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- PDB-4mjc: Synechocystis sp. PCC 6803 glutaredoxin A - P84R -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mjc
タイトルSynechocystis sp. PCC 6803 glutaredoxin A - P84R
要素Probable glutaredoxin ssr2061
キーワードELECTRON TRANSPORT / thioredoxin fold / oxidation/reduction
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione disulfide oxidoreductase activity / cell redox homeostasis / cellular response to oxidative stress / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutaredoxin, GrxC / Glutaredoxin subgroup / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Glutaredoxin, GrxC / Glutaredoxin subgroup / Glutaredoxin active site / Glutaredoxin active site. / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable glutaredoxin ssr2061
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.409 Å
データ登録者Sutton, R.B. / Knaff, D.B.
引用ジャーナル: Front Plant Sci / 年: 2013
タイトル: Utility of Synechocystis sp. PCC 6803 glutaredoxin A as a platform to study high-resolution mutagenesis of proteins.
著者: Knaff, D.B. / Sutton, R.B.
履歴
登録2013年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable glutaredoxin ssr2061
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1782
ポリマ－11,0821
非ポリマー961
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.230, 38.820, 50.720
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable glutaredoxin ssr2061


分子量: 11081.569 Da / 分子数: 1 / 変異: P84R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: ssr2061 / プラスミド: pQE3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P73492
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 25.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5M Ammonium Sulfate, 1% PEG 400, 10mM HEPES, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.127 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月8日
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. all: 14533 / Num. obs: 14533 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.319 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 3qmx

3qmx


解像度: 1.409→26.87 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.86 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2157 1455 10.01 %random
Rwork0.1784 ---
obs0.1821 14533 98.55 %-
all-14533 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.409→26.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数774 0 5 93 872
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009808
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2981089
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.947296
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094111
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005144
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4091-1.45950.31121420.24791298X-RAY DIFFRACTION100
1.4595-1.51790.23921440.21691280X-RAY DIFFRACTION100
1.5179-1.5870.23261520.1981312X-RAY DIFFRACTION100
1.587-1.67060.241410.17641291X-RAY DIFFRACTION99
1.6706-1.77530.22981430.17511310X-RAY DIFFRACTION99
1.7753-1.91230.2281480.18461302X-RAY DIFFRACTION99
1.9123-2.10470.21061430.18211325X-RAY DIFFRACTION100
2.1047-2.40910.1931450.18641281X-RAY DIFFRACTION97
2.4091-3.03450.21151390.16921322X-RAY DIFFRACTION97
3.0345-26.8750.20431580.16181357X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5961-0.630.21593.0732-0.2578.64540.020.65040.6638-0.50440.22210.3291-0.7783-0.3365-0.08970.2157-0.02260.01680.18360.07570.287364.329831.932314.1936
22.2803-0.74270.00241.5762-0.62372.60270.04140.165-0.0408-0.0409-0.0577-0.04780.027-0.02290.01830.0328-0.0098-0.00160.0445-0.00960.066139.992344.81270.3367
31.15960.5193-1.8824.3495-1.41544.2113-0.0603-0.0886-0.0765-0.10130.0342-0.1540.26780.20250.00380.0909-0.0037-0.00710.0894-0.02180.098339.250631.72514.8951
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -10 through 4 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 5 through 64 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 65 through 88 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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