PDB-4mjk: Crystal structure of a CRISPR protein from Archaeoglobus fulgidus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mjk

タイトル

Crystal structure of a CRISPR protein from Archaeoglobus fulgidus

要素

CRISPR protein

キーワード

PROTEIN BINDING / CASCADE / CRISPR protein

機能・相同性

Alpha-Beta Plaits - #3120 / CRISPR-associated protein, Cas5a type / CRISPR-associated protein, Cas5 / CRISPR-associated protein (Cas_Cas5) / maintenance of CRISPR repeat elements / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.953 Å

データ登録者

Huang, Q.Q.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a CRISPR protein from Archaeoglobus fulgidus
著者: Huang, Q.Q.

履歴

登録	2013年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年9月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mjk.cif.gz	104.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mjk.ent.gz	86 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mjk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mjk_validation.pdf.gz	434.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mjk_full_validation.pdf.gz	443.9 KB	表示
XML形式データ	4mjk_validation.xml.gz	21.3 KB	表示
CIF形式データ	4mjk_validation.cif.gz	30.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mjk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mjk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3lm7-2 2y8k-d 4fc3-1 6st3-d 1op8-2 3qvm-d 7l9x-d 1rs0-d 4f1h-d 3m6y-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (3)

登録構造単位

A: CRISPR protein

B: CRISPR protein

59.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.251, 87.524, 140.813
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CRISPR protein 分子量: 29731.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: ATCC 49558 / VC-16 / DSM 4304 / JCM 9628 / NBRC 100126 / 遺伝子: AF_1872 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O28407
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 14% ethanol, 0.1M Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月5日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.953→33.474 Å / Num. obs: 34700

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.7_650)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.953→33.474 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2165	1926	5.24 %	random
R_work	0.1947	-	-	-
obs	0.1959	68918	94.13 %	-
all	-	73215	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 60.423 Å² / k_sol: 0.4 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.4837 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.1787 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.6624 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.953→33.474 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3721	0	0	232	3953

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3800
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.108	5132
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.845	1400
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	574
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	643

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9527-1.9784	0.2105	80	0.1923	1321	X-RAY DIFFRACTION	50
1.9784-2.0055	0.3	129	0.229	2357	X-RAY DIFFRACTION	86
2.0055-2.0342	0.239	127	0.2104	2373	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0342-2.0645	0.238	129	0.2149	2406	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0645-2.0968	0.2122	143	0.2033	2411	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0968-2.1311	0.262	129	0.2051	2480	X-RAY DIFFRACTION	92
2.1311-2.1679	0.2512	132	0.2114	2445	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1679-2.2073	0.2124	147	0.2019	2550	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2073-2.2497	0.2594	142	0.1825	2540	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2497-2.2957	0.2394	139	0.1895	2542	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2957-2.3456	0.1936	144	0.1879	2578	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3456-2.4001	0.2916	138	0.1892	2504	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4001-2.4601	0.2491	145	0.1964	2551	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4601-2.5266	0.2552	141	0.1882	2610	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5266-2.6009	0.2426	143	0.1958	2567	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6009-2.6848	0.249	145	0.1969	2615	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6848-2.7808	0.2053	148	0.1831	2613	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7808-2.892	0.2236	139	0.184	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.892-3.0236	0.1823	148	0.1724	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0236-3.1829	0.1753	149	0.1718	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1829-3.3821	0.1987	145	0.1701	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3821-3.643	0.1835	141	0.1711	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
3.643-4.009	0.1921	143	0.1719	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
4.009-4.5879	0.1889	149	0.1837	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5879-5.7754	0.1763	151	0.2152	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7754-33.4789	0.2878	146	0.2735	2656	X-RAY DIFFRACTION	99

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関連情報:EMDBヘッダ

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