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- PDB-4mit: Crystal structure of E. histolytica RacC bound to the EhPAK4 PBD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mit
タイトルCrystal structure of E. histolytica RacC bound to the EhPAK4 PBD
要素
  • Rho family GTPase
  • Serine/threonine protein kinase PAK, putative
キーワードSIGNALING PROTEIN / G domain / p21 binding domain / CRIB motif / hydrolase / kinase / GTP binding
機能・相同性
機能・相同性情報


small GTPase-mediated signal transduction / small monomeric GTPase / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity ...small GTPase-mediated signal transduction / small monomeric GTPase / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / cytoskeleton / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T45 kinase activity / GTPase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SerineThreonine-protein kinase PAK-alpha; Chain A / CRIB domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Small GTPase Rho / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. ...SerineThreonine-protein kinase PAK-alpha; Chain A / CRIB domain / : / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / Small GTPase Rho / Small GTPase Rab domain profile. / Small GTPase Rho domain profile. / Small GTPase Ras domain profile. / Ran (Ras-related nuclear proteins) /TC4 subfamily of small GTPases / Rho (Ras homology) subfamily of Ras-like small GTPases / Ras subfamily of RAS small GTPases / Small GTPase / Ras family / Rab subfamily of small GTPases / Small GTP-binding protein domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Rho family GTPase / Serine/threonine protein kinase PAK, putative / Rho-related protein racC
類似検索 - 構成要素
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bosch, D.E. / Siderovski, D.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Entamoeba histolytica RacC Selectively Engages p21-Activated Kinase Effectors.
著者: Bosch, D.E. / Siderovski, D.P.
履歴
登録2013年9月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rho family GTPase
B: Rho family GTPase
C: Rho family GTPase
D: Rho family GTPase
E: Serine/threonine protein kinase PAK, putative
F: Serine/threonine protein kinase PAK, putative
G: Serine/threonine protein kinase PAK, putative
H: Serine/threonine protein kinase PAK, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,98824
ポリマ－112,6048
非ポリマー2,38416
水6,143341
1
A: Rho family GTPase
E: Serine/threonine protein kinase PAK, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7476
ポリマ－28,1512
非ポリマー5964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3490 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area10990 Å2
手法PISA
2
B: Rho family GTPase
F: Serine/threonine protein kinase PAK, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7476
ポリマ－28,1512
非ポリマー5964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area10620 Å2
手法PISA
3
C: Rho family GTPase
G: Serine/threonine protein kinase PAK, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7476
ポリマ－28,1512
非ポリマー5964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3690 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
4
D: Rho family GTPase
H: Serine/threonine protein kinase PAK, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7476
ポリマ－28,1512
非ポリマー5964
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3620 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.322, 211.957, 49.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.85, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Rho family GTPase


分子量: 20645.807 Da / 分子数: 4 / 変異: Q65L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EhRacC, KM1_331620 / プラスミド: pLIC His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: M7WE85, UniProt: Q24816*PLUS, small monomeric GTPase
#2: タンパク質
Serine/threonine protein kinase PAK, putative


分子量: 7505.105 Da / 分子数: 4 / Fragment: EhPAK4 PBD, unp residues 33-99 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
株: HM-1:IMSS / 遺伝子: EHI7A_018700, EhPAK4 / プラスミド: pLIC His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 / 参照: UniProt: N9UZ59
#3: 化合物
ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: EhRacC-GTP/EhPAK4 PBD complex was mixed 1:1 with and equilibrated against crystallization solution containing 22% (w/v) PEG 4000, 200 mM magnesium chloride, and 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR ...詳細: EhRacC-GTP/EhPAK4 PBD complex was mixed 1:1 with and equilibrated against crystallization solution containing 22% (w/v) PEG 4000, 200 mM magnesium chloride, and 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年2月14日 / 詳細: custom
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→46.9 Å / Num. all: 41369 / Num. obs: 36818 / % possible obs: 89 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 48.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 34.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.37 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.687 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 910 / % possible all: 85

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3TH5

3th5


解像度: 2.35→46.896 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2003 5.45 %RANDOM
Rwork0.1761 ---
obs0.1785 36744 86.95 %-
all-42234 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→46.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6874 0 140 341 7355
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0137165
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2779766
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3932632
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3321-2.39050.3044980.24041656X-RAY DIFFRACTION58
2.3905-2.45510.3231470.23012394X-RAY DIFFRACTION84
2.4551-2.52730.27961430.22892433X-RAY DIFFRACTION87
2.5273-2.60890.28361350.22212442X-RAY DIFFRACTION84
2.6089-2.70210.28721400.21192413X-RAY DIFFRACTION86
2.7021-2.81030.33571420.22082406X-RAY DIFFRACTION85
2.8103-2.93820.26121330.21252464X-RAY DIFFRACTION85
2.9382-3.09310.2731440.2212406X-RAY DIFFRACTION85
3.0931-3.28680.25871370.20772451X-RAY DIFFRACTION86
3.2868-3.54050.20991460.18732544X-RAY DIFFRACTION89
3.5405-3.89670.24741540.17862686X-RAY DIFFRACTION94
3.8967-4.46010.18491620.15142753X-RAY DIFFRACTION96
4.4601-5.61780.16931560.14312843X-RAY DIFFRACTION99
5.6178-46.9050.18111660.15262850X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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