PDB-4mj3: Haloalkane dehalogenase DmrA from Mycobacterium rhodesiae JS60

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4mj3

タイトル

Haloalkane dehalogenase DmrA from Mycobacterium rhodesiae JS60

要素

Haloalkane dehalogenase

キーワード

HYDROLASE / Dehalogenase

機能・相同性

機能・相同性情報

haloalkane dehalogenase / haloalkane dehalogenase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium rhodesiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Fung, H. / Gadd, M.S. / Guss, J.M. / Matthews, J.M.

引用

ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: Biochemical and biophysical characterisation of haloalkane dehalogenases DmrA and DmrB in Mycobacterium strain JS60 and their role in growth on haloalkanes.
著者: Fung, H.K. / Gadd, M.S. / Drury, T.A. / Cheung, S. / Guss, J.M. / Coleman, N.V. / Matthews, J.M.

履歴

登録	2013年9月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4mj3.cif.gz	475.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4mj3.ent.gz	391.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4mj3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4mj3_validation.pdf.gz	440 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4mj3_full_validation.pdf.gz	442.3 KB	表示
XML形式データ	4mj3_validation.xml.gz	58.6 KB	表示
CIF形式データ	4mj3_validation.cif.gz	82.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/4mj3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3o0d-4 3pzv-1 2wj3-2 4h7d-d 5kxv-d 4bau-d 4cfs-4 7at0-2 2wj4-1 1lgy-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (5) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Haloalkane dehalogenase

B: Haloalkane dehalogenase

C: Haloalkane dehalogenase

D: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

144 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.8 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Haloalkane dehalogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.220, 79.079, 95.761
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.520, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MSE / Beg label comp-ID: MSE / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	A	A	1 - 301	1 - 301
2	1	ASN	ASN	B	B	1 - 301	1 - 301
1	2	ASN	ASN	A	A	1 - 301	1 - 301
2	2	ASN	ASN	C	C	1 - 301	1 - 301
1	3	ASN	ASN	A	A	1 - 301	1 - 301
2	3	ASN	ASN	D	D	1 - 301	1 - 301
1	4	ARG	ARG	B	B	1 - 303	1 - 303
2	4	ARG	ARG	C	C	1 - 303	1 - 303
1	5	ARG	ARG	B	B	1 - 303	1 - 303
2	5	ARG	ARG	D	D	1 - 303	1 - 303
1	6	ARG	ARG	C	C	1 - 303	1 - 303
2	6	ARG	ARG	D	D	1 - 303	1 - 303

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Haloalkane dehalogenase 分子量: 35782.113 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium rhodesiae (バクテリア) 株: JS60 / 遺伝子: MycrhDRAFT_3907 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G4I2J6, haloalkane dehalogenase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1051 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.74 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M bis-Tris propane, pH 6.5, 0.2 M potassium thiocyanate, 16% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月8日
放射	モノクロメーター: SILICON DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 134710 / Num. obs: 134710 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	autosol	位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→48.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 3.58 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.094 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1895	6791	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1653	-	-	-
obs	0.1665	134419	97.24 %	-
all	-	134419	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 59.6 Å² / B_iso mean: 17.2792 Å² / B_iso min: 7.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.61 Å²	0 Å²	-0.1 Å²
2-	-	-0.46 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→48.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9219	0	10	1051	10280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	9531
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	8740
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.332	1.96	13035
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.073	3	20090
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.415	5	1215
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.24	23.27	422
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.386	15	1256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.192	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1403
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	11005
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	2219

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18181	0.06
1	2	B	18181	0.06
2	1	A	18239	0.05
2	2	C	18239	0.05
3	1	A	18294	0.05
3	2	D	18294	0.05
4	1	B	18151	0.07
4	2	C	18151	0.07
5	1	B	18342	0.06
5	2	D	18342	0.06
6	1	C	18255	0.06
6	2	D	18255	0.06

LS精密化シェル

解像度: 1.699→1.743 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.266	508	-
R_work	0.25	9110	-
all	-	9618	-
obs	-	9618	94.61 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4371	-0.0323	0.0619	0.6168	0.2051	0.8264	0.0025	0.0326	-0.0054	-0.0723	0.0139	-0.0621	-0.0883	0.0291	-0.0164	0.0147	0.0017	0.0074	0.0374	0.0023	0.007	61.0058	41.8159	-11.5548
2	1.2663	0.0715	-0.1016	0.4154	-0.038	0.78	0.011	0.0121	-0.0871	-0.0123	-0.0182	0.0214	0.0603	0.0024	0.0072	0.0052	0.0014	-0.0015	0.0265	-0.0056	0.0082	24.5652	43.4109	13.5115
3	0.6339	-0.0331	-0.0746	0.4803	0.0459	0.6954	-0.0063	0.0265	0.0459	-0.0155	0.0122	0.0145	0.0282	-0.0319	-0.0059	0.0097	-0.0109	-0.0097	0.0551	-0.0007	0.0171	62.3536	8.2084	36.0932
4	0.8107	-0.2299	0.1959	0.6103	-0.0703	0.8095	0.0191	-0.0028	-0.0363	0.0134	-0.0078	0.0319	-0.0339	0.0134	-0.0113	0.0064	-0.0135	-0.0051	0.0591	0.0118	0.0136	66.4242	45.9715	34.8907

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 302
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 303
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 303
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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