PDB-4mje: Synechocystis sp. PCC 6803 glutaredoxin A-R27L

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mje

タイトル

Synechocystis sp. PCC 6803 glutaredoxin A-R27L

要素

Probable glutaredoxin ssr2061

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / thioredoxin motif / oxidation/reduction

機能・相同性

機能・相同性情報

glutathione disulfide oxidoreductase activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Sutton, R.B. / Knaff, D.B.

引用

ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2013
タイトル: Utility of Synechocystis sp. PCC 6803 glutaredoxin A as a platform to study high-resolution mutagenesis of proteins.
著者: Knaff, D.B. / Sutton, R.B.

履歴

登録	2013年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年12月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月5日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月30日	Group: Other
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mje.cif.gz	70.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mje.ent.gz	53.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mje.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mje_validation.pdf.gz	436.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mje_full_validation.pdf.gz	436.8 KB	表示
XML形式データ	4mje_validation.xml.gz	7.5 KB	表示
CIF形式データ	4mje_validation.cif.gz	9.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mje ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mje	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4mjaC 4mjbC 4mjcC 3qmxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qmx-d 4mja-d 4mjc-d 4mjb-d 6cbr-2 2db6-d 5jhj-d 1x62-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable glutaredoxin ssr2061

ヘテロ分子

11.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.290, 39.100, 50.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probable glutaredoxin ssr2061 分子量: 10977.454 Da / 分子数: 1 / 断片: Glutaredoxin A / 変異: R27L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: ssr2061 / プラスミド: pQE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P73492
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 26.84 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 1.5M Ammonium Sulfate, 1% PEG400, 10mM HEPES, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 90 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.2→50 Å / Num. all: 23433 / Num. obs: 23433 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11.8
反射シェル	解像度: 1.2→1.3 Å / 冗長度: 13.2 % / R_merge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 3qmx

3qmx

解像度: 1.2→26.985 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.51 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1978	1977	8.44 %	random
R_work	0.1787	-	-	-
obs	0.1802	23433	98.45 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→26.985 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	767	0	10	106	883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	806
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.271	1090
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.661	291
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.079	113
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	142

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.23	0.3237	149	0.3192	1532	X-RAY DIFFRACTION	99
1.23-1.2633	0.2148	140	0.2075	1510	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2633-1.3004	0.3277	123	0.2797	1534	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3004-1.3424	0.2548	157	0.2059	1509	X-RAY DIFFRACTION	99
1.3424-1.3904	0.1812	130	0.1747	1535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3904-1.4461	0.1966	147	0.167	1535	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4461-1.5119	0.1808	142	0.1748	1523	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5119-1.5916	0.1847	143	0.1484	1547	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5916-1.6913	0.1604	145	0.146	1550	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6913-1.8218	0.1655	140	0.1451	1541	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8218-2.0051	0.2197	136	0.1893	1520	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0051-2.2951	0.2081	138	0.182	1507	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2951-2.8911	0.1758	139	0.1667	1521	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8911-26.992	0.1739	148	0.1637	1592	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7376	1.4849	3.1047	0.8153	1.7409	4.0864	-0.116	0.0943	0.4399	-0.4322	0.1778	-0.6224	-0.5866	0.5399	-0.0366	0.1373	-0.0154	0.0457	0.097	-0.0014	0.2303	30.4707	-4.056	21.8297
2	1.0892	0.7859	0.7973	2.5082	0.2725	4.7219	0.125	0.0181	0.0057	-0.0049	0.0343	0.1027	-0.0256	-0.0951	-0.1402	0.0835	-0.0111	-0.0034	0.0719	0.0041	0.0649	26.9231	-11.9177	11.7941
3	3.1102	-2.0953	2.2483	1.5474	-1.5226	1.7232	-0.109	-0.2736	0.571	-0.0457	0.1236	0.269	-0.622	-0.4263	-0.0768	0.2222	0.0794	-0.04	0.2334	0.0007	0.2795	23.5714	-3.25	6.977
4	1.8545	-0.8372	-0.3683	1.3896	0.1946	0.9925	-0.0113	-0.0235	0.0024	-0.0069	0.0081	-0.0663	0.0225	0.0029	-0.0058	0.0262	-0.0056	0.0004	0.0295	-0.0048	0.0251	3.3941	7.1283	1.7334
5	2.4104	-2.27	1.7267	2.5909	-2.2402	2.6481	-0.0495	-0.1293	-0.1588	0.1082	0.1171	0.1141	-0.0188	-0.157	-0.061	0.0405	-0.0016	-0.0004	0.0382	0.0063	0.0511	-1.8875	3.4952	8.9861
6	0.9911	-0.2881	-0.2718	0.9893	-0.0776	1.3506	0.0974	0.1378	0.0356	-0.0899	-0.0804	-0.0169	-0.0234	0.0073	-0.0076	0.0384	0.0033	0.0102	0.0626	-0.0039	0.0416	5.3057	9.4436	-2.1317
7	1.6493	-1.0225	0.3388	0.7665	-0.3641	2.0061	0.1433	0.3332	-0.203	-0.0917	-0.087	0.1363	0.0664	-0.1077	-0.0487	0.0508	0.0024	-0.0101	0.0817	-0.0176	0.0574	0.9955	2.3856	-5.3003
8	1.2876	1.0303	-1.2581	0.9324	-0.8661	1.909	-0.0112	0.0849	-0.0847	-0.0288	0.047	0.0155	0.104	-0.0661	-0.0359	0.0539	-0.0094	-0.0084	0.0378	-0.0059	0.0563	0.7846	-4.4663	2.0238
9	5.6077	-1.4148	-1.7535	4.4267	-0.4196	4.7196	-0.0335	0.0091	-0.3421	-0.0595	-0.0143	-0.517	0.0243	0.4876	-0.0511	0.0826	0.0119	0.0141	0.0875	0.0078	0.1271	6.1885	-9.9152	8.1702

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 5 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 6 through 10 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 11 through 15 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 16 through 26 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 27 through 39 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 40 through 61 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 62 through 73 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 74 through 89 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 90 through 99 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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