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- PDB-4mjw: Crystal Structure of Choline Oxidase in Complex with the Reaction... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mjw
タイトルCrystal Structure of Choline Oxidase in Complex with the Reaction Product Glycine Betaine
要素Choline oxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Reaction Product / Glycine Betaine / Choline / Oxidase / FAD Binding / Glucose-Methanol-Choline
機能・相同性
機能・相同性情報


choline oxidase / choline:oxygen 1-oxidoreductase activity / glycine betaine biosynthetic process from choline / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant - #110 / Glucose Oxidase; domain 2 / Glucose Oxidase, domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 - #40 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Arc Repressor Mutant / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase ...Arc Repressor Mutant - #110 / Glucose Oxidase; domain 2 / Glucose Oxidase, domain 2 / Cholesterol Oxidase; domain 2 - #40 / Cholesterol Oxidase; domain 2 / GMC oxidoreductases signature 2. / Glucose-methanol-choline oxidoreductase / Arc Repressor Mutant / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, N-terminal / GMC oxidoreductase / Glucose-methanol-choline oxidoreductase, C-terminal / GMC oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / TRIMETHYL GLYCINE / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Choline oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Arthrobacter globiformis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Wang, Y.-F. / Salvi, F. / Gadda, G. / Weber, I.T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Structure of choline oxidase in complex with the reaction product glycine betaine.
著者: Salvi, F. / Wang, Y.F. / Weber, I.T. / Gadda, G.
履歴
登録2013年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年9月24日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Choline oxidase
B: Choline oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,09112
ポリマ－119,7982
非ポリマー2,29410
水13,223734
1
A: Choline oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0466
ポリマ－59,8991
非ポリマー1,1475
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Choline oxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0466
ポリマ－59,8991
非ポリマー1,1475
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.350, 87.350, 353.484
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Choline oxidase


分子量: 59898.754 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア)
遺伝子: codA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7X2H8, choline oxidase

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非ポリマー , 5種, 744分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-BET / TRIMETHYL GLYCINE / ベタイニウム


分子量: 118.154 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12NO2
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 734 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: mixing 1 uL of choline oxidase (6.6 mg/mL) with 1 uL of reservoir solution containing 0.1 M magnesium acetate, pH 6.0, 50 mM calcium chloride, 2.5% v/v glycerol, and 10% w/v PEG 6000 ...詳細: mixing 1 uL of choline oxidase (6.6 mg/mL) with 1 uL of reservoir solution containing 0.1 M magnesium acetate, pH 6.0, 50 mM calcium chloride, 2.5% v/v glycerol, and 10% w/v PEG 6000 (reservoir 500 uL), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.8
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→43.35 Å / Num. all: 97679 / Num. obs: 92704 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 19.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 8823 / % possible all: 89.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2JBV

2jbv


解像度: 1.95→43.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 4.609 / SU ML: 0.068 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18106 4869 5 %RANDOM
Rwork0.15099 ---
obs0.1525 92704 96.94 %-
all-97679 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.531 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→43.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8212 0 154 734 9100
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0198614
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3351.96711738
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.62551073
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3623.478414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.669151335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.551580
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.170.21267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.020.0216726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.411.2444268
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.8681.855329
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1541.5594346
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.85511.64613878
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.003 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 307 -
Rwork0.201 5991 -
obs-5991 86.49 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26520.0986-0.18780.3499-0.07420.64740.0124-0.01260.01560.00890.00410.0069-0.03520.0092-0.01650.041-0.00040.01360.02580.00410.0106-37.906-2.392-13.122
20.31930.0982-0.0420.2875-0.09090.47980.00780.0170.0060.00460.01970.0204-0.0054-0.0667-0.02750.02970.00860.01090.01530.00690.0061-40.935-7.165-52.42
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 601
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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