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万見
- PDB-4mk2: 3-(5-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)benzonitrile bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mk2
タイトル3-(5-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)benzonitrile bound to influenza 2009 pH1N1 endonuclease
要素POLYMERASE PA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/INHIBITOR / CAP-SNATCHING / RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-28B / : / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Bauman, J.D. / Patel, D. / Das, K. / Arnold, E.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Crystallographic fragment screening and structure-based optimization yields a new class of influenza endonuclease inhibitors.
著者: Bauman, J.D. / Patel, D. / Baker, S.F. / Vijayan, R.S. / Xiang, A. / Parhi, A.K. / Martinez-Sobrido, L. / Lavoie, E.J. / Das, K. / Arnold, E.
履歴
登録2013年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年9月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: POLYMERASE PA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0407
ポリマ－28,5051
非ポリマー5356
水3,855214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.694, 101.432, 66.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-579-

HOH

21A-588-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 POLYMERASE PA


分子量: 28505.270 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 1-204 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A/LIMA/WRAIR1695P/2009(H1N1)) (A型インフルエンザウイルス)
遺伝子: PA / プラスミド: PCDF-2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) RIL / 参照: UniProt: M9V5A4

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非ポリマー , 5種, 220分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-28B / 3-(5-hydroxy-6-oxo-1,6-dihydropyridin-3-yl)benzonitrile


分子量: 212.204 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H8N2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 214 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 200 MM MES, 27% PEG8K, 200 MM AMMONIUM SULFATE, 1 MM MANGANESE CHLORIDE, 10 MM MAGNESIUM ACETATE, 10 MM TAURINE, AND 50 MM SODIUM FLUORIDE, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.917
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月4日
放射モノクロメーター: HORIZONTAL BENT SI(111), ASYMMETRICALLY CUT WITH WATER COOLED CU BLOCK
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.917 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 48860 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 20.61
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.2_1309)モデル構築
PHENIX(phenix.refine: dev_1448)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→40.241 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 28.32 / 位相誤差: 19.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 1251 5.01 %
Rwork0.1671 --
obs0.1685 48556 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→40.241 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1646 0 28 214 1888
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1362336
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.662649
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045242
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.88780.29551450.28222742X-RAY DIFFRACTION100
1.8878-1.92880.27991450.26112695X-RAY DIFFRACTION100
1.9288-1.97370.24731460.22932733X-RAY DIFFRACTION100
1.9737-2.0230.22121410.2222682X-RAY DIFFRACTION100
2.023-2.07770.27121450.21192731X-RAY DIFFRACTION100
2.0777-2.13890.22581470.19022739X-RAY DIFFRACTION100
2.1389-2.20790.19941420.16672686X-RAY DIFFRACTION100
2.2079-2.28680.21211450.16222712X-RAY DIFFRACTION100
2.2868-2.37840.20621460.1612708X-RAY DIFFRACTION100
2.3784-2.48660.19331450.16122741X-RAY DIFFRACTION100
2.4866-2.61770.19861400.15622703X-RAY DIFFRACTION100
2.6177-2.78160.20141450.16322731X-RAY DIFFRACTION100
2.7816-2.99630.19471400.1572702X-RAY DIFFRACTION100
2.9963-3.29780.21841390.1662724X-RAY DIFFRACTION100
3.2978-3.77460.18781420.15352721X-RAY DIFFRACTION100
3.7746-4.75440.16321390.1352721X-RAY DIFFRACTION100
4.7544-40.2510.16851430.17582650X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.53972.72730.1725.2154-1.97094.2106-0.26610.484-0.2146-0.33760.15410.07190.10230.16860.07950.2637-0.07170.0150.275-0.01860.153921.514918.737-18.3006
24.70311.4376-0.12244.3267-0.73343.89770.0253-0.5088-0.5620.1483-0.0871-0.16720.5933-0.05580.08830.2475-0.0848-0.02910.20760.05170.248416.357512.6292-0.5899
31.7331-0.2296-0.71164.8302-2.70373.40420.2211-0.2646-0.78330.1872-0.4242-0.60610.62740.37160.10740.3751-0.084-0.09430.26480.11180.484714.31524.64490.887
43.43280.35491.06582.16551.41685.84890.2167-0.21990.13920.1448-0.37130.4810.3984-0.730.08550.209-0.0599-0.02960.2294-0.01250.25493.419713.933-3.5488
52.17930.1895-4.47546.1891-1.8019.51510.1720.27951.3573-0.0720.0060.9112-1.3164-0.6088-0.17230.46860.0931-0.03870.3133-0.00690.57095.233529.7429-3.1995
62.44780.9341-1.08558.1317-2.07578.4501-0.14690.07540.5495-0.37840.07841.2987-0.4284-1.36230.09230.2410.0064-0.06590.3293-0.06170.36414.851522.93420.8702
73.62241.9648-1.70791.2492-0.55993.9013-0.0076-0.07630.4182-0.0717-0.0620.1443-0.5730.29910.04920.316-0.1147-0.04970.2511-0.01670.248320.772426.0104-1.4656
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 62 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 63 through 83 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 126 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 127 through 138 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 139 through 149 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 150 through 195 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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