ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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REFMAC | 5.7.0029精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.11 | データ抽出 | | ADSC | Quantumデータ収集 | | HKL-2000 | | データ削減 | | HKL-2000 | | データスケーリング | | SOLVE | | 位相決定 | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.65→19.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 2.81 / SU ML: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.09 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.2297 | 1163 | 5 % | RANDOM |
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Rwork | 0.1931 | - | - | - |
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obs | 0.1949 | 23054 | 92.43 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 101.79 Å2 / Biso mean: 30.45 Å2 / Biso min: 18.43 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 0.15 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.15 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -0.31 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.65→19.63 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 954 | 0 | 5 | 167 | 1126 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.017 | 0.019 | 979 | X-RAY DIFFRACTION | r_bond_other_d0.001 | 0.02 | 890 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg1.749 | 1.98 | 1325 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_other_deg0.874 | 3 | 2055 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_1_deg4.988 | 5 | 122 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_2_deg36.99 | 26.136 | 44 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_3_deg12.27 | 15 | 161 | X-RAY DIFFRACTION | r_dihedral_angle_4_deg16.142 | 15 | 1 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.118 | 0.2 | 148 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.01 | 0.021 | 1100 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_other0.001 | 0.02 | 205 | | | | | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.25 | 81 | - |
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Rwork | 0.258 | 1697 | - |
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all | - | 1778 | - |
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obs | - | - | 99.33 % |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.2022 Å / Origin y: 8.4962 Å / Origin z: 20.8548 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.1776 Å2 | -0.0104 Å2 | 0.0336 Å2 | - | 0.0108 Å2 | -0.0024 Å2 | - | - | 0.1096 Å2 |
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L | 1.025 °2 | -0.4052 °2 | 0.1214 °2 | - | 1.3429 °2 | -0.3627 °2 | - | - | 1.0188 °2 |
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S | -0.0107 Å ° | -0.0795 Å ° | -0.0203 Å ° | 0.0716 Å ° | -0.0141 Å ° | -0.0199 Å ° | -0.0575 Å ° | 0.0443 Å ° | 0.0248 Å ° |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A80 - 95 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A96 - 139 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A140 - 166 | 4 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A167 - 172 | 5 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | A173 - 213 | | | | | |
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