PDB-4mjo: Human liver fructose-1,6-bisphosphatase(d-fructose-1,6-bisphospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mjo

タイトル

Human liver fructose-1,6-bisphosphatase(d-fructose-1,6-bisphosphate, 1-phosphohydrolase) (e.c.3.1.3.11) complexed with the allosteric inhibitor 3

要素

Fructose-1,6-bisphosphatase 1

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Allostery / HYDROLASE (PHOSPHORIC MONOESTER) / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cellular response to raffinose / cellular hypotonic salinity response / cellular response to phorbol 13-acetate 12-myristate / fructose-bisphosphatase / fructose 1,6-bisphosphate 1-phosphatase activity / cellular response to magnesium ion / negative regulation of Ras protein signal transduction / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / Gluconeogenesis / monosaccharide binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Ruf, A. / Joseph, C. / Tetaz, T. / Benz, J.

引用

ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Determination of protein-ligand binding constants of a cooperatively regulated tetrameric enzyme using electrospray mass spectrometry.
著者: Cubrilovic, D. / Haap, W. / Barylyuk, K. / Ruf, A. / Badertscher, M. / Gubler, M. / Tetaz, T. / Joseph, C. / Benz, J. / Zenobi, R.

履歴

登録	2013年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年1月29日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月25日	Group: Advisory / Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: database_PDB_caveat / entity_src_nat / Item: _database_PDB_caveat.text
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mjo.cif.gz	494.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mjo.ent.gz	409.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mjo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mjo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mjo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2vt5S 2jjk S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2y5l-1 5pzx-2 5pzv-d 3kc0-d 5pzy-2 5q02-d 5q04-2 5pzu-d 5pzw-d 5q03-1 5pzs-d 5q07-1 5q0b-d 2wbd-2 4fbp-d 5q0a-d 5q06-d 5pzz-1 1frp-1 2fix-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

E: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

F: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

G: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

H: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

299 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

B: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

C: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

D: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

F: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

G: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

H: Fructose-1,6-bisphosphatase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.974, 286.305, 83.692
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.79, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: SER / End label comp-ID: SER / Refine code: _ / Auth seq-ID: 9 - 335 / Label seq-ID: 10 - 336

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Fructose-1,6-bisphosphatase 1 / FBPase 1 / D-fructose-1 / 6-bisphosphate 1-phosphohydrolase 1 分子量: 36887.434 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: LIVER / 参照: UniProt: P09467, fructose-bisphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-2C1 / N-({4-bromo-6-[(methylcarbamoyl)amino]pyridin-2-yl}carbamoyl)-5-(2-methoxyethyl)-4-methylthiophene-2-sulfonamide 分子量: 506.395 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀BrN₅O₅S₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 661 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.69 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M ammonium acetate and 12% polyethylenglycol 3350 in 0.1 M HEPES, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

-
データ収集

放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→30.5 Å / Num. all: 119425 / Num. obs: 115242 / % possible obs: 96.5 %

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.2.0019 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2VT5

2vt5

解像度: 2.4→29.74 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 10.168 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.436 / ESU R Free: 0.252 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23647	5784	5 %	RANDOM
R_work	0.20664	-	-	-
obs	0.20817	109458	96.52 %	-
all	-	115242	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.597 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0 Å²	-0 Å²	-0.33 Å²
2-	-	0.48 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→29.74 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19457	0	232	661	20350

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	20074
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	19609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.521	2.001	27116
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.53	3	45262
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.703	5	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.169	24.118	782
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.859	15	3557
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.991	15	110
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	3063
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	22337
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	4157
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.172	0.2	1075
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.195	0.2	17
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.304	3.351	10148
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.303	3.351	10147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.6	5.02	12657
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.041	3.78	9926
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	19216	0.09
1	2	B	19216	0.09
2	1	A	18939	0.09
2	2	C	18939	0.09
3	1	A	19216	0.08
3	2	D	19216	0.08
4	1	A	19831	0.06
4	2	E	19831	0.06
5	1	A	19195	0.09
5	2	F	19195	0.09
6	1	A	18967	0.09
6	2	G	18967	0.09
7	1	A	19058	0.09
7	2	H	19058	0.09
8	1	B	19148	0.09
8	2	C	19148	0.09
9	1	B	19055	0.1
9	2	D	19055	0.1
10	1	B	19185	0.09
10	2	E	19185	0.09
11	1	B	19636	0.08
11	2	F	19636	0.08
12	1	B	19149	0.09
12	2	G	19149	0.09
13	1	B	19064	0.1
13	2	H	19064	0.1
14	1	C	18932	0.1
14	2	D	18932	0.1
15	1	C	18915	0.09
15	2	E	18915	0.09
16	1	C	19101	0.09
16	2	F	19101	0.09
17	1	C	19650	0.06
17	2	G	19650	0.06
18	1	C	18922	0.09
18	2	H	18922	0.09
19	1	D	19186	0.08
19	2	E	19186	0.08
20	1	D	19039	0.1
20	2	F	19039	0.1
21	1	D	18943	0.1
21	2	G	18943	0.1
22	1	D	19736	0.06
22	2	H	19736	0.06
23	1	E	19142	0.09
23	2	F	19142	0.09
24	1	E	18940	0.09
24	2	G	18940	0.09
25	1	E	19021	0.09
25	2	H	19021	0.09
26	1	F	19094	0.09
26	2	G	19094	0.09
27	1	F	19023	0.1
27	2	H	19023	0.1
28	1	G	18942	0.09
28	2	H	18942	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.372	370	-
R_work	0.326	7161	-
obs	-	-	85.57 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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