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- PDB-4mkf: Crystal structure of a stable adenylate kinase variant AKv3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mkf
タイトルCrystal structure of a stable adenylate kinase variant AKv3
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Adenylate kinase / Zinc Finger (ジンクフィンガー) / transferase activity (転移酵素) / phosphotransferase activity / Zinc binding (亜鉛) / ATP binding (アデノシン三リン酸) / Phosphorylation (リン酸化)
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity ...nucleoside monophosphate metabolic process / CDP biosynthetic process / (d)CMP kinase activity / UMP kinase activity / nucleoside diphosphate metabolic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / AMP salvage / UDP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / リン酸化 / zinc ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド ...Adenylate kinase, active site lid domain / Adenylate kinase, active site lid / Adenylate kinase subfamily / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Moon, S. / Jung, D. / Bae, E.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: An integrated approach for thermal stabilization of a mesophilic adenylate kinase.
著者: Moon, S. / Jung, D.K. / Phillips Jr., G.N. / Bae, E.
履歴
登録2013年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月24日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,68015
ポリマ－48,3872
非ポリマー2,29313
水8,485471
1
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3207
ポリマ－24,1941
非ポリマー1,1266
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3608
ポリマ－24,1941
非ポリマー1,1667
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.447, 75.008, 77.195
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.89, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Adenylate kinase / / AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase / ...AK / ATP-AMP transphosphorylase / ATP:AMP phosphotransferase / Adenylate monophosphate kinase / Superoxide-inducible protein 16 / SOI16


分子量: 24193.553 Da / 分子数: 2 / 変異: R19K, D116R, T179M, Q198E, Q202E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: adk, BSU01370 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P16304, adenylate kinase

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非ポリマー , 5種, 484分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 471 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.23 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 36% (w/v) polyethylene glycol 1500, 50mM CaCl2, 50mM Tris-HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月13日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 42304 / Num. obs: 42262 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.515 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 4194 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1P3J

1p3j


解像度: 1.7→26.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 4.001 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.11 / ESU R Free: 0.111 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20271 2131 5 %RANDOM
Rwork0.15674 ---
obs0.15904 42262 99.82 %-
all-42304 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.005 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.83 Å20 Å20.89 Å2
2---0.32 Å20 Å2
3----0.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→26.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 125 471 3980
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.023558
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2532.0454822
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6995432
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.23325.5160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.16515646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0551520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0212630
LS精密化 シェル解像度: 1.702→1.746 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 162 -
Rwork0.189 2836 -
obs--98.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9739-0.06640.09391.31960.46023.83010.01190.0819-0.0259-0.1295-0.0466-0.0551-0.1147-0.10990.03480.04540.01730.01470.0377-0.00260.00818.92234.826-0.9368
22.97142.01350.43622.22210.35591.4770.00990.17670.0491-0.04240.00390.15410.030.004-0.01370.03280.0193-0.01090.0314-0.01450.01880.3052-13.9126-0.6946
30.5477-0.1475-0.15720.41320.19110.78940.0339-0.0283-0.0306-0.0220.0003-0.01490.00610.0458-0.03420.00750.0039-0.00020.00820.00190.00575.9867-1.756216.2848
40.1341-0.56110.15992.6776-0.05951.41920.02580.01350.0098-0.01940.0097-0.08530.11870.0684-0.03550.0460.02950.00770.0587-0.00660.0557.8445-6.74477.4644
50.9757-0.29730.10171.305-0.89752.45960.00980.01280.08910.0045-0.0315-0.033-0.16210.03660.02170.0268-0.00370.00010.0098-0.00240.00991.67925.068337.2523
61.99931.4325-0.31313.8197-0.63211.45870.00620.10310.03370.05250.06450.25870.0969-0.0041-0.07060.01650.0060.00270.00910.00020.0246-7.1657-13.790435.6524
70.45130.00040.02350.50590.05510.941-0.0072-0.06480.02680.05740.02350.0313-0.03840.0199-0.01620.01150.0067-0.00010.0165-0.00860.0114-0.9802-3.514153.9104
80.0231-0.0791-0.12160.7003-0.25361.8396-0.0196-0.0210.01580.04880.1152-0.09040.08230.0963-0.09560.07210.01340.00860.0837-0.00540.08070.5063-7.404244.4475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A31 - 60
2X-RAY DIFFRACTION2A127 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3A1 - 30
4X-RAY DIFFRACTION3A61 - 126
5X-RAY DIFFRACTION3A165 - 217
6X-RAY DIFFRACTION4A303
7X-RAY DIFFRACTION5B31 - 60
8X-RAY DIFFRACTION6B127 - 164
9X-RAY DIFFRACTION7B1 - 30
10X-RAY DIFFRACTION7B61 - 126
11X-RAY DIFFRACTION7B165 - 217
12X-RAY DIFFRACTION8B303

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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