563 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.8099 / SU ML: 0.42 / σ(F): 0.37 / 位相誤差: 28.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2708 2120 5 %
Rwork0.2004 40256 -
obs0.204 42376 95.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 165.88 Å2 / Biso mean: 44.4005 Å2 / Biso min: 11.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8004→46.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9873 0 120 68 10061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00410267
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.02113913
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041607
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041800
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2093700
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8004-2.86550.30551410.24582680282195
2.8655-2.93720.371470.24228032950100
2.9372-3.01660.31661470.23727982945100
3.0166-3.10530.3221480.237327962944100
3.1053-3.20550.32121470.23642793294099
3.2055-3.32010.33111460.23512778292498
3.3201-3.45290.29291450.21542764290998
3.4529-3.610.28111430.20472717286097
3.61-3.80030.26121440.18392730287496
3.8003-4.03830.22991410.17932680282195
4.0383-4.34980.28191410.1782677281894
4.3498-4.78720.2021360.15512569270591
4.7872-5.4790.231300.16462477260788
5.479-6.89930.26671310.21952479261087
6.8993-46.56890.24851330.20272515264887
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.25850.95270.48951.57070.04891.17910.1663-0.2091-0.37170.1051-0.0827-0.13610.2718-0.0087-0.07910.2951-0.03770.04790.2380.0540.307126.940219.530550.075
21.6059-0.42350.83523.35961.28012.04910.099-0.1232-0.3021-0.38090.022-0.3841-0.25270.2263-0.04770.2846-0.08010.04850.280.02580.382227.944616.670941.4752
30.6267-0.02880.00530.7684-0.3141.29550.0166-0.1948-0.11980.0218-0.08560.02770.0572-0.14080.02440.1685-0.03040.02840.21890.02130.259128.280134.168143.7023
40.8586-0.1676-0.09811.7585-0.16562.1006-0.625-0.1413-0.2555-0.3150.1092-0.14760.0092-0.47250.28510.31130.005-0.02060.41040.02710.6702-2.499752.798435.5252
51.3558-0.6691-0.51911.31170.13020.243-0.0071-0.15850.4854-0.04190.0920.3247-0.2612-0.20710.06640.32110.1010.02950.39220.00410.55026.809955.715837.7873
60.9644-0.3005-0.17711.0261-0.19720.33390.03920.1440.0388-0.0687-0.06040.3117-0.0357-0.1783-0.01680.2043-0.0077-0.07830.30880.02560.35310.812543.195628.4848
70.92720.2560.19960.55950.11390.60210.11120.0033-0.260.0073-0.0970.29130.0883-0.14820.33160.2319-0.1336-0.14290.58740.00410.53360.822237.123327.7394
80.9443-0.94440.0072.0771-0.76920.5140.00990.16210.0039-0.39280.15810.51410.1518-0.3606-0.08970.3356-0.0656-0.23680.44970.00640.9263-6.128841.973525.195
91.33540.19310.70232.3931-0.46931.53-0.10.47060.0719-0.29950.04180.09610.00230.05460.13580.33830.0310.12410.40650.02890.267960.732941.95355.7311
101.32530.00060.11020.99580.29180.73940.07070.0103-0.0076-0.1320.1109-0.0576-0.00150.2371-0.12510.30.02710.01390.2437-0.03030.144351.324137.39516.7152
111.6047-0.45310.38781.2192-0.23171.4851-0.093-0.26380.26720.1370.0181-0.071-0.1060.06350.22390.22640.00910.05910.2746-0.09130.405333.512878.61938.9334
122.25010.31020.16082.50590.48372.02640.08170.1592-0.47140.1767-0.22320.19720.42170.1217-0.04020.33760.04520.0410.2954-0.13470.478128.157569.597740.7735
131.0912-0.1621-0.30081.66430.63211.29370.3552-0.04960.1880.4787-0.16150.2386-0.0044-0.1393-0.17850.35840.02550.09240.3649-0.06750.474522.108573.363939.9244
140.88780.6179-0.16511.04220.2571.0364-0.0279-0.2290.18220.01590.0217-0.02360.02350.04310.11040.22110.03850.03150.1909-0.00460.256234.605362.182628.4537
152.0336-0.2089-0.22871.59820.08992.3159-0.25660.17-0.1561-0.01080.1416-0.25970.08320.20870.02460.24670.00880.03160.2464-0.02580.369846.422369.654233.1344
161.94320.4325-0.1131.5538-0.60572.6672-0.08570.1048-0.3275-0.17610.3213-0.11230.3774-0.3099-0.24210.4788-0.04040.0170.3558-0.0770.45424.264911.7869.8764
171.1175-0.0058-0.22860.88310.43791.15330.03660.2646-0.0781-0.3009-0.1230.27680.0683-0.00080.0270.3861-0.0241-0.06340.2672-0.05480.250427.642727.80367.729
180.6395-0.8387-0.01731.19560.15340.8256-0.01370.12640.3346-0.46740.1067-0.1474-0.43870.03320.130.83690.07650.05060.39980.14160.339732.630270.4067-5.5648
190.3863-0.00490.01341.4196-0.17491.1101-0.05950.01040.0717-0.33150.0027-0.1292-0.0772-0.1410.05790.35820.0336-0.03630.25860.04970.27828.948260.13529.4727
201.55490.7485-0.26471.47411.14191.501-0.18720.35170.5702-0.5065-0.21490.52660.23820.10650.06120.54380.1338-0.14890.40920.11240.467316.525767.34213.1809
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 43 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 44 through 79 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 80 through 246 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 5 through 57 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 58 through 103 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 104 through 187 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 188 through 207 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 208 through 225 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1 through 71 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 72 through 248 )C0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 2 through 44 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 45 through 58 )D0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 59 through 91 )D0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 92 through 184 )D0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 185 through 225 )D0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'E' and (resid 1 through 71 )E0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'E' and (resid 72 through 225 )E0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 2 through 74 )F0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 75 through 184 )F0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'F' and (resid 185 through 224 )F0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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